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- PDB-3tbc: Small laccase from Streptomyces viridosporus T7A; alternate cryst... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbc
タイトルSmall laccase from Streptomyces viridosporus T7A; alternate crystal form complexed with acetovanillone.
要素small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / two-domain laccase / acitovanillone / none / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethanone / OXYGEN MOLECULE / PHOSPHATE ION / Small laccase, multi-copper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridosporus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lukk, T. / Majumdar, S. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Roles of small laccases from Streptomyces in lignin degradation.
著者: Majumdar, S. / Lukk, T. / Solbiati, J.O. / Bauer, S. / Nair, S.K. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2011年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22014年10月1日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
B: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
C: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,46026
ポリマ－102,6393
非ポリマー1,82123
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14070 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
2
A: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
B: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
C: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
ヘテロ分子

A: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
B: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
C: small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,91952
ポリマ－205,2786
非ポリマー3,64146
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area33100 Å2
ΔGint-416 kcal/mol
Surface area51140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.020, 127.020, 155.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-447-

HOH

詳細Determined via gel-filtration chromatography

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 small laccase, two-domain laccase, multi-copper oxidase


分子量: 34212.988 Da / 分子数: 3 / 断片: copper oxidase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces viridosporus (バクテリア)
株: T7A / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: J9PBR2*PLUS, laccase

-
非ポリマー , 6種, 336分子

#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-I75 / 1-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)ethanone / アポシニン


分子量: 166.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3
#6: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, the precipitant contained 5% 2-propanol, and 2.5 M dibasic potassium phosphate/monobasic sodium phosphate (pH 5.5). The crystals were ...詳細: Protein concentration was 20 mg/mL in 20 mM Tris-HCl, the precipitant contained 5% 2-propanol, and 2.5 M dibasic potassium phosphate/monobasic sodium phosphate (pH 5.5). The crystals were soaked overnight in mother liqueur containing 20 mM acetovanillone, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 40419 / Num. obs: 40270 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.312 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 15.42
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.7-2.770.9742.2256432927199.9
2.77-2.850.7872.772579628911100
2.85-2.930.6243.51254642819199.9
2.93-3.020.5264.222454026821100
3.02-3.120.3765.81242252635199.9
3.12-3.230.3186.942348525401100
3.23-3.350.2528.472326125111100
3.35-3.490.18411.482195823651100
3.49-3.640.14813.962124922941100
3.64-3.820.12516.272014621781100
3.82-4.020.09819.651930220921100
4.02-4.270.0823.83179591959199.9
4.27-4.560.06628.771716418791100
4.56-4.930.06429.131578517341100
4.93-5.40.05732.361456916051100
5.4-6.040.05732.421325814621100
6.04-6.970.05233.631176413111100
6.97-8.540.04436.99979811031100
8.54-12.070.03147.376208901100
12.07-200.03445.662918393174.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_764精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→19.757 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.856 / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 2013 5 %
Rwork0.1569 38213 -
obs0.1595 40226 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.289 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 162.69 Å2 / Biso mean: 46.6641 Å2 / Biso min: 9.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.958 Å20 Å20 Å2
2---0.958 Å2-0 Å2
3---1.916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6421 0 74 313 6808
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2759053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.102924
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071195
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7122374
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7001-2.76750.3211410.278126782819
2.7675-2.84210.27261420.24526992841
2.8421-2.92550.33411410.216926792820
2.9255-3.01960.29091440.224527312875
3.0196-3.12710.26451420.205526982840
3.1271-3.25180.2811430.194127022845
3.2518-3.39910.25281420.168527092851
3.3991-3.57730.18841420.150426942836
3.5773-3.79990.21341440.13927252869
3.7999-4.09090.19651450.130727632908
4.0909-4.49820.13321430.09827092852
4.4982-5.13910.15161450.107327712916
5.1391-6.43730.17351460.126227752921
6.4373-19.75760.19281530.176228803033
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6825-0.0655-0.0922.5990.61372.9109-0.0583-0.0984-0.27160.6171-0.1475-0.09930.86120.02890.10030.4229-0.0287-0.03230.16010.09650.25664.9612-36.075956.7706
21.7967-0.11420.17962.21711.41122.04270.0183-0.5423-0.74060.1980.2179-0.26240.4089-0.16270.06360.4128-0.04330.00250.2910.09950.278161.5757-35.905858.5632
32.0769-0.6853-0.7732.28320.29632.2022-0.0141-0.156-0.14950.0614-0.19140.30670.0767-0.17240.11220.3439-0.07720.07950.166-0.01170.255552.929-28.362857.3272
40.8091-0.0085-0.14241.32460.3282.91190.13730.0022-0.00930.1617-0.10470.1640.1648-0.19530.01180.2913-0.06650.03120.19580.00980.25856.7574-29.6950.6684
53.6805-0.1598-0.47312.68961.66625.26960.166-0.25760.04720.356-0.1442-0.2759-0.05340.5683-0.08110.2898-0.048-0.02870.34950.04150.327974.9991-21.089457.2831
61.5505-0.51390.21821.68551.16141.876-0.00490.0717-0.02280.02490.0864-0.25260.13940.1483-0.10560.26480.01920.00470.25030.010.203476.3661-23.570743.4945
71.9133-2.05450.40614.57510.27391.5222-0.2014-0.72820.16920.11230.9221-0.67020.18660.9365-0.09320.16150.1418-0.05430.337-0.06520.277786.3819-20.840652.3715
80.53120.45860.17531.05451.49482.53090.03830.38020.1977-0.42170.2606-0.7236-0.57570.5708-0.20150.35770.01190.22750.5064-0.01140.412492.1043-7.206829.3527
91.0863-0.46190.6932.87611.52092.2894-0.12670.29410.0534-0.34560.2536-0.5708-0.19660.6473-0.16530.3107-0.05720.12490.4778-0.04650.423793.8719-7.794131.076
100.9882-0.0004-0.03341.83580.46571.71380.16280.1573-0.09790.00370.1028-0.46670.20420.3629-0.22410.26480.08360.03930.3624-0.06260.353890.6321-16.86539.027
110.7194-0.46620.43541.58291.08872.02850.05590.13910.0363-0.2635-0.0127-0.1985-0.10610.0542-0.09570.2268-0.03490.07580.2513-0.03060.272381.3954-3.924434.7964
120.8682-0.05930.49341.2093-0.11411.54040.07290.1056-0.0398-0.2917-0.0313-0.032-0.06470.1736-0.08120.28160.06440.00680.27220.01820.224369.8308-7.771427.1242
132.05910.4078-1.82280.1252-0.24474.90240.06710.23660.52-0.75280.0412-0.0515-0.65370.0149-0.02010.72240.02930.01420.26360.09840.366968.02285.638425.4059
141.21590.62440.14952.48460.82251.88020.25760.15960.3565-0.4838-0.01990.9284-0.355-0.54080.23510.31120.1441-0.29890.4505-0.10770.353343.298-4.970325.2927
150.7885-0.1555-0.80131.63160.73882.30880.00650.49780.0646-0.4757-0.19710.6997-0.054-0.32980.14820.53140.1562-0.17210.3956-0.070.478643.7814-3.265923.9766
161.8522-1.01350.69173.54020.12840.3013-0.05380.33260.394-0.5996-0.24930.3721-0.7096-0.2967-0.04790.62490.1945-0.17230.20390.00040.373553.16663.474324.7418
172.5178-1.1444-0.26232.37690.40112.10990.0150.24870.4136-0.5395-0.21610.0478-0.3503-0.22980.10120.50810.0646-0.10760.36740.09680.27756.08270.785419.1192
181.0676-0.18140.13221.71140.44761.27150.01350.0542-0.0027-0.3579-0.10370.0958-0.1142-0.12750.13110.36190.0417-0.06690.28050.00170.223754.1394-7.287727.978
191.8427-0.2593-0.16754.41731.90373.8899-0.0116-0.4122-0.0215-0.2727-0.27960.2450.0624-0.50090.18990.2575-0.024-0.0470.342-0.02830.2846.7775-8.426143.1367
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214.59751.22042.31734.42252.47783.72380.3734-0.0563-0.18070.9857-0.32350.33050.775-0.7102-0.03860.3544-0.08640.07850.38690.00110.32544.6479-18.944649.2278
精密化 TLSグループ
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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