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- PDB-7v4g: Crystal structure of human ALKBH5 in complex with m6A-containing ssRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7v4g
タイトルCrystal structure of human ALKBH5 in complex with m6A-containing ssRNA
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
  • RNA demethylase ALKBH5
キーワードOXIDOREDUCTASE/RNA / Iron and 2-oxoglutarate dependent oxygenase / RNA demethylase / double-stranded beta helix / OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / : / oxidative RNA demethylase activity / paraspeckles / non-membrane-bounded organelle assembly / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / mRNA destabilization / mRNA export from nucleus / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA demethylase ALKBH5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA demethylase ALKBH5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kaur, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)22301719 英国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Mechanisms of substrate recognition and N6-methyladenosine demethylation revealed by crystal structures of ALKBH5-RNA complexes.
著者: Kaur, S. / Tam, N.Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
E: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
A: RNA demethylase ALKBH5
B: RNA demethylase ALKBH5
C: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,90816
ポリマ－83,0866
非ポリマー82110
水4,234235
1
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
A: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0316
ポリマ－27,6952
非ポリマー3354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
E: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
B: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0316
ポリマ－27,6952
非ポリマー3354
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area10330 Å2
手法PISA
3
F: RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')
C: RNA demethylase ALKBH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8464
ポリマ－27,6952
非ポリマー1512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.474, 76.474, 106.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

-
要素

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 6分子 DEFABC

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*(6MZ)P*C)-3')


分子量: 2556.588 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 RNA demethylase ALKBH5 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 5 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 5


分子量: 25138.818 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P6C2, mRNA N6-methyladenine demethylase

-
非ポリマー , 4種, 245分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.46 Å / Num. obs: 40605 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 22.79 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.2107 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 1.121 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4132 / CC1/2: 0.536

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
GDAデータ収集
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NJ4

4nj4


解像度: 2.1→41.46 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 322.43 / 位相誤差: 34.54 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2236 2017 4.97 %
Rwork0.1851 38584 -
obs0.1905 40601 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.65 Å2 / Biso mean: 30.9377 Å2 / Biso min: 13.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 267 42 235 5564
Biso mean--28.2 28.67 -
残基数----652
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.150.25251320.23392766289895
2.15-2.210.2761040.22572792289696
2.21-2.280.27491600.22782778293895
2.28-2.350.24261220.22622746286896
2.35-2.430.28931840.21492731291594
2.43-2.530.2661920.20622702289493
2.53-2.650.251520.20562741289395
2.65-2.790.22671300.19792803293396
2.79-2.960.22941290.19152725285495
2.96-3.190.21211370.17842770290795
3.19-3.510.22321810.17292719290094
3.51-4.020.22761320.17342789292195
4.02-5.060.17711400.15942754289495
5.06-41.460.20691220.18992768289096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8238-0.1006-0.31311.0319-0.4522.3788-0.017-0.0544-0.0845-0.06160.0442-0.04720.39930.0664-0.03260.2980.0311-0.01780.2306-0.00880.076444.003919.260617.9243
21.52540.29240.38971.5967-0.19022.30810.2413-0.1531-0.0864-0.4494-0.08310.12380.8676-0.4242-0.18670.594-0.0629-0.07450.458-0.00530.207132.5766-26.6889-2.6188
31.04970.38880.34461.3623-0.64241.83120.3749-0.53-0.29280.3839-0.22760.01470.8858-0.4843-0.14030.5594-0.1299-0.10830.54550.03250.267136.0541-27.980215.8332
41.9962-0.8104-0.37593.4609-0.33360.9247-0.1784-0.05460.19870.48870.5834-0.39690.264-0.0704-0.44340.5116-0.0257-0.06460.5052-0.00760.222744.7943-16.696115.1507
55.11052.1621.41954.4545-0.85662.43540.01130.1947-0.4370.11420.2679-0.3010.76830.361-0.28790.73110.0569-0.12590.3318-0.05650.322642.5407-35.54616.105
60.5260.2246-0.87830.3115-0.61191.7269-0.10340.3865-0.5564-0.55120.5218-0.49170.78870.5354-0.28540.72270.2007-0.01530.6943-0.23450.380144.796-30.9529-6.5007
71.37660.1405-0.34871.7976-0.74411.79370.2602-0.1709-0.01320.16370.02590.1115-0.018-0.0703-0.27120.4248-0.0632-0.01560.41730.01480.200235.0442-20.29163.7127
81.096-1.1144-0.17651.83640.41140.93160.0214-0.09770.0288-0.15630.17850.27750.1215-0.6792-0.19830.3898-0.0175-0.01510.65340.09320.208227.4741-13.28191.7051
91.4543-0.6142-0.34661.8837-0.71354.12890.2232-0.30350.0316-0.14680.05590.1404-0.02760.0614-0.28810.3285-0.06410.0130.37140.00190.196237.158-18.20153.3997
100.3234-0.2079-0.19881.557-0.03340.1415-0.0021-0.0561-0.26980.03690.13470.04840.3756-0.0518-0.05910.3351-0.0139-0.05210.2518-0.0070.1589-2.0572-12.117124.1252
111.98220.66851.59224.97563.13382.776-0.14320.2986-0.2546-0.2590.4762-0.1602-0.02030.7311-0.22970.40990.0480.00710.35450.01690.122349.710417.71827.2971
122.36981.64150.1421.78050.16840.01570.1848-0.85290.051-0.0131-0.19540.2142-0.36550.19540.12960.370.0601-0.03450.5630.02110.164530.7882-12.930513.945
133.16411.70320.09241.78930.59591.42510.00640.03640.1247-0.1888-0.03020.13420.09870.04510.02060.35090.0744-0.00140.29790.0190.0928-0.6072-5.85820.2451
140.29460.4447-0.21921.1733-0.60031.6527-0.0737-0.30150.00170.0598-0.0015-0.23810.11480.7153-0.1130.2377-0.04280.00390.574-0.0706-0.025810.86032.913821.6179
151.52340.89211.86044.69441.52933.1241-0.0293-0.0605-0.07850.3210.14790.27470.2295-0.4222-0.09290.32010.08620.01120.2839-0.02490.063-7.163-1.269425.6972
161.2534-0.2676-0.01581.17880.31312.17670.15510.16770.1918-0.04090.0332-0.1222-0.51750.2292-0.19140.2934-0.01010.03080.2466-0.02590.11091.32749.631313.2633
170.7604-0.1863-0.03921.1368-0.14341.8386-0.0133-0.0193-0.0708-0.03930.0704-0.02870.22040.1672-0.05950.23620.01110.00250.2347-0.00810.0785-0.4433-6.542313.3561
180.2093-0.45730.07871.3109-0.36332.08350.0406-0.0992-0.1143-0.12840.11170.06420.6088-0.3529-0.15240.3657-0.1169-0.00730.34610.04140.043834.851415.906316.4627
192.919-1.0865-0.222.31670.83461.98830.24670.01890.2744-0.1944-0.0487-0.3364-0.52620.0858-0.1090.3593-0.022-0.01730.231-0.01380.111843.038927.76475.5122
200.2879-0.42290.22380.82260.12792.4956-0.0459-0.07740.06170.11440.16750.1482-0.18-0.6998-0.05780.29240.0152-0.01420.39150.05710.077329.390526.030118.1035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 189 through 292 )B189 - 292
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 79 through 115 )C79 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 116 through 135 )C116 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 136 through 159 )C136 - 159
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 160 through 171 )C160 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 172 through 188 )C172 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 189 through 228 )C189 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 229 through 256 )C229 - 256
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 257 through 292 )C257 - 292
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 5 )D2 - 5
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 2 through 5 )E2 - 5
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 2 through 5 )F2 - 5
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 81 through 96 )A81 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 97 through 135 )A97 - 135
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 136 through 149 )A136 - 149
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 150 through 188 )A150 - 188
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 189 through 292 )A189 - 292
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 79 through 135 )B79 - 135
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 136 through 149 )B136 - 149
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 150 through 188 )B150 - 188

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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