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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txs | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the VioB N-aetyltransferase from Acinetobacter baumannii in the presence of a reaction intermediate | ||||||
要素 | VioB | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / 4-amino-4 / 6-dideoxy-D-glucose / beta helix / Acinetobacter baumannii / N-acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Herkert, N.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: Structure and function of an N-acetyltransferase from the human pathogen Acinetobacter baumannii isolate BAL_212. 著者: Herkert, N.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txs.cif.gz | 68.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7txs.ent.gz | 46.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7txs_validation.pdf.gz | 692.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7txs_full_validation.pdf.gz | 694.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7txs_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7txs_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23305.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: vioB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: A0A334FGR6 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NH9 / [( | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 8 - 12% poly(ethylene glycol) 8000, 200 mM LiCl, 5 mM dTDP-4-amino-4,6-dideoxy-D-glucose, 5 mM CoA, and 100 mM MES (pH 6.0). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 70527 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.35 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 14096 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 7txp 解像度: 1.25→29.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.609 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 65.52 Å2 / Biso mean: 11.991 Å2 / Biso min: 4.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.25→29.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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