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- PDB-7te5: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7te5
タイトルCrystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis
要素Pirin family protein Yhak
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / pirin family protein / bicupin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls ...: / Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis CO92 (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis
著者: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2022年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pirin family protein Yhak
B: Pirin family protein Yhak
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,3344
ポリマ－64,2862
非ポリマー492
水7,116395
1
A: Pirin family protein Yhak
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1672
ポリマ－32,1431
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pirin family protein Yhak
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1672
ポリマ－32,1431
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.442, 66.442, 122.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Pirin family protein Yhak / Pirin-related protein


分子量: 32142.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis CO92 (ペスト菌) / 遺伝子: YP_1950, EGX46_10965 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A2U2H063
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 10 %(w/v) PEG4000, 10 %(w/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 50165 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 1995 / CC1/2: 0.589 / % possible all: 77.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000data processing
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→33.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.28 / 位相誤差: 21.5908
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 2460 4.92 %
Rwork0.1668 47525 -
obs0.1747 49985 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4360 0 2 395 4757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00434537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73376180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9982620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.890.25251260.24942175X-RAY DIFFRACTION72.16
1.89-1.930.21771240.24992514X-RAY DIFFRACTION82.72
1.93-1.980.2421260.23032714X-RAY DIFFRACTION89.51
1.98-2.030.24891550.21732780X-RAY DIFFRACTION92.21
2.03-2.080.25341340.21362907X-RAY DIFFRACTION95.22
2.08-2.140.21571250.21182899X-RAY DIFFRACTION95.83
2.14-2.210.20581280.20942915X-RAY DIFFRACTION95.79
2.21-2.290.23811360.2082863X-RAY DIFFRACTION95.47
2.29-2.380.26211340.2132903X-RAY DIFFRACTION95.56
2.38-2.490.27541480.21242844X-RAY DIFFRACTION95.05
2.49-2.620.23681720.20782866X-RAY DIFFRACTION94.34
2.62-2.780.21161080.20242935X-RAY DIFFRACTION96.45
2.79-30.21451690.18312833X-RAY DIFFRACTION94.31
3-3.30.19971460.16512899X-RAY DIFFRACTION95.17
3.3-3.780.2011460.1432858X-RAY DIFFRACTION95.14
3.78-4.760.17621660.12392882X-RAY DIFFRACTION94.34
4.76-33.310.21971660.14162789X-RAY DIFFRACTION92.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5826101161780.207851521195-0.3309611419180.645145062855-0.4096655968032.222446394440.004726554158550.103310832911-0.0567127879076-0.290543674125-0.0945747773123-0.1719908379950.06220176357050.143968767290.05257502292890.3359336191040.04813248803960.04563643535350.2481256882660.006292815631490.13545398364135.612191870627.68452986226.2249966644
20.55554095850.715535830619-0.5171459511471.28600572937-1.262729055521.45484490680.0793588733292-0.121265707618-0.0134174339510.239892422994-0.119524750741-0.0678504718717-0.2618484668110.0154542223640.0251806969520.3516831096550.04642859576870.02645903868680.23235219255-0.00246273952830.14740241613334.094251871130.901166217842.8457567277
34.247800193060.4716539634130.2365203094591.95095879769-0.05589624071290.4147163354280.0464104082302-0.0579350466650.01750519285050.140889263861-0.07837335251690.165012358155-0.245644023117-0.06820515046660.02323627854720.3521869245590.07239704658260.06101597330240.21408746956-0.008718004611440.14972374813726.463611425243.257693255132.9783134688
42.146686412140.5206910285090.3508189674171.897186198740.2645024967660.499710357425-0.00790344195847-0.04723242396690.0099523047032-0.0792232620928-0.1016876827360.0608072624894-0.0846823822164-0.06761916767560.09854916355020.2697523787940.02266369383210.04168416362220.244220633496-0.005047497093220.063902719108333.148075663835.718242001123.9052011217
50.65394985217-0.4903670628870.2351953804961.15139892834-0.721563820220.42395231889-0.0652136410669-0.13518592445-0.0563484414282-0.04678245134620.0746361264640.06152820863610.1120263210330.1159444099430.01783979177120.3062997843720.0319381694878-0.01090725096540.2555580493620.02607915943590.14580069917756.44537337892.0178368871442.6998898696
61.96346347827-0.0442592746593-1.479290426770.8477226871070.3557870949031.293682993020.04157661305340.3188448030950.0148915372303-0.171380365296-0.04442560094390.0329212033520.0110717012433-0.08849223554490.01339747585530.2564627055520.0685099912378-0.01345649837360.2765384781480.02414344430940.11764778383154.50166568784.7340667887725.0595186813
72.35027714236-0.05718439407550.6460910679970.718167316526-0.3890359714270.7560836224120.01681573571740.05890476473610.170779224139-0.00378757713613-0.0557147408502-0.0927510590999-0.08051466092480.03714227215610.03554445244990.3428224311020.06387451804570.02650416047070.2158221653130.02154850846440.14044638370755.910173349917.554754717240.7072972396
81.608690337850.375273051423-0.7430618791891.827394911620.1770039792450.724566338432-0.0661799450316-0.0279003355116-0.08674285333940.0732294354248-0.1087807465410.209100569003-0.00343741492695-0.1285581792770.1511852744050.2603434654220.05720258783570.01375421023060.2113448084390.03535976363850.14965133144846.17821108742.6193730863738.2690087257
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 49 )AA0 - 491 - 50
22chain 'A' and (resid 50 through 128 )AA50 - 12851 - 129
33chain 'A' and (resid 129 through 179 )AA129 - 179130 - 180
44chain 'A' and (resid 180 through 283 )AA180 - 283181 - 284
55chain 'B' and (resid 0 through 37 )BC0 - 371 - 38
66chain 'B' and (resid 38 through 138 )BC38 - 13839 - 139
77chain 'B' and (resid 139 through 228 )BC139 - 228140 - 229
88chain 'B' and (resid 229 through 283 )BC229 - 283230 - 284

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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