PDB-7te5: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7te5

タイトル

Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis

要素

Pirin family protein Yhak

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / pirin family protein / bicupin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2022年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7te5.cif.gz	281 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7te5.ent.gz	196.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7te5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7te5_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7te5_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	7te5_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	7te5_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7te5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7te5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7te5-2 5q1f-2 3zrb-2 4a2j-1 3p8z-1 6mkq-d 3evg-d 1ctu-d 3imb-2 3wg6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP64164

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pirin family protein Yhak

B: Pirin family protein Yhak

ヘテロ分子

64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pirin family protein Yhak

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pirin family protein Yhak

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.442, 66.442, 122.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁
Space group name Hall	P3₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3

#1: タンパク質	Pirin family protein Yhak / Pirin-related protein 分子量: 32142.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: YP_1950, EGX46_10965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A2U2H063
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 10 %(w/v) PEG4000, 10 %(w/v) isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 50165 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 1995 / CC_1/2: 0.589 / % possible all: 77.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		data processing
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→33.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.28 / 位相誤差: 21.5908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2069	2460	4.92 %
R_work	0.1668	47525	-
obs	0.1747	49985	97.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4360	0	2	395	4757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0043	4537
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7337	6180
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0498	659
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9982	620

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.2525	126	0.2494	2175	X-RAY DIFFRACTION	72.16
1.89-1.93	0.2177	124	0.2499	2514	X-RAY DIFFRACTION	82.72
1.93-1.98	0.242	126	0.2303	2714	X-RAY DIFFRACTION	89.51
1.98-2.03	0.2489	155	0.2173	2780	X-RAY DIFFRACTION	92.21
2.03-2.08	0.2534	134	0.2136	2907	X-RAY DIFFRACTION	95.22
2.08-2.14	0.2157	125	0.2118	2899	X-RAY DIFFRACTION	95.83
2.14-2.21	0.2058	128	0.2094	2915	X-RAY DIFFRACTION	95.79
2.21-2.29	0.2381	136	0.208	2863	X-RAY DIFFRACTION	95.47
2.29-2.38	0.2621	134	0.213	2903	X-RAY DIFFRACTION	95.56
2.38-2.49	0.2754	148	0.2124	2844	X-RAY DIFFRACTION	95.05
2.49-2.62	0.2368	172	0.2078	2866	X-RAY DIFFRACTION	94.34
2.62-2.78	0.2116	108	0.2024	2935	X-RAY DIFFRACTION	96.45
2.79-3	0.2145	169	0.1831	2833	X-RAY DIFFRACTION	94.31
3-3.3	0.1997	146	0.1651	2899	X-RAY DIFFRACTION	95.17
3.3-3.78	0.201	146	0.143	2858	X-RAY DIFFRACTION	95.14
3.78-4.76	0.1762	166	0.1239	2882	X-RAY DIFFRACTION	94.34
4.76-33.31	0.2197	166	0.1416	2789	X-RAY DIFFRACTION	92.66

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.582610116178	0.207851521195	-0.330961141918	0.645145062855	-0.409665596803	2.22244639444	0.00472655415855	0.103310832911	-0.0567127879076	-0.290543674125	-0.0945747773123	-0.171990837995	0.0622017635705	0.14396876729	0.0525750229289	0.335933619104	0.0481324880396	0.0456364353535	0.248125688266	0.00629281563149	0.135453983641	35.6121918706	27.684529862	26.2249966644
2	0.5555409585	0.715535830619	-0.517145951147	1.28600572937	-1.26272905552	1.4548449068	0.0793588733292	-0.121265707618	-0.013417433951	0.239892422994	-0.119524750741	-0.0678504718717	-0.261848466811	0.015454222364	0.025180696952	0.351683109655	0.0464285957687	0.0264590386868	0.23235219255	-0.0024627395283	0.147402416133	34.0942518711	30.9011662178	42.8457567277
3	4.24780019306	0.471653963413	0.236520309459	1.95095879769	-0.0558962407129	0.414716335428	0.0464104082302	-0.057935046665	0.0175051928505	0.140889263861	-0.0783733525169	0.165012358155	-0.245644023117	-0.0682051504666	0.0232362785472	0.352186924559	0.0723970465826	0.0610159733024	0.21408746956	-0.00871800461144	0.149723748137	26.4636114252	43.2576932551	32.9783134688
4	2.14668641214	0.520691028509	0.350818967417	1.89718619874	0.264502496766	0.499710357425	-0.00790344195847	-0.0472324239669	0.0099523047032	-0.0792232620928	-0.101687682736	0.0608072624894	-0.0846823822164	-0.0676191676756	0.0985491635502	0.269752378794	0.0226636938321	0.0416841636222	0.244220633496	-0.00504749709322	0.0639027191083	33.1480756638	35.7182420011	23.9052011217
5	0.65394985217	-0.490367062887	0.235195380496	1.15139892834	-0.72156382022	0.42395231889	-0.0652136410669	-0.13518592445	-0.0563484414282	-0.0467824513462	0.074636126464	0.0615282086361	0.112026321033	0.115944409943	0.0178397917712	0.306299784372	0.0319381694878	-0.0109072509654	0.255558049362	0.0260791594359	0.145800699177	56.4453733789	2.01783688714	42.6998898696
6	1.96346347827	-0.0442592746593	-1.47929042677	0.847722687107	0.355787094903	1.29368299302	0.0415766130534	0.318844803095	0.0148915372303	-0.171380365296	-0.0444256009439	0.032921203352	0.0110717012433	-0.0884922355449	0.0133974758553	0.256462705552	0.0685099912378	-0.0134564983736	0.276538478148	0.0241434443094	0.117647783831	54.5016656878	4.73406678877	25.0595186813
7	2.35027714236	-0.0571843940755	0.646091067997	0.718167316526	-0.389035971427	0.756083622412	0.0168157357174	0.0589047647361	0.170779224139	-0.00378757713613	-0.0557147408502	-0.0927510590999	-0.0805146609248	0.0371422721561	0.0355444524499	0.342822431102	0.0638745180457	0.0265041604707	0.215822165313	0.0215485084644	0.140446383707	55.9101733499	17.5547547172	40.7072972396
8	1.60869033785	0.375273051423	-0.743061879189	1.82739491162	0.177003979245	0.724566338432	-0.0661799450316	-0.0279003355116	-0.0867428533394	0.0732294354248	-0.108780746541	0.209100569003	-0.00343741492695	-0.128558179277	0.151185274405	0.260343465422	0.0572025878357	0.0137542102306	0.211344808439	0.0353597636385	0.149651331448	46.1782110874	2.61937308637	38.2690087257

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 49 )	A	A	0 - 49	1 - 50
2	2	chain 'A' and (resid 50 through 128 )	A	A	50 - 128	51 - 129
3	3	chain 'A' and (resid 129 through 179 )	A	A	129 - 179	130 - 180
4	4	chain 'A' and (resid 180 through 283 )	A	A	180 - 283	181 - 284
5	5	chain 'B' and (resid 0 through 37 )	B	C	0 - 37	1 - 38
6	6	chain 'B' and (resid 38 through 138 )	B	C	38 - 138	39 - 139
7	7	chain 'B' and (resid 139 through 228 )	B	C	139 - 228	140 - 229
8	8	chain 'B' and (resid 229 through 283 )	B	C	229 - 283	230 - 284

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)