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- PDB-7uxp: Structure of PDL1 in complex with FP28132, a Helicon Polypeptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uxp
タイトルStructure of PDL1 in complex with FP28132, a Helicon Polypeptide
要素
  • FP28132
  • Programmed cell death 1 ligand 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Complex / stapled
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of T cell activation / negative regulation of activated T cell proliferation ...negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of T cell activation / negative regulation of activated T cell proliferation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / response to cytokine / positive regulation of T cell proliferation / recycling endosome membrane / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
AMINO GROUP / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Li, K. / Agarwal, S. / Tokareva, O. / Thomson, T. / Travaline, T. / Tattersfield, H. / Wahl, S. / Verdine, G. / McGee, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries.
著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.
履歴
登録2022年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death 1 ligand 1
B: Programmed cell death 1 ligand 1
C: FP28132
D: FP28132
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0678
ポリマ－33,6504
非ポリマー4164
水724
1
A: Programmed cell death 1 ligand 1
C: FP28132
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0334
ポリマ－16,8252
非ポリマー2082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Programmed cell death 1 ligand 1
D: FP28132
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0334
ポリマ－16,8252
非ポリマー2082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.310, 85.889, 86.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 14809.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: タンパク質・ペプチド FP28132


分子量: 2015.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-NH2 / AMINO GROUP


分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#4: 化合物 ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide


分子量: 192.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M Magnesium sulfate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→59.8 Å / Num. obs: 9672 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 66.2 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / Num. unique obs: 953 / CC1/2: 0.841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZQK

4zqk


解像度: 2.62→59.8 Å / SU ML: 0.505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 37.3348
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2858 438 4.53 %
Rwork0.2438 9234 -
obs0.2457 9672 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→59.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1993 0 30 4 2027
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00992054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14442769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2988305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.584750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.62-30.38531370.30183021X-RAY DIFFRACTION99.97
3-3.780.32261560.27583038X-RAY DIFFRACTION99.97
3.78-59.80.25451450.22043175X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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