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Yorodumi- PDB-7wl0: Crystal structure of human ALKBH5 in complex with N-oxalylglycine... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7wl0 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of human ALKBH5 in complex with N-oxalylglycine (NOG) and m6A-containing ssRNA | |||||||||
Components |
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Keywords | OXIDOREDUCTASE/RNA / Iron and 2-oxoglutarate dependent oxygenase / RNA demethylase / oxidoreductase / double-stranded beta helix / OXIDOREDUCTASE-RNA COMPLEX | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationgamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles ...gamma-delta T cell proliferation / Reversal of alkylation damage by DNA dioxygenases / mRNA N6-methyladenine demethylase / mRNA N6-methyladenosine dioxygenase activity / oxidative RNA demethylase activity / regulation of mRNA export from nucleus / regulation of mRNA processing / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / membraneless organelle assembly / paraspeckles / mRNA destabilization / molecular condensate scaffold activity / mRNA processing / regulation of translation / spermatogenesis / cell differentiation / response to hypoxia / nuclear speck / Golgi apparatus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)synthetic construct (others) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | |||||||||
Authors | Kaur, S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S. | |||||||||
| Funding support | United Kingdom, 2items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2022Title: Mechanisms of substrate recognition and N6-methyladenosine demethylation revealed by crystal structures of ALKBH5-RNA complexes. Authors: Kaur, S. / Tam, N.Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. / Aik, W.S. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7wl0.cif.gz | 479.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7wl0.ent.gz | 391.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7wl0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7wl0_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7wl0_full_validation.pdf.gz | 3.6 MB | Display | |
| Data in XML | 7wl0_validation.xml.gz | 42 KB | Display | |
| Data in CIF | 7wl0_validation.cif.gz | 57 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/7wl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/7wl0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7v4gSC ![]() 7wkvC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein / RNA chain , 2 types, 10 molecules ACEGIBDFHJ
| #1: Protein | Mass: 25138.818 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ALKBH5, ABH5, OFOXD1 / Production host: ![]() References: UniProt: Q6P6C2, mRNA N6-methyladenine demethylase #2: RNA chain | Mass: 2556.588 Da / Num. of mol.: 5 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 186 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-MN / #4: Chemical | ChemComp-OGA / #5: Chemical | ChemComp-FMT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.74 % Description: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium sulfate decahydrate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9999 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 13, 2021 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→66.25 Å / Num. obs: 41144 / % possible obs: 99.92 % / Redundancy: 14 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.4891 / Net I/σ(I): 4.76 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Redundancy: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 2.437 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 4103 / CC1/2: 0.42 / % possible all: 99.81 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7V4G Resolution: 2.5→58.67 Å / SU ML: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 27.47 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 142.09 Å2 / Biso mean: 49.1942 Å2 / Biso min: 28.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→58.67 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 2items
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