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- PDB-7tps: Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tps
タイトルCrystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1
要素
  • (Programmed cell death 1 ligand ...) x 2
  • T-lymphocyte activation antigen CD80
キーワードIMMUNE SYSTEM / co-stimulatory / Ig-Like / V-type / T-cell / proliferation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of signal transduction / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...negative regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of T-helper 1 cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of signal transduction / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Co-stimulation by CD28 / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Co-inhibition by CTLA4 / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / Interleukin-10 signaling / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interleukin-10 production / Co-inhibition by PD-1 / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / response to cytokine / positive regulation of interleukin-2 production / T cell activation / recycling endosome membrane / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / virus receptor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / early endosome membrane / adaptive immune response / transcription coactivator activity / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / immune response / receptor ligand activity / external side of plasma membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...CD80, IgC-like domain / CD80, immunoglobulin variable domain / : / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-lymphocyte activation antigen CD80 / Programmed cell death 1 ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Demonte, D.W. / Maurer, M.F. / Akutsu, M. / Kimbung, Y.R. / Logan, D.T. / Walse, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The engineered CD80 variant fusion therapeutic davoceticept combines checkpoint antagonism with conditional CD28 costimulation for anti-tumor immunity.
著者: Maurer, M.F. / Lewis, K.E. / Kuijper, J.L. / Ardourel, D. / Gudgeon, C.J. / Chandrasekaran, S. / Mudri, S.L. / Kleist, K.N. / Navas, C. / Wolfson, M.F. / Rixon, M.W. / Swanson, R. / Dillon, S. ...著者: Maurer, M.F. / Lewis, K.E. / Kuijper, J.L. / Ardourel, D. / Gudgeon, C.J. / Chandrasekaran, S. / Mudri, S.L. / Kleist, K.N. / Navas, C. / Wolfson, M.F. / Rixon, M.W. / Swanson, R. / Dillon, S.R. / Levin, S.D. / Kimbung, Y.R. / Akutsu, M. / Logan, D.T. / Walse, B. / Swiderek, K.M. / Peng, S.L.
履歴
登録2022年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-lymphocyte activation antigen CD80
B: Programmed cell death 1 ligand 1
C: T-lymphocyte activation antigen CD80
D: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,20815
ポリマ－72,5074
非ポリマー3,70211
水95553
1
A: T-lymphocyte activation antigen CD80
B: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0987
ポリマ－36,2932
非ポリマー1,8055
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: T-lymphocyte activation antigen CD80
D: Programmed cell death 1 ligand 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1108
ポリマ－36,2132
非ポリマー1,8976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.928, 122.152, 152.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 T-lymphocyte activation antigen CD80 / Activation B7-1 antigen / BB1 / CTLA-4 counter-receptor B7.1 / B7


分子量: 12245.182 Da / 分子数: 2 / 変異: H52Y, A60E, E69D, M81L, V102M, A105G, D124G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD80, CD28LG, CD28LG1, LAB7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33681

-
Programmed cell death 1 ligand ... , 2種, 2分子 BD

#2: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 24048.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#3: タンパク質 Programmed cell death 1 ligand 1 / PD-L1 / PDCD1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / hPD-L1 / B7 homolog 1 / B7-H1


分子量: 23968.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NZQ7

-
糖 , 3種, 10分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 54分子

#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→95.38 Å / Num. obs: 19918 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 0.9
反射 シェル解像度: 3.15→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 1.722 / Num. unique obs: 107751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (11-DEC-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DR9, 5JDR

1dr9

5jdr


解像度: 3.15→76.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.469
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2909 991 4.99 %RANDOM
Rwork0.2474 ---
obs0.2496 19859 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 193.15 Å2 / Biso mean: 110.9 Å2 / Biso min: 34.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.2071 Å20 Å20 Å2
2---31.8755 Å20 Å2
3---15.6684 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.48 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→76.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5021 0 242 53 5316
Biso mean--133.57 60.29 -
残基数----621
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1973SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes884HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5373HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion781SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3760SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5373HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7310HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.44
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3005 20 4.93 %
Rwork0.3841 386 -
all0.3799 406 -
obs--94.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.17882.5776-2.25277.0713-2.664.4895-0.0218-0.0840.28780.1323-0.06670.38890.0055-0.21020.0885-0.36370.0202-0.0743-0.0016-0.1024-0.0193-88.3143-18.45641.2277
26.62.41524.31782.27841.9624.9047-0.05520.30810.0642-0.0570.1003-0.191-0.1870.424-0.0451-0.22510.02680.0601-0.14530.01780.0027-51.6804-2.57492.2465
33.4625-1.59170.806515.3529-2.15196.060.2304-0.38090.2758-2.5114-0.39871.2255-1.1425-0.47720.16840.22590.5685-0.467-0.3402-0.1388-0.3591-84.439219.6248-33.4857
45.6585-2.7528-4.77771.21642.65835.73070.02280.0410.17210.17930.0311-0.1527-0.2406-0.0942-0.0539-0.1034-0.041-0.0473-0.10140.1452-0.0792-52.3954-1.6823-36.0527
50.31111.9181-3.300502.273900.2051-0.33060.1655-1.14450.5318-1.3038-0.4662-0.2268-0.7369-0.403-0.1944-0.36450.3808-0.16070.2917-63.8002-0.6472-16.0747
60-0.6351-0.416800.0280-0.1596-0.08940.071-0.01740.0982-0.0752-0.02150.02130.06130.37830.0025-0.1043-0.1966-0.02960.4625-63.9813-7.2605-5.2296
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|35 - A|140 A|201 - A|201 }A35 - 140
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|35 - A|140 A|201 - A|201 }A201
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|19 - B|227 B|301 - B|302 }B19 - 227
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|19 - B|227 B|301 - B|302 }B301 - 302
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|36 - C|140 C|201 - C|201 }C36 - 140
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|36 - C|140 C|201 - C|201 }C201
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|19 - D|227 D|301 - D|302 }D19 - 227
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|19 - D|227 D|301 - D|302 }D301 - 302
9X-RAY DIFFRACTION5{ D|303 - D|303 }D303
10X-RAY DIFFRACTION6{ A|301 - A|310 B|401 - B|430 C|301 - C|302 }A301 - 310
11X-RAY DIFFRACTION6{ A|301 - A|310 B|401 - B|430 C|301 - C|302 }B401 - 430
12X-RAY DIFFRACTION6{ A|301 - A|310 B|401 - B|430 C|301 - C|302 }C301 - 302

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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