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- PDB-7vej: Crystal structure of Phytolacca americana UGT3 with kaempferol an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vej
タイトルCrystal structure of Phytolacca americana UGT3 with kaempferol and UDP-2fluoroglucose
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UGT / glycosyltransferase / kaempferol / UDP-2FGlc
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-KMP / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / Chem-U2F / Glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for substrate recognition in the Phytolacca americana glycosyltransferase PaGT3.
著者: Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S.I. / Inoue, T.
履歴
登録2021年9月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,52012
ポリマ－115,2602
非ポリマー2,26110
水7,008389
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8506
ポリマ－57,6301
非ポリマー1,2205
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6716
ポリマ－57,6301
非ポリマー1,0415
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area940 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.866, 103.067, 108.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNILEILE(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA7 - 5427 - 74
12THRTHRGLUGLU(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA64 - 8484 - 104
13LEULEUARGARG(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA86 - 254106 - 274
14GLUGLUVALVAL(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA270 - 318290 - 338
15ASPASPGLUGLU(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA331 - 457351 - 477
16ALAALAHISHIS(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AA459 - 484479 - 504
17EDOEDOEDOEDO(chain 'A' and (resid 7 through 84 or resid 86...AC601
21GLNGLNILEILE(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB7 - 5427 - 74
22THRTHRGLUGLU(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB64 - 8484 - 104
23LEULEUARGARG(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB86 - 254106 - 274
24GLUGLUVALVAL(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB270 - 318290 - 338
25ASPASPGLUGLU(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB331 - 457351 - 477
26ALAALAHISHIS(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BB459 - 484479 - 504
27HOHHOHHOHHOH(chain 'B' and (resid 7 through 84 or resid 86...BN801

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 57629.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)
遺伝子: PaGT3 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: B5MGN9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

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非ポリマー , 6種, 399分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6


分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O6
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE


分子量: 568.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23FN2O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-KMP / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / KAEMPHEROL / ケンペロ-ル


分子量: 286.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.15-0.20 M potassium acetate 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→34.77 Å / Num. obs: 89096 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 32.39 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Num. unique obs: 8762 / CC1/2: 0.92 / Rpim(I) all: 0.18 / Rrim(I) all: 0.48 / % possible all: 97.87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LZY

6lzy


解像度: 1.85→34.77 Å / SU ML: 0.2173 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8311
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 4432 4.97 %
Rwork0.2053 84662 -
obs0.2069 89094 98.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7127 0 149 389 7665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00577485
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.889310126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05111101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00481268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.40182724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.870.29711670.25852762X-RAY DIFFRACTION97.86
1.87-1.890.32271710.2552725X-RAY DIFFRACTION98
1.89-1.920.28651440.24942793X-RAY DIFFRACTION97.74
1.92-1.940.27231280.24652813X-RAY DIFFRACTION98.16
1.94-1.970.29691280.2392798X-RAY DIFFRACTION98.39
1.97-1.990.29561200.24712808X-RAY DIFFRACTION97.67
1.99-2.020.2931430.24732810X-RAY DIFFRACTION98.56
2.02-2.050.29621290.2462812X-RAY DIFFRACTION98.39
2.05-2.080.29771540.23672771X-RAY DIFFRACTION97.79
2.08-2.120.2721460.23382790X-RAY DIFFRACTION98.69
2.12-2.150.2631600.23012807X-RAY DIFFRACTION98.7
2.15-2.190.25421480.222776X-RAY DIFFRACTION98.09
2.19-2.240.27431810.22552769X-RAY DIFFRACTION97.91
2.24-2.280.27531370.22492800X-RAY DIFFRACTION98.1
2.28-2.330.24851530.22192820X-RAY DIFFRACTION98.84
2.33-2.380.2441510.21182798X-RAY DIFFRACTION98.76
2.38-2.440.29131350.21672832X-RAY DIFFRACTION98.67
2.44-2.510.23861220.21832851X-RAY DIFFRACTION98.77
2.51-2.580.31271220.2282874X-RAY DIFFRACTION98.85
2.58-2.670.2771490.21752812X-RAY DIFFRACTION98.57
2.67-2.760.27131490.21562831X-RAY DIFFRACTION98.58
2.76-2.870.29681620.22232832X-RAY DIFFRACTION99.2
2.87-30.25581370.22732861X-RAY DIFFRACTION99.11
3-3.160.24921420.22452844X-RAY DIFFRACTION98.81
3.16-3.360.24811460.2192872X-RAY DIFFRACTION98.98
3.36-3.620.24991440.20412853X-RAY DIFFRACTION98.26
3.62-3.980.20681710.18312754X-RAY DIFFRACTION95
3.98-4.560.16781640.16492825X-RAY DIFFRACTION97.11
4.56-5.740.20861550.17332942X-RAY DIFFRACTION99.14
5.74-34.770.21021740.18413027X-RAY DIFFRACTION98.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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