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Yorodumi- PDB-7tem: Crystal Structure of the Putative Exported Protein YPO2471 from Y... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tem | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Putative Exported Protein YPO2471 from Yersinia pestis | ||||||
Components | Putative exported protein YPO2471 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / protein of unkown function / glycoside hydrolase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Metal binding protein | ||||||
Function / homology | sucrose / ACETIC ACID / Putative exported protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Yersinia pestis CO92 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of the Putative Exported Protein YPO2471 from Yersinia pestis Authors: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tem.cif.gz | 429.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tem.ent.gz | 302.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tem.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7tem_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7tem_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7tem_validation.xml.gz | 36.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7tem_validation.cif.gz | 55.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7tem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7tem | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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-Links
-Assembly
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 4 molecules AB
#1: Protein | Mass: 48810.895 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Yersinia pestis CO92 (bacteria) / Gene: y1718, YP_2290, EGX46_13440, ypo2471 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Gold / References: UniProt: A0A5P8YGV9 #2: Polysaccharide | |
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-Non-polymers , 5 types, 690 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACY / | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Sodium acetate trihydrate pH 7.0, 20 % (w/v) Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97916 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97916 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 106782 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.59 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.921 / Mean I/σ(I) obs: 1.43 / Num. unique obs: 4253 / CC1/2: 0.538 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.65→23.44 Å / SU ML: 0.1532 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.8622 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→23.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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