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- PDB-7te5: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bic... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7te5 | ||||||
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Title | Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis | ||||||
![]() | Pirin family protein Yhak | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / pirin family protein / bicupin / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Pirin, C-terminal domain / Pirin C-terminal cupin domain / Pirin, N-terminal domain / Pirin / Pirin / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / metal ion binding / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of the Pirin Family Protein Redox-sensitive Bicupin YhaK from Yersinia pestis Authors: Kim, Y. / Chhor, G. / Endres, M. / Babnigg, G. / Schneewind, O. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 281 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 196.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 437.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 32142.791 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.46 Å3/Da / Density % sol: 50.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 10 %(w/v) PEG4000, 10 %(w/v) isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97921 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→50 Å / Num. obs: 50165 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 18.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Num. unique obs: 1995 / CC1/2: 0.589 / % possible all: 77.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→33.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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