PDB-7jm2: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jm2

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with apramycin

要素

Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

キーワード

TRANSFERASE / XAT / xenobiotic acetyltransferase / left-handed beta helix / LBH / antibiotic resistance / aminoglycoside / structural genomics / CSGID / center for structural genomics of infectious diseases / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

: / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / metal ion binding / APRAMYCIN / Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Bordeleau, E. / Wright, G.D. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside resistance enzyme ApmA, complex with apramycin
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jm2.cif.gz	402.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jm2.ent.gz	290.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jm2_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jm2_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7jm2_validation.xml.gz	39.1 KB	表示
CIF形式データ	7jm2_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/7jm2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7jm1S 7jm0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jm0-d 7jm1-d 6mpr-d 5f1k-d 3kzv-1 3oic-1 4fm2-d 2bp0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP96425

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

B: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

C: Aminocyclitol acetyltransferase ApmA

ヘテロ分子

95.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.730, 107.536, 138.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Aminocyclitol acetyltransferase ApmA 分子量: 31139.139 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: apmA / プラスミド: pET19bTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: A0A1D0AST6
#2: 化合物	ChemComp-AM2 / APRAMYCIN / NEBRAMYCIN II / 4-O-(3ALPHA-AMINO-6ALPHA-((4-AMINO-4-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL)OXY)-2,3,4,5ABETA,6,7,8,8AALPHA-OCTAHYDRO-8BETA-HYDROXY-7BETA-(METHYLAMINO)PYRANO(3,2-B)PYRAN-2ALPHA-YL)-2-DEOXY-D-STREPTAMINE 分子量: 539.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₁N₅O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M CaCl2, 20% PEG3350, 5 mM Apramycin cryoprotectant 25% Ethylene Glycol with 10 mM Apramycin

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 77441 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 3729 / CC_1/2: 0.694 / R_pim(I) all: 0.459

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7JM1

7jm1

解像度: 1.85→38.92 Å / SU ML: 0.2389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6386
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2362	1971	2.58 %	RANDOM
R_work	0.1967	74411	-	-
obs	0.1978	76382	95.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6586	0	76	746	7408

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	6860
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7787	9324
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0535	1031
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0989	2463

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3947	137	0.4058	5186	X-RAY DIFFRACTION	95.02
1.9-1.95	0.5306	133	0.4448	4935	X-RAY DIFFRACTION	90.1
1.95-2	0.2679	144	0.2644	5429	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2-2.07	0.2976	133	0.2644	5042	X-RAY DIFFRACTION	91.69
2.07-2.14	0.2742	139	0.2315	5270	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.14-2.23	0.2491	143	0.1974	5388	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.23-2.33	0.3109	132	0.2387	5067	X-RAY DIFFRACTION	91.74
2.33-2.45	0.2169	145	0.1857	5455	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.45-2.61	0.2484	143	0.1941	5428	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.61-2.81	0.2345	146	0.2086	5465	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.81-3.09	0.2326	146	0.191	5488	X-RAY DIFFRACTION	98.88
3.09-3.54	0.2316	142	0.1764	5372	X-RAY DIFFRACTION	96.57
3.54-4.46	0.1849	143	0.1536	5392	X-RAY DIFFRACTION	95.41
4.46-38.92	0.2026	145	0.1719	5494	X-RAY DIFFRACTION	93.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1746329523	0.168305046297	0.620961524103	0.688195699819	-0.335246490921	0.71825614583	-0.043812824055	0.498666723712	0.243230144658	-0.4065778396	-0.0693347789266	0.1314212858	0.104481745285	-0.0620208425688	0.000983302805857	0.417113021594	0.0176405411252	-0.100213526387	0.322771070908	-0.0467458517654	0.347945972905	-3.25799029614	-14.7827312023	-31.1099421164
2	2.37066858068	0.472529323532	-0.07998923187	2.10733380816	0.619675123273	1.27064797023	-0.0261646829402	-0.207067846128	-0.179497273345	0.0351576710056	-0.104392021886	0.487321887483	0.167875251916	-0.200443301324	-4.60221807968E-8	0.453614059807	0.00258461570695	-0.078465680477	0.313608454159	-0.0732216012416	0.39287624246	-8.51904113812	-19.4074763781	-23.2466891882
3	0.46875523891	0.204612430099	0.237192613654	0.383031735869	-0.136814454125	0.284887390099	0.0941195036713	0.148210253848	-0.0250823337581	-0.422845936695	-0.277917996837	0.268734687616	0.0365818441046	0.0545404699798	5.68065228599E-8	0.454674916352	0.0533982003226	-0.0894027948176	0.285048814127	-0.0690338257938	0.291277751678	9.09880645271	-15.6022930088	-28.0455993126
4	0.810628154547	0.2526698558	0.604788714222	0.609917268602	-0.173223837969	0.720766132438	-0.00785897977219	0.124467577571	0.0963801196004	-0.381597961217	-0.111260821191	0.223208552743	-0.00656222550464	0.0914088142902	-0.000121713998396	0.308472981229	0.0615760127099	-0.0415121489955	0.217202310756	-0.0283352703912	0.183493689659	15.8123444713	-11.3042503595	-23.2304124037
5	0.83456509776	0.177657407302	0.0191004639163	3.23635277576	-0.984683243069	0.32187574095	-0.00511229112522	0.0715071320854	0.12294102962	-0.194930215018	-0.136862890651	-0.321613462777	0.0961926034554	0.257346994226	0.000325531634121	0.27103514312	0.0339027513701	0.0163662772942	0.286262195481	0.0244155905012	0.240447461124	26.2095311239	-2.14345537258	-24.0550996617
6	0.570069921827	-0.783167953916	0.0743268765678	1.18309632489	-0.244915133542	0.832039522603	0.0290703825856	0.0620893778125	-0.434437260026	-0.304995346208	-0.160103054178	-0.276945785857	0.471589062597	0.244359306875	4.84270356556E-8	0.488712497617	0.139608092102	0.0293670214446	0.307491080085	0.0125005727004	0.397543667652	25.2440250409	-33.2559514235	-19.1268446039
7	1.47325498248	0.257892278217	0.119768818024	0.668911598143	0.241400602494	0.72219815132	0.145890749191	-0.323281490994	-0.293966604983	0.164863828827	0.0785955393749	0.309227042677	0.574676439024	-0.193082523178	0.00112663844833	0.286099945178	-0.0500366979455	0.00436345153419	0.380023837055	-0.0120441535479	0.386515257894	-15.4068767104	-3.11008697602	-0.754186850515
8	0.0847203262026	-0.131906343822	-0.0518754325831	0.13751261997	0.0734415080799	0.32946976087	0.0977926655936	0.418104886776	-0.768735454294	-0.178670772233	-0.146364560343	0.626144797502	0.426373684703	-0.281983424914	-1.84974209833E-7	0.381756537685	-0.0405837157614	0.0223684990587	0.361920461111	-0.0788647607628	0.470026011894	-16.996518151	-6.17374252126	-10.9447624673
9	0.890291451152	0.271135871985	0.667069600218	1.03556915178	-0.343351554525	1.20195925497	0.00620756627046	-0.0113692331273	0.625105889219	0.121517763502	0.0158852681863	0.171711356043	-0.584153897491	-0.0815437507342	2.95000277495E-8	0.322112516863	0.0333412714683	0.00199076144921	0.336013508811	-0.00855447949659	0.464909482512	-14.949786778	8.71889707378	-5.67277742758
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11	0.892362468632	0.241994094548	-0.0120741880775	0.452222951688	0.420086691733	0.367878113218	-0.0168208834971	0.055365666987	-0.118986301627	-0.0959849184444	-0.147232085497	0.19171521123	0.227556637008	-0.205827253992	-1.55332260311E-7	0.288669695428	0.0379460394044	0.00592632732818	0.283127813318	-0.0432862076366	0.209521075787	2.86465224661	-8.76880350817	1.98611757941
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 132 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 133 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 235 through 272 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 21 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 22 through 39 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 40 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 76 through 93 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 94 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 120 through 189 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 190 through 234 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 235 through 250 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 251 through 273 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 33 through 78 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 79 through 97 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 98 through 132 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 133 through 207 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 208 through 272 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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