PDB-7vel: Crystal structure of Phytolacca americana UGT3 with UDP-2fluoroglucose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vel

タイトル

Crystal structure of Phytolacca americana UGT3 with UDP-2fluoroglucose

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / UGT / glycosyltransferase / UDP-2FGlc

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis for substrate recognition in the Phytolacca americana glycosyltransferase PaGT3.
著者: Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S.I. / Inoue, T.

履歴

登録	2021年9月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vel.cif.gz	245.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vel.ent.gz	156.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ve/7vel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vejC 7vekC 6lzyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7vel-2 7vek-1 3os9-2 5tm2-d 1xb7-1 4m46-d 4znv-d 5aau-d 7rrz-2 6vj1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.218, 103.851, 110.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	GLU	GLU	(chain 'A' and resid 7 through 484)	A	A	7 - 55	27 - 75
1	2	SER	SER	ARG	ARG	(chain 'A' and resid 7 through 484)	A	A	62 - 254	82 - 274
1	3	HIS	HIS	ARG	ARG	(chain 'A' and resid 7 through 484)	A	A	271 - 320	291 - 340
1	4	ASP	ASP	HIS	HIS	(chain 'A' and resid 7 through 484)	A	A	330 - 484	350 - 504
2	1	GLN	GLN	GLU	GLU	(chain 'B' and (resid 7 through 55 or resid 62 through 254 or resid 271 through 484))	B	B	7 - 55	27 - 75
2	2	SER	SER	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 7 through 55 or resid 62 through 254 or resid 271 through 484))	B	B	62 - 254	82 - 274
2	3	HIS	HIS	ARG	ARG	(chain 'B' and (resid 7 through 55 or resid 62 through 254 or resid 271 through 484))	B	B	271 - 320	291 - 340
2	4	ASP	ASP	HIS	HIS	(chain 'B' and (resid 7 through 55 or resid 62 through 254 or resid 271 through 484))	B	B	330 - 484	350 - 504

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 57629.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) 遺伝子: PaGT3 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B5MGN9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 169分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-U2F / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE 分子量: 568.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃FN₂O₁₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.15-0.20 M potassium acetate 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→35.05 Å / Num. obs: 58912 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 45.64 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 19.96
反射シェル	解像度: 2.15→2.22 Å / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 5680 / CC_1/2: 0.81 / R_pim(I) all: 0.32 / R_rim(I) all: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6lzy

6lzy

解像度: 2.15→35.05 Å / SU ML: 0.3356 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8226
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	2977	5.05 %
R_work	0.2135	55931	-
obs	0.2157	58908	99.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→35.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7199	0	95	164	7458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0045	7472
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7429	10105
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0481	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	1271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.1567	2742

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.19	0.3252	138	0.2883	2459	X-RAY DIFFRACTION	93.92
2.19-2.23	0.3481	141	0.2888	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.27	0.3399	162	0.2855	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.31	0.3374	146	0.2836	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.31-2.36	0.3109	108	0.276	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.36-2.41	0.3246	137	0.2644	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.46	0.3281	150	0.2682	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.46-2.53	0.3039	146	0.2609	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.59	0.3554	124	0.2635	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.59-2.67	0.335	130	0.267	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.67-2.76	0.3516	139	0.2545	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.85	0.3222	128	0.2546	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.85-2.97	0.3255	113	0.2646	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.97-3.1	0.2677	98	0.2502	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.1-3.27	0.3033	161	0.243	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.47	0.2988	147	0.2342	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.47-3.74	0.2383	146	0.217	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.74-4.11	0.2408	179	0.1859	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.12-4.71	0.2104	174	0.1653	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.41
4.71-5.93	0.2183	136	0.1726	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.48
5.93-35.05	0.1793	174	0.1666	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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