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- PDB-7udq: Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group P1 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7udq | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group P1 | ||||||||||||
![]() | Atypical kinase COQ8A, mitochondrial | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / CoQ biosynthesis / kinase-like / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Transferases; Transferring phosphorus-containing groups / ubiquinone biosynthetic process / ADP binding / kinase activity / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bingman, C.A. / Murray, N. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Small-molecule inhibition of the archetypal UbiB protein COQ8. Authors: Murray, N.H. / Asquith, C.R.M. / Fang, Z. / East, M.P. / Ptak, N. / Smith, R.W. / Vasta, J.D. / Zimprich, C.A. / Corona, C.R. / Robers, M.B. / Johnson, G.L. / Bingman, C.A. / Pagliarini, D.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 453.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 379 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 935.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 940.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 29.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 42.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7udpC ![]() 5i35S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45247.961 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8NI60, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.86 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) was incubated with 500 uM CA157 for 30 min at ambient temperature prior to setup. The ...Details: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) was incubated with 500 uM CA157 for 30 min at ambient temperature prior to setup. The drop producing this data set was 200 nL protein-CA157 solution was mixed with 300 nL of 0.6 M sodium succinate, pH 7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033149 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→38.72 Å / Num. obs: 58799 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 3.601 % / Biso Wilson estimate: 41.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.074 / Χ2: 0.901 / Net I/σ(I): 9.45 / Num. measured all: 211758 / Scaling rejects: 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5i35 Resolution: 1.9→38.72 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 26.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 163.33 Å2 / Biso mean: 61.8219 Å2 / Biso min: 27.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→38.72 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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