PDB-7u1h: Crystal structure of Lens culinaris vicilin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7u1h

タイトル

Crystal structure of Lens culinaris vicilin

要素

Allergen Len c 1.0101

キーワード

ALLERGEN / Cupin / Vicilin / Convicilin / Lentil / Seed Storage Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

aleurone grain / nutrient reservoir activity / vacuole
類似検索 - 分子機能

生物種

Lens culinaris (マメ科)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Robinson, K.A. / Bakestani, I.D. / Loewen, M.C.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Food Chem (Oxf) / 年: 2022
タイトル: Pea and lentil 7S globulin crystal structures with comparative immunoglobulin epitope mapping.
著者: Robinson, K.A. / St-Jacques, A.D. / Bakestani, I.D. / Beavington, B.A.G. / Loewen, M.C.

履歴

登録	2022年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7u1h.cif.gz	433.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7u1h.ent.gz	345.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7u1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7u1h_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7u1h_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	7u1h_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	7u1h_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7u1iC 7u1jC 1uikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3smh-1 2eaa-d 1uik-d 1uij-2 6v7g-1 2ea7-d 1ipk-d 6l4c-d 5vf5-2 3s7i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Allergen Len c 1.0101

B: Allergen Len c 1.0101

C: Allergen Len c 1.0101

148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Allergen Len c 1.0101

C: Allergen Len c 1.0101

A: Allergen Len c 1.0101

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
148 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.441, 92.504, 143.738
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Allergen Len c 1.0101 分子量: 49377.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lens culinaris (マメ科) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q84UI1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.01 M Zinc Chloride, 0.1 M Sodium acetate trihydrate, 15% PEG6000, with 20% glycerol as cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→143.74 Å / Num. obs: 39945 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.144 / R_pim(I) all: 0.093 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.782 / Num. unique obs: 4426 / CC_1/2: 0.812 / R_pim(I) all: 0.513 / R_rim(I) all: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UIK

1uik

解像度: 2.5→77.909 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.181 / SU B: 12.975 / SU ML: 0.281 / Average fsc free: 0.8585 / Average fsc work: 0.8906 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.939 / ESU R Free: 0.351 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2839	2073	5.197 %
R_work	0.1992	37814	-
all	0.204	-	-
obs	-	39887	98.239 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.052 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.473 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.584 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.889 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→77.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8688	0	0	40	8728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	8924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.64	12074
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.204	1.582	19808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.321	5	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.872	22.991	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.473	15	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.33	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	10311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	4894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.131	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.874	3.597	4388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.874	3.597	4387
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.539	5.385	5476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.539	5.385	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.249	3.977	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.248	3.977	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.272	5.799	6588
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.272	5.799	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.777	41.601	9234
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.777	41.603	9235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.367	151	0.29	2733	X-RAY DIFFRACTION	97.7627
2.565-2.635	0.36	154	0.273	2682	X-RAY DIFFRACTION	97.9958
2.635-2.712	0.364	150	0.252	2602	X-RAY DIFFRACTION	97.9708
2.712-2.795	0.369	128	0.233	2555	X-RAY DIFFRACTION	97.9912
2.795-2.887	0.277	123	0.209	2465	X-RAY DIFFRACTION	97.7711
2.887-2.988	0.334	142	0.2	2354	X-RAY DIFFRACTION	97.844
2.988-3.101	0.27	151	0.177	2276	X-RAY DIFFRACTION	98.021
3.101-3.227	0.304	118	0.203	2233	X-RAY DIFFRACTION	98.4918
3.227-3.371	0.314	89	0.207	2156	X-RAY DIFFRACTION	98.3355
3.371-3.535	0.293	97	0.19	2063	X-RAY DIFFRACTION	98.3159
3.535-3.726	0.288	91	0.198	1997	X-RAY DIFFRACTION	98.3051
3.726-3.952	0.27	86	0.187	1850	X-RAY DIFFRACTION	98.8764
3.952-4.225	0.221	82	0.158	1775	X-RAY DIFFRACTION	98.4102
4.225-4.563	0.255	99	0.155	1642	X-RAY DIFFRACTION	99.1458
4.563-4.998	0.184	91	0.151	1492	X-RAY DIFFRACTION	98.323
4.998-5.587	0.295	93	0.207	1363	X-RAY DIFFRACTION	98.913
5.587-6.449	0.304	78	0.204	1218	X-RAY DIFFRACTION	98.9313
6.449-7.895	0.301	64	0.214	1054	X-RAY DIFFRACTION	98.7633

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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