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- PDB-7uyk: Structure of RNF31 in complex with FP06655, a Helicon Polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uyk
タイトルStructure of RNF31 in complex with FP06655, a Helicon Polypeptide
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
  • Helicon FP06655
キーワードLIGASE / Inhibitor / complex / stapled
機能・相同性
機能・相同性情報


protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / CD40 signaling pathway / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling ...protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / CD40 signaling pathway / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / ubiquitin binding / Regulation of TNFR1 signaling / cytoplasmic side of plasma membrane / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA-like domain / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, PUB domain / RNF31, C-terminal / HOIP UBA domain pair ...: / : / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31-like / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, UBA-like domain / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31, PUB domain / RNF31, C-terminal / HOIP UBA domain pair / E3 Ubiquitin Ligase RBR C-terminal domain / PNGase/UBA- or UBX-containing domain / PUB-like domain superfamily / PUB domain / PUB domain / IBR domain, a half RING-finger domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / Zinc finger domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Agarwal, S. / Thomson, T. / Wahl, S. / Walkup, W. / Olsen, T. / Verdine, G. / McGee, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries.
著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
履歴
登録2022年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
D: Helicon FP06655
C: Helicon FP06655
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4608
ポリマ－41,0444
非ポリマー4164
水18010
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
C: Helicon FP06655
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7304
ポリマ－20,5222
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
D: Helicon FP06655
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7304
ポリマ－20,5222
非ポリマー2082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.730, 70.140, 89.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 489 through 626)
d_2ens_1chain "B"
d_1ens_2(chain "C" and (resid 1 through 17 or resid 18))
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 17 or resid 18))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEUASPA3 - 140
d_21ens_1LEUASPB1 - 138
d_11ens_2ASPSERF1 - 17
d_21ens_2ASPSERC1 - 17

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.0253722981634, -0.00353915438078, 0.999671806581), (-0.00139910577871, -0.999992879482, -0.00350478089721), (0.99967709236, -0.00130972225548, -0.0253770691509)-31.2552819403, -47.5392687437, 31.9035837233
2given(0.0304575205755, 0.00162348892664, 0.99953474363), (-0.00117978002998, -0.99999792594, 0.00166019114847), (0.999535365837, -0.00122979643587, -0.030455542045)-30.8976187854, -47.5589385718, 31.9369184775

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase ...HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / RING-type E3 ubiquitin transferase RNF31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein


分子量: 18687.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EP0, RBR-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Helicon FP06655


分子量: 1834.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Stapled peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#4: 化合物 ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / N,N′-(1,4-フェニレン)ビスアセトアミド


分子量: 192.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% w/v glycerol, 20% w/v ethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.61 Å / Num. obs: 15585 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 68.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.79 Å / Rmerge(I) obs: 0.81 / Num. unique obs: 1551 / CC1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4444精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DBG

4dbg


解像度: 2.7→44.61 Å / SU ML: 0.3031 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.023
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2455 685 4.4 %
Rwork0.198 14894 -
obs0.2001 15579 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2461 0 30 10 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70133415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0381355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.455949
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.62677199736
ens_2d_2CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.339871135209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.910.31771520.27952943X-RAY DIFFRACTION99.71
2.91-3.20.3251080.25882963X-RAY DIFFRACTION99.64
3.2-3.660.28631540.21452965X-RAY DIFFRACTION99.62
3.66-4.620.21061200.18042995X-RAY DIFFRACTION99.55
4.62-44.610.22091510.17593028X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.86970800875-4.176355745252.61174208212.065117399-1.200932501994.67879179874-0.232310046089-1.18200407058-0.0795109688470.5531931433380.568344712261.20606374526-0.218351492204-0.530330908971-0.4592352963480.745786296976-0.08421305217420.1763197564130.771909570050.007680007808630.854480467861-43.8528505764-25.754211260710.9757586751
28.55286156909-1.11644268393-0.1554707892223.9961491238-0.8781496513363.226040144760.096804883399-0.575316683046-0.154506163870.26674522011-0.089934547828-0.2903827571230.236029817340.3176708143230.04710355917880.481269321773-0.0730492712406-0.0003736737880330.4416096886940.00393252886950.441540843463-20.5266735438-34.69250022536.4054062297
37.804756544824.926972813280.6464231471913.985981000130.1060280510160.2178885066810.565716555411-1.114321337060.07836664338770.516452989301-0.22440742296-0.599876739031-0.151984782850.271247347403-0.3878805876330.635669801561-0.0663714669337-0.01376723193241.09647971425-0.09281053815230.7580787556431.52764019866-25.778101902410.9628938441
45.71088598565-2.862707707255.217433242075.861166691041.412678106168.40791350731-0.7297587902290.944647088896-1.33878505065-0.4913039661620.612256077676-0.07549496140160.6290318831521.901435175190.221606637361.05170394842-0.03834973275080.5549897273511.091645640610.03950972107611.07471597365-19.3045582756-27.7870716555-11.7736527269
58.629721364441.436696731980.6654538400559.811567713443.188308654552.01798750026-0.07822012539091.634810958441.15381740011-1.312166643430.398185960769-0.317953884016-1.054843116820.630743933052-0.3566548366130.8225844070220.04038529794640.2334309560320.7724276577910.1227903620920.647700455069-21.7596533411-16.7321746162-11.9699391835
64.589257817950.5451782886121.714542754433.411697310611.026650733249.944134552480.00932853071246-0.107153066661-0.186177617991-0.06121452441530.0323829440502-0.6076864340910.3769581959030.971823605402-0.1364411436280.4853723032980.05916366225290.04276233639750.4224429541830.09155874313420.470994584215-21.8173121929-16.10209950126.06632312917
79.704433394271.508909961522.187570265229.30402368517-1.457616070697.045255986080.127489064998-0.6009409351160.2635163052120.548882679137-0.1478037264490.00189577713878-0.1541179510590.09193536843240.03127120497270.420179669193-0.00974550622750.006887200799960.4662172387190.03077715901240.37627783422-30.5688651351-14.010083558.92789374207
85.503241218240.6650067464741.556472243355.29425282839-1.911556977372.02113533354-0.196282378409-0.5990191066840.3366000040530.78990355776-0.218398245750.0998688016368-1.21472520114-0.5288220733820.3271522201250.644664764563-0.0433464451481-0.01231025677690.51504861715-0.01782271936950.520355204872-26.1052565366-8.0035910238919.2540748582
98.447326662890.446032761488-0.5231984806046.88381426015-0.6147888760262.022652669990.233357265902-1.54531342970.07988044197761.00102520797-0.145935579282-0.2851677039320.450672793650.515930935839-0.06367604194490.641684094455-0.0449641540605-0.05838326931720.9369944786250.08359110625880.457558475534-20.7064569833-16.814683811926.5650893009
107.97242462974-3.489667933096.364335183292.08644709982-7.4941588142.07668910636-0.007370187766720.666986876637-0.112321349655-0.717628148732-0.709358871055-0.68668089771.424295255421.135772009031.136841563140.9704089765010.2090941438720.0307770917861.098489054450.0118576348330.851477725975-19.8310687133-25.053070709437.6304832793
112.013583494179.74025492803-2.013895962272.05329149509-1.03151495467.15106399818-0.04957021726670.8791775086641.06346307039-0.02408914795740.2547817190660.4544172670050.1688982049120.430709309124-0.1396624552020.4804334855580.1050950989080.05014610848230.4411907295820.1824717635560.757852349339-26.1581529831-12.4768195648-2.69231050786
128.32796578461-2.54889697132.235238218562.0609261594-7.128094145149.380515005890.166198664402-0.684163604989-0.212278287716-0.2862465868230.1582156427810.4352822299571.34937230371-1.20194924337-0.3391272725370.701065934815-0.1717123489290.03227840372710.459226489098-0.05080124785090.470923861591-34.4651025992-35.03403853325.86378271235
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 487 through 520 )AA487 - 5201 - 34
22chain 'A' and (resid 521 through 586 )AA521 - 58635 - 100
33chain 'A' and (resid 587 through 626 )AA587 - 626101 - 140
44chain 'B' and (resid 489 through 501 )BB489 - 5011 - 13
55chain 'B' and (resid 502 through 520 )BB502 - 52014 - 32
66chain 'B' and (resid 521 through 550 )BB521 - 55033 - 62
77chain 'B' and (resid 551 through 564 )BB551 - 56463 - 76
88chain 'B' and (resid 565 through 586 )BB565 - 58677 - 98
99chain 'B' and (resid 587 through 604 )BB587 - 60499 - 116
1010chain 'B' and (resid 605 through 626 )BB605 - 626117 - 138
1111chain 'D' and (resid 1 through 17 )DC1 - 171 - 17
1212chain 'C' and (resid 1 through 17 )CF1 - 171 - 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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