PDB-7ubk: Transcription antitermination factor Qlambda, type-II crystal

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ubk

タイトル

Transcription antitermination factor Qlambda, type-II crystal

要素

Antitermination protein Q

キーワード

GENE REGULATION / RNA polymerase / DNA Binding / transcription / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Yin, Z. / Ebright, R.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: In transcription antitermination by Qλ, NusA induces refolding of Qλ to form a nozzle that extends the RNA polymerase RNA-exit channel.
著者: Zhou Yin / Jeremy G Bird / Jason T Kaelber / Bryce E Nickels / Richard H Ebright /

要旨: Lambdoid bacteriophage Q proteins are transcription antipausing and antitermination factors that enable RNA polymerase (RNAP) to read through pause and termination sites. Q proteins load onto RNAP ...

履歴

登録	2022年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ubk.cif.gz	183.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ubk.ent.gz	146.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ubk_validation.pdf.gz	455.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ubk_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	7ubk_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	7ubk_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ub/7ubk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	26438C 26439C 7ubjC 7ublC 7ubmC 7ubnC 4mo1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antitermination protein Q

B: Antitermination protein Q

ヘテロ分子

33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.304, 64.317, 65.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...
2	1	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	ALA	ALA	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	61 - 85	1 - 25
1	2	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	86	26
1	3	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	61 - 206	1 - 146
1	4	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	61 - 206	1 - 146
1	5	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	61 - 206	1 - 146
1	6	SER	SER	THR	THR	(chain A and (resid 61 through 85 or (resid 86...	A	A	61 - 206	1 - 146
2	1	SER	SER	CYS	CYS	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	61 - 118	1 - 58
2	2	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	119	59
2	3	SER	SER	ARG	ARG	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	61 - 207	1 - 147
2	4	SER	SER	ARG	ARG	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	61 - 207	1 - 147
2	5	SER	SER	ARG	ARG	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	61 - 207	1 - 147
2	6	SER	SER	ARG	ARG	(chain B and (resid 61 through 118 or (resid 119...	B	B	61 - 207	1 - 147

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Antitermination protein Q 分子量: 16222.834 Da / 分子数: 2 / 変異: E134K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03047

-
非ポリマー , 6種, 87分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG600, 100 mM HEPES/sodium hydroxide, pH 7.5, 50 mM lithium sulfate, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 19614 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.043 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 0.862 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 63986

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.97-2	3	0.605	974	0.738	0.405	0.732	1.139	96.2
2-2.04	3.4	0.521	981	0.83	0.329	0.618	1.051	98.4
2.04-2.08	3.3	0.401	947	0.896	0.259	0.479	1.02	98.4
2.08-2.12	3.3	0.395	984	0.875	0.252	0.471	1.024	99.5
2.12-2.17	3.2	0.294	998	0.948	0.19	0.351	0.956	98.7
2.17-2.22	3.3	0.228	964	0.961	0.147	0.273	0.955	97.9
2.22-2.27	3.1	0.206	985	0.963	0.137	0.249	0.932	98.3
2.27-2.34	3	0.165	934	0.975	0.113	0.201	0.911	94.5
2.34-2.4	3.4	0.137	992	0.989	0.086	0.162	0.917	99.5
2.4-2.48	3.4	0.116	986	0.989	0.073	0.138	0.875	98.2
2.48-2.57	3.3	0.102	972	0.993	0.065	0.122	0.879	99.2
2.57-2.67	3.2	0.081	990	0.994	0.052	0.097	0.804	98.1
2.67-2.8	3.1	0.065	957	0.994	0.043	0.078	0.775	96.2
2.8-2.94	3.3	0.053	979	0.995	0.034	0.064	0.804	98.6
2.94-3.13	3.4	0.041	996	0.997	0.025	0.048	0.753	98.5
3.13-3.37	3.4	0.031	997	0.997	0.02	0.037	0.712	99.2
3.37-3.71	3.1	0.024	961	0.998	0.015	0.028	0.678	97
3.71-4.24	3.4	0.022	1006	0.998	0.013	0.025	0.681	99.1
4.24-5.35	3.3	0.019	991	0.998	0.012	0.022	0.689	98
5.35-50	3.2	0.024	1020	0.997	0.016	0.029	0.729	97.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4MO1

4mo1

解像度: 1.97→45.588 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	2524	10.08 %
R_work	0.1844	22505	-
obs	0.1888	17381	64.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 238.9 Å² / B_iso mean: 51.596 Å² / B_iso min: 10.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.97→45.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2239	0	64	78	2381
B_iso mean	-	-	64.02	33.95	-
残基数	-	-	-	-	293

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1325	X-RAY DIFFRACTION	11.662	TORSIONAL
1	2	B	1325	X-RAY DIFFRACTION	11.662	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.97-2.0077	0.3779	44	0.2595	397	20
2.0077-2.0487	0.2958	62	0.2397	561	29
2.0487-2.0932	0.2742	70	0.2406	635	32
2.0932-2.1419	0.3033	81	0.2427	720	36
2.1419-2.1955	0.2869	85	0.2323	778	41
2.1955-2.2549	0.2712	101	0.2211	908	46
2.2549-2.3212	0.2867	99	0.2205	905	47
2.3212-2.3961	0.2228	124	0.2042	1104	57
2.3961-2.4818	0.3014	141	0.2037	1227	62
2.4818-2.5811	0.2501	149	0.2069	1291	67
2.5811-2.6986	0.278	168	0.2072	1478	75
2.6986-2.8408	0.2353	172	0.2088	1554	80
2.8408-3.0188	0.2508	200	0.2048	1775	91
3.0188-3.2518	0.2496	199	0.2061	1818	93
3.2518-3.5789	0.239	203	0.1791	1808	93
3.5789-4.0965	0.2048	205	0.1517	1844	94
4.0965-5.1601	0.1818	216	0.1441	1856	96
5.1601-45.588	0.1837	205	0.1737	1846	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8578	0.1671	-2.7613	6.732	-0.7207	7.186	-0.1968	-0.535	0.123	0.2447	0.0263	-0.0687	-0.1237	0.0467	0.0918	0.1603	0.085	-0.0045	0.2173	-0.0567	0.0995	15.484	3.402	31.509
2	2.2342	1.1147	-1.676	2.5775	-1.4385	2.0186	0.0226	-0.2421	-0.0429	0.0833	-0.0448	-0.0019	-0.025	0.1155	0.1559	0.0951	0.0519	-0.0084	0.1532	0.0005	0.1392	14.817	-1.607	24.284
3	1.3393	-1.0925	-0.6399	2.4801	2.1887	7.7111	-0.0341	-0.1278	0.1615	0.0008	-0.0793	0.3228	-0.3182	-0.2922	0.0446	0.2556	0.0985	-0.0396	0.239	0.0081	0.291	4.177	21.018	16.138
4	1.1614	-0.2023	-0.8589	1.6446	-1.5155	2.5714	0.4077	0.1264	-0.335	-0.3549	0.2361	0.8413	0.0949	-0.3181	-0.3769	0.157	0.0203	-0.0831	0.2623	0.0143	0.3406	4.843	6.716	15.124
5	4.1743	0.5777	-0.2642	4.9046	-0.344	2.5847	-0.129	-0.1287	0.1926	-0.1362	-0.0748	0.2927	-0.0968	-0.0655	0.1273	0.0818	0.0519	-0.0201	0.1908	-0.0329	0.1654	10.01	0.343	23.278
6	4.8228	1.9885	2.009	4.8522	3.3359	2.4084	-0.2243	0.3751	0.2079	-0.9969	0.1443	0.1538	-0.4801	0.2462	0.0766	0.5911	-0.0119	0.0644	0.2663	0.0351	0.2027	24.204	-5.841	0.537
7	3.8829	1.0154	0.9393	1.1519	-1.0683	7.9911	-0.1273	0.3098	0.1052	-0.7987	-0.1441	0.0114	-0.1046	0.1731	0.1865	0.3836	0.0978	0.066	0.1512	0.0099	0.1663	18.348	-4.354	6.453
8	6.514	0.0131	-3.0801	4.9823	4.2093	5.4764	-0.4318	-0.3748	-0.6513	0.8123	0.161	-0.0969	0.9457	0.4967	0.1389	0.2478	0.0934	0.0667	0.1686	0.0546	0.2056	20.155	-18.627	23.405
9	8.3231	-3.6151	-2.2972	4.5901	4.9129	5.6805	0.8163	0.3244	-0.0011	-0.8665	0.0258	-0.6397	0.4554	0.473	-0.5498	0.4618	0.1988	0.0173	0.2958	0.0429	0.3076	29.39	-24.272	16.63
10	2.1105	-1.6512	-0.216	2.2617	0.4475	0.0916	0.2778	0.4866	0.1641	-0.6201	-0.318	-0.6255	0.4022	0.5255	-0.0349	1.0479	0.8638	-0.1475	0.4129	0.0922	0.4228	34.548	-31.029	10.595
11	3.198	-3.3198	2.5925	4.1772	-1.6265	4.7836	0.3563	0.068	-0.3855	-0.9594	0.1718	0.6455	0.4994	-0.1697	-0.2645	0.2266	-0.0637	-0.0218	0.1288	0.0166	0.2648	18.32	-17.123	15.225
12	3.9103	1.5283	-0.8993	3.9274	-1.2007	7.2505	-0.214	0.4265	-0.1304	-0.694	0.0442	0.3396	-0.1765	-0.7931	0.2192	0.6261	0.1234	-0.2575	0.3669	-0.1751	0.2957	7.246	-6.116	1.004
13	5.427	2.9863	-4.9428	4.4487	-1.9	4.8635	0.316	1.0054	-1.1054	-1.0045	0.2319	1.1064	1.6634	-0.971	-0.3752	0.8089	0.0278	-0.2385	0.3556	-0.0006	0.4813	9.717	-15.394	0.071
14	7.2532	4.9988	5.5537	4.9008	3.9556	8.2403	-0.0135	0.6575	-0.3976	-0.6279	0.1253	-0.59	0.2033	0.5973	-0.1962	0.3534	0.0857	0.1025	0.2031	-0.039	0.2153	22.33	-12.923	7.88
15	9.1368	-1.0633	-3.2457	8.9823	4.9143	3.4795	0.1411	-0.9844	-0.3187	0.0853	-0.0825	-0.4996	0.1843	0.8616	-0.0069	0.096	0.0189	0.1041	0.5657	-0.0476	0.3116	28.915	-6.093	19.877

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 61:88 )	A	61 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 89:112 )	A	89 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 113:143 )	A	113 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 144:157 )	A	144 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 158:206 )	A	158 - 206
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 61:88 )	B	61 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 89:111 )	B	89 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 112:121 )	B	112 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 122:129 )	B	122 - 129
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 130:145 )	B	130 - 145
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 146:157 )	B	146 - 157
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 158:172 )	B	158 - 172
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 173:180 )	B	173 - 180
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 181:193 )	B	181 - 193
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 194:207 )	B	194 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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