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万見
- PDB-3hwo: Crystal structure of Escherichia coli enterobactin-specific isoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hwo
タイトルCrystal structure of Escherichia coli enterobactin-specific isochorismate synthase EntC in complex with isochorismate
要素Isochorismate synthase entC
キーワードISOMERASE / isochorismate synthase / EntC / chorismate-utilizing enzymes / siderophore / enterobactin / Enterobactin biosynthesis / Ion transport / Iron / Iron transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / enterobactin biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isochorismate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ISC / Isochorismate synthase EntC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sridharan, S. / Blundell, T.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Enterobactin-specific Isochorismate Synthase (EntC) Bound to its Reaction Product Isochorismate: Implications for the Enzyme Mechanism and ...タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli Enterobactin-specific Isochorismate Synthase (EntC) Bound to its Reaction Product Isochorismate: Implications for the Enzyme Mechanism and Differential Activity of Chorismate-utilizing Enzymes
著者: Sridharan, S. / Howard, N. / Kerbarh, O. / Blaszczyk, M. / Abell, C. / Blundell, T.L.
履歴
登録2009年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase entC
B: Isochorismate synthase entC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0678
ポリマ－86,5172
非ポリマー5506
水4,720262
1
A: Isochorismate synthase entC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5344
ポリマ－43,2591
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Isochorismate synthase entC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5344
ポリマ－43,2591
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.469, 104.795, 140.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Isochorismate synthase entC / Isochorismate mutase


分子量: 43258.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b0593, entC, JW0585 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEJ2, isochorismate synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ISC / (5S,6S)-5-[(1-carboxyethenyl)oxy]-6-hydroxycyclohexa-1,3-diene-1-carboxylic acid / ISOCHORISMIC ACID / イソコリスミン酸


分子量: 226.183 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 12% PEG 20,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID2911
シンクロトロンSRS PX10.120.979
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.9791
反射解像度: 2.3→42.6 Å / Num. all: 41738 / Num. obs: 41380 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.3→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 7.475 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.237
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25559 2088 5 %RANDOM
Rwork0.19991 ---
obs0.20271 39292 99.7 %-
all-41380 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5856 0 36 262 6154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4431.9688190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2625755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.4823.577274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.14715971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2341552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024658
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.32833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.54074
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.5489
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3130.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4120.525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.73953855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.13176118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.48892380
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.475112072
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 175 -
Rwork0.29 2772 -
obs--97.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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