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- PDB-3tbc: Small laccase from Streptomyces viridosporus T7A; alternate cryst... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3tbc | ||||||
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Title | Small laccase from Streptomyces viridosporus T7A; alternate crystal form complexed with acetovanillone. | ||||||
![]() | small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / two-domain laccase / acitovanillone / none / secreted | ||||||
Function / homology | ![]() hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lukk, T. / Majumdar, S. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() Title: Roles of small laccases from Streptomyces in lignin degradation. Authors: Majumdar, S. / Lukk, T. / Solbiati, J.O. / Bauer, S. / Nair, S.K. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 185.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 147.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 494.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 507.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Determined via gel-filtration chromatography |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 34212.988 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: copper oxidase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 336 molecules ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/I75.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/I75.gif)
![](data/chem/img/TAM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-I75 / | #6: Chemical | ChemComp-TAM / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 282 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, the precipitant contained 5% 2-propanol, and 2.5 M dibasic potassium phosphate/monobasic sodium phosphate (pH 5.5). The crystals were ...Details: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, the precipitant contained 5% 2-propanol, and 2.5 M dibasic potassium phosphate/monobasic sodium phosphate (pH 5.5). The crystals were soaked overnight in mother liqueur containing 20 mM acetovanillone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→20 Å / Num. all: 40419 / Num. obs: 40270 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.312 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 15.42 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.7→19.757 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.856 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.99 / Phase error: 20.91 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.289 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 162.69 Å2 / Biso mean: 46.6641 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→19.757 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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