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- PDB-7uwi: Structure of beta-catenin in complex with FP01567, a Helicon Poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uwi
タイトルStructure of beta-catenin in complex with FP01567, a Helicon Polypeptide
要素
  • Catenin beta-1
  • Helicon Polypeptide FP01567
キーワードTRANSCRIPTION / Inhibitor / complex / stapled
機能・相同性
機能・相同性情報


canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / metanephros morphogenesis / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation ...canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / metanephros morphogenesis / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / neural plate development / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / acinar cell differentiation / embryonic axis specification / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / regulation of fibroblast proliferation / beta-catenin-TCF complex / Specification of the neural plate border / neuron fate determination / synaptic vesicle clustering / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / Formation of the nephric duct / dorsal root ganglion development / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / lung epithelial cell differentiation / endothelial tube morphogenesis / sympathetic ganglion development / positive regulation of endothelial cell differentiation / layer formation in cerebral cortex / mesenchymal to epithelial transition / presynaptic active zone cytoplasmic component / positive regulation of skeletal muscle tissue development / fungiform papilla formation / positive regulation of determination of dorsal identity / ectoderm development / regulation of protein localization to cell surface / fascia adherens / hindbrain development / positive regulation of myoblast proliferation / embryonic foregut morphogenesis / detection of muscle stretch / positive regulation of odontoblast differentiation / smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / hair cell differentiation / alpha-catenin binding / cellular response to indole-3-methanol / regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of calcium ion import / histone methyltransferase binding / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / apicolateral plasma membrane / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / flotillin complex / cranial skeletal system development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / Formation of definitive endoderm / regulation of smooth muscle cell proliferation / lung-associated mesenchyme development / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm / beta-catenin destruction complex / negative regulation of protein sumoylation / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / catenin complex / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / embryonic brain development / positive regulation of blood vessel branching / embryonic heart tube development / pancreas development / gastrulation with mouth forming second
類似検索 - 分子機能
Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Brennan, M. / Agarwal, S. / Thomson, T. / Wahl, S. / Ramirez, J. / Verdine, G. / McGee, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries.
著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
F: Helicon Polypeptide FP01567
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,39310
ポリマ－58,5532
非ポリマー8408
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.680, 91.810, 113.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 56812.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTNNB1, CTNNB, OK/SW-cl.35, PRO2286 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質・ペプチド Helicon Polypeptide FP01567


分子量: 1740.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Wahl stapled peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 68分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide


分子量: 192.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.1 M Potassium phosphate monobasic, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 2.0 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→71.34 Å / Num. obs: 23082 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.32→2.403 Å / Num. unique obs: 2271 / CC1/2: 0.665

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4444精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QZ7

1qz7


解像度: 2.32→71.34 Å / SU ML: 0.3894 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.7414
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2775 1126 4.88 %RANDOM
Rwork0.2357 21953 --
obs0.2378 23079 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→71.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 0 56 60 4068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00264063
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54525505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0365666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044699
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.36441501
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.430.39311380.35342690X-RAY DIFFRACTION99.61
2.43-2.550.40021210.34542709X-RAY DIFFRACTION99.68
2.55-2.710.39641390.32662697X-RAY DIFFRACTION99.58
2.71-2.920.35051440.30612712X-RAY DIFFRACTION99.69
2.92-3.220.32111520.26792711X-RAY DIFFRACTION99.72
3.22-3.680.27821420.24892734X-RAY DIFFRACTION99.58
3.68-4.640.24081300.1892789X-RAY DIFFRACTION99.73
4.64-71.340.22551600.19732911X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.28012668169-3.7195305606-3.733347916553.939530619221.626492250582.357269638250.1747392324410.1382877522030.150054690030.0503628460397-0.02736657082070.234932190121-0.174054224346-0.107978302184-0.1355244672810.504758070723-0.0517149848202-0.09566506275040.4016615501820.06934992434520.236896228494-29.755116433129.1147853682-12.3584749176
21.42851905393-2.99588352619-0.1742475416679.15379747290.382122564880.67071035461-0.0116172960439-0.0877797371134-0.2005027465550.3218607792630.007139441812420.01477963483460.169994733867-0.01671749075070.01113538653370.342542274098-0.0489298777778-0.01554136860990.4289953481380.01266314598810.34297739496910.1205001465-8.35907374193-16.1419249901
32.00290724468-4.755478360095.063053173849.58752552288-2.115283836585.34992623409-0.736916905859-0.09658655496412.188963640851.99580582612-0.395094207385-2.18403258888-0.9594446822380.7956696986791.134326329330.802047733444-0.0833381261532-0.1022735332350.6508267284730.007613330241230.730281775202-18.296468024135.1786373047-10.7440272145
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 147 through 374 )AA147 - 3741 - 228
22chain 'A' and (resid 375 through 663 )AA375 - 663229 - 505
33chain 'F' and (resid 3 through 15 )FB3 - 151 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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