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- PDB-7udp: Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group C2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7udp
タイトルCrystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group C2
要素Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
キーワードTRANSFERASE / CoQ biosynthesis / kinase-like
機能・相同性
機能・相同性情報


Ubiquinol biosynthesis / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / ubiquinone biosynthetic process / phosphorylation / ADP binding / kinase activity / mitochondrion / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ABC1 atypical kinase-like domain / ADCK3-like domain / : / ABC1 atypical kinase-like domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MVS / Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Bingman, C.A. / Murray, N. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131795 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008505 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1747503 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Small-molecule inhibition of the archetypal UbiB protein COQ8.
著者: Murray, N.H. / Asquith, C.R.M. / Fang, Z. / East, M.P. / Ptak, N. / Smith, R.W. / Vasta, J.D. / Zimprich, C.A. / Corona, C.R. / Robers, M.B. / Johnson, G.L. / Bingman, C.A. / Pagliarini, D.J.
履歴
登録2022年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atypical kinase COQ8A, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5832
ポリマ－45,2481
非ポリマー3351
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.210, 56.379, 48.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Atypical kinase COQ8A, mitochondrial / Chaperone activity of bc1 complex-like / Chaperone-ABC1-like / Coenzyme Q protein 8A / aarF domain- ...Chaperone activity of bc1 complex-like / Chaperone-ABC1-like / Coenzyme Q protein 8A / aarF domain-containing protein kinase 3


分子量: 45247.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COQ8A, ADCK3, CABC1, PP265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NI60, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-MVS / 4-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]quinoline-7-carbonitrile


分子量: 335.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) and 500 uM CA157 were inc for 30 min at ambient temp prior to setting the plate. The ...詳細: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) and 500 uM CA157 were inc for 30 min at ambient temp prior to setting the plate. The droplet providing the crystal used for data collection and refinement was 200 nL of protein-CA157 solution and 25 nL reservoir, 0.65 M sodium succinate pH 7, 0.1M HEPPS buffer, pH 8.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→37.4 Å / Num. obs: 27346 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.708 % / Biso Wilson estimate: 65.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 20.71 / Num. measured all: 183425 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.01-2.066.8741.561.0719960.4721.687100
2.06-2.116.5891.1361.4919530.6341.23499.9
2.11-2.176.9020.7162.4419250.8030.77499.9
2.17-2.246.6860.533.2918460.8810.57599.8
2.24-2.326.9670.3644.918000.940.39399.9
2.32-2.46.9280.2417.2617240.9760.26100
2.4-2.496.8660.16810.2216840.9870.18199.9
2.49-2.596.640.1213.516240.9930.13100
2.59-2.76.8460.09417.6615690.9960.10299.8
2.7-2.846.7360.07123.0714680.9970.077100
2.84-2.996.9020.05530.7314110.9980.05999.7
2.99-3.176.7470.04436.4113260.9990.048100
3.17-3.396.490.03841.2812740.9990.04199.8
3.39-3.666.4110.03445.5511630.9990.03799.7
3.66-4.016.7010.03149.310990.9990.03399.6
4.01-4.486.4920.0350.859710.9990.03299.6
4.48-5.186.3420.0350.788650.9990.03399.8
5.18-6.346.2410.03250.457440.9990.03499.5
6.34-8.976.2030.02951.035720.9990.03299.1
8.97-37.460.02551.043320.9990.02898.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487精密化
XSCALEFeb 5, 2021データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSMar 15, 2019データ削減
autoPROC1.0.5 20190923data processing
JBluIce-EPICS2019-03データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5i35

5i35


解像度: 2.01→37.4 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2794 2129 7.79 %
Rwork0.2397 25209 -
obs0.2427 27338 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 266.9 Å2 / Biso mean: 97.6354 Å2 / Biso min: 47.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.01→37.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3053 0 42 18 3113
Biso mean--71 65.19 -
残基数----378
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.01-2.050.36851400.373916541794100
2.05-2.10.41291420.382716711813100
2.1-2.160.41211410.383416601801100
2.16-2.220.3681420.358916811823100
2.22-2.30.38751410.345816671808100
2.3-2.380.3381420.318916741816100
2.38-2.470.32281400.322516651805100
2.47-2.580.37671440.320816961840100
2.58-2.720.40191400.355616571797100
2.72-2.890.36531440.32516941838100
2.89-3.110.33191420.29116821824100
3.11-3.430.30621410.268516751816100
3.43-3.920.24931410.226116911832100
3.92-4.940.24471420.194917031845100
4.94-37.40.23641470.19741739188699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5695-2.13810.22463.62360.31012.52290.1763-0.0478-0.0670.05730.03240.28840.032-0.0876-0.21880.3594-0.06190.01240.4623-0.07270.453648.824636.659813.3557
24.2926-2.3813-0.75365.3747-1.31423.26350.2419-0.3410.63080.55310.0904-0.0136-0.7038-0.152-0.3260.5915-0.00730.06570.63-0.12290.601748.404947.5110.4824
33.8188-1.4880.77263.23922.33652.41480.2793-0.4257-0.15460.1620.01360.1410.3958-0.3349-0.36590.7485-0.06310.00830.54130.0930.550658.71426.829130.0542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 383 through 562 )A383 - 562
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 563 through 644 )A563 - 644
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 258 through 382 )A258 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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