PDB-7uyj: Structure of RNF31 in complex with FP06652, a Helicon Polypeptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7uyj

タイトル

Structure of RNF31 in complex with FP06652, a Helicon Polypeptide

要素

E3 ubiquitin-protein ligase RNF31
Helicon FP06652

キーワード

LIGASE / Inhibitor / complex / stapled

機能・相同性

機能・相同性情報

protein linear polyubiquitination / LUBAC complex / linear polyubiquitin binding / CD40 signaling pathway / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of xenophagy / CD40 receptor complex / negative regulation of necroptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Agarwal, S. / Thomson, T. / Wahl, S. / Walkup, W. / Olsen, T. / Verdine, G. / McGee, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: De novo mapping of alpha-helix recognition sites on protein surfaces using unbiased libraries.
著者: Li, K. / Tokareva, O.S. / Thomson, T.M. / Wahl, S.C.T. / Travaline, T.L. / Ramirez, J.D. / Choudary, S.K. / Agarwal, S. / Walkup 4th, W.G. / Olsen, T.J. / Brennan, M.J. / Verdine, G.L. / McGee, J.H.

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7uyj.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7uyj.ent.gz	134.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7uyj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7uyj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7uyj_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7uyj_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	7uyj_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uyj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uy/7uyj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7uwiC 7uwoC 7ux5C 7uxiC 7uxjC 7uxkC 7uxmC 7uxnC 7uxoC 7uxpC 7uxqC 7uy2C 7uykC 4dbgS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (6) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

C: Helicon FP06652

D: Helicon FP06652

ヘテロ分子

45.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

C: Helicon FP06652

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
22.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase RNF31

D: Helicon FP06652

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.370, 95.370, 93.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12
Space group name Hall	P3₁2(x,y,z+1/3)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: -y,-x,-z+2/3 #5: -x+y,y,-z+1/3 #6: x,x-y,-z

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase RNF31 / HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin- ...HOIL-1-interacting protein / HOIP / RING finger protein 31 / Zinc in-between-RING-finger ubiquitin-associated domain protein 分子量: 20771.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF31, ZIBRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q96EP0, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド	Helicon FP06652 分子量: 1898.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Stapled peptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア分子量: 16.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-WHL / N,N'-(1,4-phenylene)diacetamide / N,N′-(1,4-フェニレン)ビスアセトアミド分子量: 192.214 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Amino Acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine),0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) ...詳細: 0.1 M Amino Acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine),0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) pH 6.5), 30.0% Precipitant Mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000)

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Amino Acids (0.2M DL-Glutamic acid monohydrate; 0.2M DL-Alanine; 0.2M Glycine; 0.2M DL-Lysine monohydrochloride; 0.2M DL-Serine),0.1 M Buffer System 1 (Imidazole; MES monohydrate (acid) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→61.8 Å / Num. obs: 21131 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 50.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / Num. unique obs: 2105 / CC_1/2: 0.576

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4444	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DBG

4dbg

解像度: 2.32→61.8 Å / SU ML: 0.4124 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.3817
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2736	1054	4.99 %
R_work	0.2176	20074	-
obs	0.2203	21128	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→61.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3016	0	30	26	3072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	3100
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6329	4207
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.035	462
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8632	426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.43	0.3909	125	0.3104	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.43-2.55	0.3587	120	0.2914	2494	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.55-2.71	0.3589	148	0.2869	2483	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.71-2.92	0.3067	152	0.2534	2450	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.92-3.22	0.2667	134	0.2582	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.22-3.68	0.2909	135	0.2279	2505	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.68-4.64	0.234	115	0.1842	2535	X-RAY DIFFRACTION	99.77
4.64-61.8	0.2419	125	0.1844	2599	X-RAY DIFFRACTION	99.85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.24485857803	5.80527893437	6.43687967227	3.82965460543	4.4691975959	6.08033167922	-0.69985375993	0.175562260224	0.47475483108	-0.262441148091	0.193630946552	1.13486543109	0.062354420713	-0.437427495003	0.472374440978	0.380650529828	-0.0991254423579	0.0595399049331	0.708802176118	-0.0726246598415	0.563969561033	13.0651159877	-19.0633341373	7.76946357129
2	6.50451328234	1.77056686434	-0.378430972391	2.52031741036	0.178225400003	2.56150481756	-0.150417012899	0.273399352499	-0.255398650299	0.100772849868	0.101127325129	0.0554480056353	0.198141837552	0.198526588088	0.121831095008	0.329094544878	-0.00973289492535	0.00586822717404	0.503234252423	-0.0557573869912	0.285437303894	29.6712348373	-20.0661530102	9.29483672309
3	7.43955098245	3.12615617315	2.61429503904	4.42383865619	-1.5738933003	3.97419183334	-0.522490042468	1.89263885399	-0.129935528523	-0.874490967597	0.420196846375	-0.382628901331	0.388647700126	0.171995968523	-0.0998201474018	0.370951477551	-0.0607876089346	0.0950619703939	0.762243328655	-0.0596728981749	0.385162440747	44.0704649397	-16.613001391	3.80656243362
4	7.24995721102	0.740440208819	-2.14409331468	4.92111942841	-2.30201759633	7.25784153225	-0.556671029914	0.874238401412	-0.220655990012	-0.788238267429	0.500730426386	0.190201844327	0.489384473135	-0.335636195267	0.0177528845096	0.341547124028	-0.0893936689083	0.00243315346317	0.632879118525	-0.112911849414	0.331305370256	29.5396034071	-19.4222151247	4.630306978
5	7.36086022616	-6.25558469741	-2.86132573515	9.46483995827	3.67051707573	1.48622674121	-0.580046042351	-0.686181010455	0.0927094198612	0.121363027027	0.308957300606	0.279943701151	-0.115898895859	-0.874191376007	0.249366391326	0.538875679466	0.220703862955	0.0666058793513	0.609536086599	-0.0214304953133	0.692731135282	16.657926298	12.2906826659	32.7062178801
6	9.30530766258	-5.25441990973	-2.39486973195	3.54367220138	2.7818957383	4.08441908421	0.700504210029	1.07321419352	-1.32341123751	-0.329004601633	-0.815394619017	1.15764381037	0.501775520197	-0.786866906102	0.385116714533	0.482930853365	0.0296485857231	0.0441323881652	0.639272318893	-0.0803415903338	0.753371798291	18.6911385926	2.41657005601	26.4020816814
7	9.83820831269	-5.9713318834	-1.48461985661	8.13952644723	2.84600330183	3.47128094485	0.368763977232	1.67060383947	1.42914524204	-1.61297201063	-0.206787995392	0.374796533957	-1.01859196746	-0.481057376314	-0.176895788874	0.982989296662	0.349858684865	0.184805148618	0.813710159567	0.25137500866	0.750413035147	22.0408741101	17.6863616959	22.880758854
8	5.18973712906	-0.339397726209	-0.062817564209	4.74104092566	0.0279086870089	6.33101376807	0.263818662777	1.06834983286	0.468417934127	-0.493455168412	0.343800117284	0.162813138136	-0.641273036847	-0.368260114354	-0.237477725345	0.409414588097	0.141636152843	0.0906545240128	0.576640325266	0.085575720071	0.490110734522	33.567287318	8.48667140263	17.5613049305
9	6.04928497156	1.25744581092	-0.860855517903	5.30935431122	-1.99386635759	4.92249079169	-0.405509428565	-0.412241233907	-0.585220430712	0.524834735044	-0.185849282672	-0.52103230749	0.201537803519	-0.116067837496	-0.0905720874532	0.509002101697	0.0564814006431	-0.00733612350532	0.584581338468	-0.0451056808591	0.542422288662	43.7370262768	2.64667130192	34.6060146781
10	4.65674655702	-1.51006794482	-3.16704924892	3.57589343194	1.50394948685	8.28632776546	0.482089434408	0.293956185623	0.729250929738	-0.4894259915	-0.171613856947	-0.200514096193	-1.26193181338	0.01990202071	-0.439694951865	0.41982456997	-0.0204253619141	0.0840896800555	0.318761939391	0.0066233102461	0.453515855919	41.59256059	10.0985209809	22.640223198
11	4.10320220542	-1.13849134499	-0.725293065136	3.69823756799	1.37932909473	7.62139248019	0.141434030829	-0.533302080051	0.46031460044	0.369256410539	0.179984826947	0.0251784979283	-0.760915778627	0.121419708323	-0.237470756198	0.550699814889	0.0469234854185	0.0934908083546	0.314091733979	0.0207960378202	0.496139593895	34.545748131	10.5064427258	30.4672352483
12	2.63339753521	-1.56011154712	-0.0418593865927	1.04609587639	-0.0369988874412	0.122267611589	0.535162442574	1.57249761298	-0.538239107318	0.339515709965	-0.482483105383	1.22941576207	-0.813670588477	-1.40541566467	0.100632553423	0.952874453494	0.144711090435	0.00628530997161	1.60903585382	-0.178164974252	1.16243345627	16.378657665	8.51892277964	11.74170362
13	5.43063338874	-4.61231460561	5.90031425669	4.01653262764	-5.3743522268	9.67521299993	-0.0150391531016	0.250254278606	0.102309064301	-0.124894942011	0.721111830716	0.979425142544	0.109670713915	-0.433355427637	-0.120592041392	0.316578016328	-0.0483729864414	0.0359946967661	0.450157160524	0.000270084299991	0.45403135604	40.3743193283	-9.26705263414	13.0749502447
14	3.5527686941	-0.846517954454	2.48364582966	6.70074902812	2.41998647309	9.6204062515	-0.203142282115	-0.075315508763	-0.254119951189	0.475436042241	0.393618590894	-0.0140037441743	0.640640733087	0.474635545585	0.0597169985861	0.269554254872	0.0759888872593	0.0447248789094	0.567361307697	-0.0346352652885	0.571132249816	40.246065835	-3.68276667753	25.2436619043

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 23 )	A	A	3 - 23	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 24 through 96 )	A	A	24 - 96	22 - 94
3	3	chain 'A' and (resid 97 through 114 )	A	A	97 - 114	95 - 112
4	4	chain 'A' and (resid 115 through 177 )	A	A	115 - 177	113 - 175
5	5	chain 'B' and (resid 3 through 23 )	B	B	3 - 23	1 - 21
6	6	chain 'B' and (resid 24 through 38 )	B	B	24 - 38	22 - 36
7	7	chain 'B' and (resid 39 through 52 )	B	B	39 - 52	37 - 50
8	8	chain 'B' and (resid 53 through 87 )	B	B	53 - 87	51 - 85
9	9	chain 'B' and (resid 88 through 102 )	B	B	88 - 102	86 - 100
10	10	chain 'B' and (resid 103 through 122 )	B	B	103 - 122	101 - 120
11	11	chain 'B' and (resid 123 through 164 )	B	B	123 - 164	121 - 162
12	12	chain 'B' and (resid 165 through 171 )	B	B	165 - 171	163 - 169
13	13	chain 'C' and (resid 1 through 17 )	C	C	1 - 17	1 - 17
14	14	chain 'D' and (resid 1 through 17 )	D	F	1 - 17	1 - 17

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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