PDB-7v5y: Crystal structure of hexameric complex of Sa2YoeB-Sa2YefM toxin-a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7v5y

タイトル

Crystal structure of hexameric complex of Sa2YoeB-Sa2YefM toxin-antitoxin from Staphylococcus aureus

要素

Antitoxin
Putative mRNA interferase YoeB

キーワード

ANTITOXIN / Toxin/antitoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA catabolic process / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: The two paralogous copies of the YoeB-YefM toxin-antitoxin module in Staphylococcus aureus differ in DNA binding and recognition patterns.
著者: Xue, L. / Khan, M.H. / Yue, J. / Zhu, Z. / Niu, L.

履歴

登録	2021年8月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7v5y.cif.gz	246.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7v5y.ent.gz	165.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7v5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7v5zC 7v6wC 2a6qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nbl-1 6o03-1 4jwu-2 2c3w-d 2a6q-d 5jjq-3 3ply-d 5gxg-d 6nbl-2 5zz7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Antitoxin

D: Antitoxin

A: Antitoxin

C: Antitoxin

E: Putative mRNA interferase YoeB

F: Putative mRNA interferase YoeB

60.5 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.989, 66.984, 82.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Antitoxin 分子量: 9783.692 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02757 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FVF7
#2: タンパク質	Putative mRNA interferase YoeB / Toxin YoeB 分子量: 10670.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325 / PS 47) (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02756 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FVF8
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 26095 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.07 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.7
反射シェル	解像度: 2.25→2.29 Å / Num. unique obs: 1296 / CC_1/2: 0.845

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2A6Q

2a6q

解像度: 2.25→48.56 Å / SU ML: 0.2272 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1225	4.7 %
R_work	0.1804	24848	-
obs	0.1827	26073	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3774	0	0	127	3901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	3842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5576	5196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0462	576
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0029	668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.7092	2348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.34	0.2754	139	0.2334	2653	X-RAY DIFFRACTION	97.42
2.34-2.44	0.2687	117	0.2268	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.44-2.57	0.2872	154	0.2254	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.57-2.73	0.2719	126	0.2175	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.2842	141	0.2043	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.94-3.24	0.2639	155	0.2001	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.71	0.2125	149	0.1784	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.71-4.67	0.2001	110	0.1487	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.67-48.56	0.185	134	0.1599	2843	X-RAY DIFFRACTION	99.67

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.175377314623	0.0846535549671	-0.0433965670992	-0.107006445404	0.0836544745423	0.044071030851	0.049905521868	0.109677622364	-0.533789759454	0.257691143678	0.0254186982072	-0.152996814744	0.683205247086	0.482983727817	-0.000143564613836	0.460950955183	0.03566868516	-0.0279755830629	0.323055638607	0.00467865747503	0.353877165039	14.8463159141	-23.4038643413	30.095428491
2	0.591937796228	-0.424759403157	0.937514628859	2.10653014324	-0.0298974921442	1.25145142181	0.0793369437486	0.0200717432854	-0.140236315931	-0.417273337481	0.151055623629	0.107787091292	0.164905871722	0.0639068979254	0.000750048639379	0.322913546863	-0.0479413001249	0.00556149709874	0.300802089731	0.0334470943274	0.219273356293	8.97675311434	-14.087877443	22.1415986345
3	1.25967529204	-0.681902013731	-1.19224962708	0.654132324394	0.339485457069	0.417143328055	0.317426596949	0.343564548039	-0.23377837615	-0.19784911432	-0.201304777656	0.321429861217	-0.283164225328	-0.658855562114	-0.0566504452841	0.539640416735	0.0307534949306	-0.189231916757	0.516916081327	0.0643379230907	0.304058878163	-10.9181227125	1.6289255531	0.405841158907
4	0.571267913899	-0.249303668813	0.823729329272	0.690181635968	0.0823914932757	0.56126000842	-0.168748914851	-0.256114693998	0.629199407553	0.310759024603	0.229858847374	-0.421474128134	-0.264021610582	0.315773729443	0.0036604876902	0.474149133172	-0.0527547715198	0.0898053311888	0.412671789325	-0.0165193089353	0.49177099507	19.0979878616	17.8254932881	26.667547388
5	0.667648736069	-0.424066796728	-0.682512226823	0.423442864773	0.0380790111671	0.628005766561	0.24427732086	-0.114852897707	0.570080314847	-0.297028893349	-0.066347018409	0.552650634799	-0.0564666997688	0.664378814953	0.0634736171811	0.409698148546	-0.0673759880052	0.0268270081335	0.350495289822	0.0977757654044	0.346393244699	12.3290822005	18.2649887688	19.530022614
6	0.217160130301	-0.139267766194	-0.280308212116	0.0638978660618	0.0245578581243	-0.0939653913834	0.107844883178	-0.0871755196525	-0.0856561029092	0.284239719113	0.0858690215136	0.0580948207267	-0.129988377219	0.0227050853215	-4.56517307142E-5	0.302105641963	-0.00274158792155	0.047299387807	0.273680609068	0.111672663738	0.397267139115	0.431431719358	6.07497116533	26.284472967
7	1.5768673572	0.256622879645	0.994977784958	0.792035027922	1.04543598027	0.951985841872	0.0350014667681	-0.177340843792	0.369285826541	0.0693551193118	-0.152302277673	0.104186162263	0.0320377610834	-0.137658461969	1.66436425033E-5	0.162943010133	0.0336828833472	0.0262231617294	0.287159022298	0.0324090734351	0.398478264938	-19.7688703963	0.391942834063	33.5255985695
8	0.0497900780513	0.0387991034989	-0.00772713880058	0.205784885021	-0.227335599755	0.126402937615	0.127968451736	-0.218487266067	0.302567941976	0.233165924804	-0.0431880457009	-0.136322686695	-0.224891983829	0.370344844846	0.00113755763673	0.320118629152	-0.0188012838335	-0.0332336193419	0.347206097392	0.0603945836586	0.427981071122	17.8491445923	-7.4700189388	32.2628089672
9	0.186008567025	0.191368222123	0.0395851006845	0.311340278638	0.0543295213146	0.15733615046	0.30749620576	-0.521592782176	0.586306913111	-0.0775724587751	-0.235476986058	0.240136939383	0.538117876269	-0.24409484109	-0.000428275584842	0.301368826707	-0.00602982337762	0.0527522422132	0.403905858927	-0.00422088040217	0.311506858338	8.26327906285	-11.7559007749	36.2227799348
10	0.0213317268575	0.0188683461665	-0.00221494174504	0.0469494854586	-0.140598228228	0.0977398877948	0.385537152877	-0.309123164378	-0.135743368874	-0.399196063645	-0.0537139172814	0.416342296075	-0.0543722388684	-0.0852601591252	-0.000509743328476	0.266997417332	0.0185083935611	0.0243696429814	0.341866413794	0.0758973164374	0.373664903079	7.61300356504	-6.47872970865	28.1659632756
11	0.142571645286	-0.106642286662	0.114568525356	0.545336395225	-0.017837717662	0.0927063789698	-0.127128587822	0.238098189449	0.453316194069	-0.36070110435	0.0604262052381	-0.35286676967	0.201082049816	-0.199283322127	0.00152873418415	0.309131337259	-0.0167237418877	0.0740139964967	0.40775574871	0.0600646351168	0.416123201069	16.968780646	-8.77394267341	22.1046654486
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精密化 TLSグループ

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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