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- PDB-7uuo: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA H135A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7uuo
タイトルCrystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA H135A mutant, complex with tobramycin and coenzyme A
要素Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
キーワードTRANSFERASE / XAT / XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX / LBH / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性: / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / COENZYME A / TOBRAMYCIN / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Michalska, K. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Mechanistic plasticity in ApmA enables aminoglycoside promiscuity for resistance.
著者: Bordeleau, E. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Koteva, K. / Savchenko, A. / Wright, G.D.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,0048
ポリマ－93,7723
非ポリマー2,2325
水43224
1
A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3619
ポリマ－93,7723
非ポリマー1,5896
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area34780 Å2
手法PISA
2
B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4779
ポリマ－93,7723
非ポリマー3,7056
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area16560 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area33200 Å2
手法PISA
3
C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子

C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1746
ポリマ－93,7723
非ポリマー1,4033
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area11940 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.292, 108.292, 87.726
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Space group name HallP3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aminocyclitol acetyltransferase ApmA


分子量: 31257.254 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: apmA / プラスミド: PET19BTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D0AST6
#2: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン


分子量: 467.514 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 10% PEG 10K, 2 mM tobramycin

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 33452 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 63.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 1674 / CC1/2: 0.638 / Rpim(I) all: 0.605 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JM2

7jm2


解像度: 2.65→29.45 Å / SU ML: 0.5202 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 40.9392
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3282 1614 4.9 %RANDOM
Rwork0.2856 31327 --
obs0.2877 32941 97.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 115.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6536 0 148 24 6708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00656850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08169303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06351026
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.58872539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.720.41231220.37042465X-RAY DIFFRACTION93.56
2.72-2.810.38691320.36052570X-RAY DIFFRACTION95.82
2.81-2.910.31731310.35542592X-RAY DIFFRACTION96.66
2.91-3.020.40691330.34012635X-RAY DIFFRACTION97.64
3.02-3.160.43761270.37082634X-RAY DIFFRACTION97.7
3.16-3.330.39461410.34512634X-RAY DIFFRACTION98.93
3.33-3.530.37361500.332639X-RAY DIFFRACTION99.15
3.54-3.810.39311370.29122639X-RAY DIFFRACTION99.14
3.81-4.190.32231330.27382630X-RAY DIFFRACTION98.08
4.19-4.790.29041460.25112654X-RAY DIFFRACTION99.5
4.8-6.030.29041380.25712635X-RAY DIFFRACTION98.23
6.03-29.450.27351240.23682600X-RAY DIFFRACTION96.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.50316175688-1.933276495710.1594239892271.39748253421-1.112716040834.274526336120.158387124531-0.1078636825310.08038854003530.137838922851-0.0100134034352-1.5378107802-0.1473647782080.401522668793-0.08286348324370.1814164857030.03818643562650.04511177436920.323165988484-0.07779713830821.0801016470315.9219517852-5.9274766459151.3294656746
24.06994992983-1.095700297680.6208080207381.19235104201-0.3463846201970.01894141675820.06182389249130.88806826305-0.957071611406-0.755653978726-0.13776743108-0.3719654402410.09568735032150.004854606401710.05145006444750.512221234116-0.02008039902430.1278165006040.670430999287-0.2441675106490.83949434831.99569160429-16.839276458230.6445165906
33.11496397025-0.447532258009-1.07744648091.61285262436-0.2070438352422.50543082210.1724849539281.9497952922-0.682771048886-1.23956687369-0.243438380951-0.1754428143260.7398219797660.1843282920990.1696658718410.7390833738680.2353838479730.6909413327231.74029885928-0.2468720514630.57773028066117.5412010059-12.780759821418.2748922616
44.06224653045-2.130311746680.651432051653.432845415610.308928182513.58098172999-0.1076725529650.109779782191.30620237896-0.1231202321930.2288022118330.440569336107-0.298798961661-0.0743143592473-0.06645170627740.2743752840360.0493520778510.09874724880740.293040058356-0.01649959819411.0834076257841.0761859983-20.478767322645.5133180799
52.65456552308-1.676158877750.5758946783742.27345559594-0.1321671628580.0224025993453-0.52215578942-1.029156214630.1449602613961.421375123370.2705522815670.3925177865070.0951912570065-0.4673174841840.1892451249191.007704049980.1943759905790.3657369388210.828416593342-0.1382069729470.77617292823936.2773949899-29.514377603773.0040855758
65.417734215530.8973901849585.290965718246.201155453661.073949514639.17458061484-0.300467234771.46980169154-0.875296986283-0.8294841199890.0846954166775-1.83547112266-0.1890442645391.883161963960.2640985855711.18496117245-0.097049129720.4754215491821.613375708460.03297323841931.8532771840317.6883142948-60.083193241155.2296425475
78.126571578766.04958577982.279994359554.97733701725-0.1355934550777.72276724110.6402478368110.5390006658770.6680694276760.519860734326-0.3987200917490.04528807135761.91986630654-0.24003509876-0.2912565232731.357417630130.4433818592650.04216482551662.57058641295-0.5519885201491.4545401616618.20036082-66.410398787646.997918773
87.481860196780.9641103136725.220173474082.478945110063.133474501766.218470727380.9801924650040.279733930759-1.937717785252.55313352357-2.413709369311.814681811342.88909509026-2.85756245021.302977704931.85280528764-0.5317913399480.4740031027891.84113577357-0.2742584661872.3541388196512.2834830316-72.341232459156.1611504677
91.028524940392.058009518932.28108319064.109621704254.561369960235.057275685170.287726712219-0.219589307552-1.25608518406-1.312369446570.492413859315-1.71034878725-0.09973826144583.25801015316-0.5644836564441.174820687520.4555187870440.2193729755351.51536888262-0.09765686584292.047185643217.9035208144-68.797937703660.1951239775
101.73136451215-1.74196074507-2.210977801887.242978983172.435981508012.73156827576-0.3804822891490.04944649720070.2298604552590.177321083930.07738639262970.142253385422-0.485043153390.7930962606790.2713916518081.099684804920.116880151575-0.2033225284171.503696025040.1512831630491.3882339919310.7804190437-48.080525260176.1555527106
112.466851227181.27270298326-0.4775957974811.477278777852.062654293666.76187898857-1.42483836593-1.340133657761.264578602210.6612140164160.397939435274-0.1518669276950.5940146257030.7003914393110.9250734061691.578350181970.530877361404-0.3183924313521.613599543020.1361517899291.9985562045313.4914396083-50.795705654783.4748990952
124.175982423432.70972914293.555895318725.789303145513.550088003343.409029134750.819048300175-0.05130103116240.8664373500310.832029059439-1.885137189540.7238356042040.0213312256695-1.129702534430.642901078741.878628869470.5789390321070.1051650757471.941255247710.2803884316641.0428862406414.1063466748-56.37854512486.6641082884
139.21871296001-3.76696884558-1.103465868792.852075818450.3592839197347.69768934741-0.652842689642-0.246462360381-1.468246401420.429327846394-0.452936872852-0.01713247947070.100193630462-1.186408346291.124699284180.9506955963440.05912949255050.03528096423852.042049349790.2662619548321.7883802121621.9909049911-63.223608222190.8326394866
148.332526571873.8723704501-3.961381914368.150510754360.403854860924.06526707202-0.677106823983-0.967590508307-0.642168862985-0.5633407090781.21951654595-1.476191381311.09082555907-2.09324470668-0.4039877196221.350561707970.006145407292910.07816593887681.83934803610.3606536627561.3792278398534.6551537084-74.678477714784.3723942634
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 75 )AA0 - 751 - 76
22chain 'A' and (resid 76 through 164 )AA76 - 16477 - 165
33chain 'A' and (resid 165 through 272 )AA165 - 272166 - 273
44chain 'B' and (resid 0 through 75 )BC0 - 751 - 76
55chain 'B' and (resid 76 through 272 )BC76 - 27277 - 273
66chain 'C' and (resid 1 through 31 )CF1 - 311 - 31
77chain 'C' and (resid 32 through 47 )CF32 - 4732 - 47
88chain 'C' and (resid 48 through 67 )CF48 - 6748 - 67
99chain 'C' and (resid 68 through 83 )CF68 - 8368 - 83
1010chain 'C' and (resid 84 through 164 )CF84 - 16484 - 164
1111chain 'C' and (resid 165 through 189 )CF165 - 189165 - 189
1212chain 'C' and (resid 190 through 207 )CF190 - 207190 - 207
1313chain 'C' and (resid 208 through 250 )CF208 - 250208 - 250
1414chain 'C' and (resid 251 through 272 )CF251 - 272251 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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