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- PDB-7udp: Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group C2 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7udp | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of COQ8A-CA157 inhibitor complex in space group C2 | ||||||||||||
![]() | Atypical kinase COQ8A, mitochondrial | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / CoQ biosynthesis / kinase-like | ||||||||||||
Function / homology | ![]() Transferases; Transferring phosphorus-containing groups / ubiquinone biosynthetic process / ADP binding / kinase activity / phosphorylation / mitochondrion / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Bingman, C.A. / Murray, N. / Smith, R.W. / Pagliarini, D.J. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Small-molecule inhibition of the archetypal UbiB protein COQ8. Authors: Murray, N.H. / Asquith, C.R.M. / Fang, Z. / East, M.P. / Ptak, N. / Smith, R.W. / Vasta, J.D. / Zimprich, C.A. / Corona, C.R. / Robers, M.B. / Johnson, G.L. / Bingman, C.A. / Pagliarini, D.J. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 236.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 193.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 675.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 679.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7udqC ![]() 5i35S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 45247.961 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q8NI60, Transferases; Transferring phosphorus-containing groups |
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#2: Chemical | ChemComp-MVS / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) and 500 uM CA157 were inc for 30 min at ambient temp prior to setting the plate. The ...Details: Crystals were grown in a MRC SD2 plate set by a STP Labtech Mosquito. Protein at 17.89 mg/ml (390 uM) and 500 uM CA157 were inc for 30 min at ambient temp prior to setting the plate. The droplet providing the crystal used for data collection and refinement was 200 nL of protein-CA157 solution and 25 nL reservoir, 0.65 M sodium succinate pH 7, 0.1M HEPPS buffer, pH 8.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03323 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→37.4 Å / Num. obs: 27346 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.708 % / Biso Wilson estimate: 65.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rrim(I) all: 0.037 / Χ2: 0.91 / Net I/σ(I): 20.71 / Num. measured all: 183425 / Scaling rejects: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5i35 Resolution: 2.01→37.4 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 35.22 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 266.9 Å2 / Biso mean: 97.6354 Å2 / Biso min: 47.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→37.4 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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