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Yorodumi- PDB-7uuk: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, compl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uuk | ||||||
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Title | Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with tobramycin | ||||||
Components | Aminocyclitol acetyltransferase ApmA | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / XAT / XENOBIOTIC ACETYLTRANSFERASE / LEFT-HANDED BETA HELIX / LBH / ANTIBIOTIC RESISTANCE / AMINOGLYCOSIDE / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID | ||||||
Function / homology | : / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / TOBRAMYCIN / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.82 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2024 Title: Mechanistic plasticity in ApmA enables aminoglycoside promiscuity for resistance. Authors: Bordeleau, E. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Koteva, K. / Savchenko, A. / Wright, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uuk.cif.gz | 389.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7uuk.ent.gz | 282 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uuk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7uuk_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7uuk_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7uuk_validation.xml.gz | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7uuk_validation.cif.gz | 44.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/7uuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/7uuk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7uulC 7uumC 7uunC 7uuoC 7jm2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 31324.320 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Gene: apmA / Plasmid: PET19BTEV / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): -Gold / References: UniProt: A0A1D0AST6 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M calcium chloride, 20% PEG3350, 5 mM tobramycin |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 29, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.82→30 Å / Num. obs: 21504 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 5.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.82→2.87 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 1002 / CC1/2: 0.655 / Rpim(I) all: 0.389 / % possible all: 93.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7JM2 Resolution: 2.82→29.85 Å / SU ML: 0.3761 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 24.7087 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.82→29.85 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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