PDB-7t7o: Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast covalently bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t7o

タイトル

Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast covalently bound to BeF3

要素

Damage-control phosphatase SPAC806.04c

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / metal-dependent phosphatase / Domain of Unknown Function 89 (DUF89)

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / inorganic diphosphate phosphatase activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular detoxification /

phosphatase activity /

metal ion binding /

細胞核 /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Fission yeast Duf89 and Duf8901 are cobalt/nickel-dependent phosphatase-pyrophosphatases that act via a covalent aspartyl-phosphate intermediate.
著者: Sanchez, A.M. / Jacewicz, A. / Shuman, S.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t7o.cif.gz	430.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t7o.ent.gz	291.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7t7kSC 7t7nC 7u1vC 7u1xC 7u1yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

A: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

100 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.2 kDa, 1 ポリマー
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2

A: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.937, 116.495, 151.573
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-716- HOH
2	1	A-716- HOH

#1: タンパク質	Damage-control phosphatase SPAC806.04c / Sugar phosphate phosphatase SPAC806.04c 分子量: 50101.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UT55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 mM SPAC806.04c protein in 5 mM CoCl2, 5 mM BeCl2, 15 mM NaF, 15 mM Tris-HCl (pH 7.5), and 112 mM NaCl-containing buffer mixed with equla volume of 1.8 M sodium phosphate monobasic ...詳細: 0.3 mM SPAC806.04c protein in 5 mM CoCl2, 5 mM BeCl2, 15 mM NaF, 15 mM Tris-HCl (pH 7.5), and 112 mM NaCl-containing buffer mixed with equla volume of 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic (pH 8.0)

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3 mM SPAC806.04c protein in 5 mM CoCl2, 5 mM BeCl2, 15 mM NaF, 15 mM Tris-HCl (pH 7.5), and 112 mM NaCl-containing buffer mixed with equla volume of 1.8 M sodium phosphate monobasic ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.60601 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.60601 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→49.08 Å / Num. obs: 55903 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_pim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4532 / CC_1/2: 0.629 / R_pim(I) all: 0.487 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7T7K

7t7k

解像度: 2.16→46.35 Å / SU ML: 0.2765 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6102
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	2641	2.49 %
R_work	0.2018	103322	-
obs	0.2026	55843	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→46.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7019	0	7	233	7259

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	7211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9387	9791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0503	1064
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2383	952

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.2	0.2894	183	0.2686	5406	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.2-2.24	0.3011	122	0.2553	5479	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.24-2.29	0.2857	151	0.2591	5387	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.29-2.34	0.3302	115	0.2563	5372	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.34-2.39	0.3046	149	0.2548	5447	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.39-2.45	0.2514	154	0.2444	5441	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.45-2.52	0.262	144	0.2307	5451	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.52-2.59	0.2382	126	0.2333	5433	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.59-2.68	0.2113	154	0.2295	5388	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.68-2.77	0.3048	170	0.2289	5493	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.77-2.88	0.2871	134	0.2377	5386	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.88-3.01	0.3031	141	0.2367	5434	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.01-3.17	0.2993	147	0.2221	5436	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.17-3.37	0.1714	119	0.1991	5450	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.37-3.63	0.2121	137	0.1777	5478	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.63-4	0.2003	102	0.1622	5471	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4-4.57	0.1783	146	0.147	5413	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.57-5.76	0.1768	124	0.1536	5499	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.76-46.35	0.21	123	0.1848	5458	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.675805752033	0.656105383788	-1.87940747645	5.94991415325	-0.250726935139	5.53997973753	0.0665530257731	0.0939407202748	0.0683798312306	-0.0576349272946	0.0703112101817	0.0929129317286	-0.349565268629	-0.0140481988512	-0.0803567651171	0.165735582548	-0.0284214346727	-0.0369710815643	0.179299311159	-0.00514583704205	0.143490876114	30.0761256529	30.82009737	21.8455272406
2	1.18787953178	1.0287159023	-0.95147314158	7.98742484989	-7.77472641116	8.55276711529	-0.0249573989433	-0.145079090505	0.0264139478614	0.506150985522	-0.0565872021709	0.045641440749	-0.335080801872	-0.179441804491	0.0819957934673	0.20878360355	0.0170387290797	0.0394488541864	0.224612126125	-0.0572286324031	0.210722840237	17.8110010923	21.27604521	45.4130574431
3	7.89704613774	-2.24311867272	0.64178135555	6.67814593174	0.774283204331	6.42443269034	-0.061702765218	-0.193404718587	0.481321534218	0.0467654688893	0.149959174947	-0.730657881232	-0.171357124092	0.576751639423	-0.0708825103594	0.183801551218	-0.0356123265958	0.0138732023809	0.193268649791	-0.0521081067173	0.21801783881	35.6348199029	30.6003228075	34.4820117112
4	1.49800224455	1.10733938266	-2.67742101202	3.09909956791	-4.51181679979	7.65040394176	0.000313328460769	-0.0213247875942	-0.0801157771157	0.0425166193898	-0.0946504245575	0.0175839344358	0.0653553813802	0.0263571812559	0.104466396526	0.143498673717	0.00109368643943	0.017682801255	0.176256184664	-0.0260382134319	0.171302760565	27.3820245249	20.6083567264	38.5898466595
5	5.0039129241	0.819755057139	1.7014729892	7.42143013952	1.29259112405	1.85559817463	-0.0202976696498	-0.00919347240182	-0.0312192368471	0.0393735213574	-0.10196228658	0.614413003411	0.320336576703	-0.388812670054	0.150394447704	0.271290166311	-0.0542120814534	0.0803573957947	0.283343059749	0.0720515980048	0.184087851024	13.4504997593	1.07867071399	25.6232496088
6	1.69673392991	0.341163330299	-0.481083232954	2.64249379074	2.65984231354	4.26799440374	-0.249875572286	0.127430925398	-0.38446209035	0.192282734337	0.0242132536755	0.286189561818	0.640804572309	0.0111696329673	0.184996463292	0.314707636786	0.00588507171234	0.0506605446464	0.225754150075	-0.00803747430837	0.26112686551	22.166023488	-5.01391228864	8.6295720853
7	4.40386896226	0.186081058769	-2.4643143727	5.08954821917	1.79828389507	6.66231522603	-0.0614493546082	0.250736740477	-0.298265695559	-0.143644841244	-0.0815298503086	0.580782028576	0.209251252737	-0.654306969677	0.152677578572	0.253515229099	0.017421550401	-0.0696276972314	0.259258109294	0.0286203929539	0.292310166998	14.1258825585	11.9552086723	15.7502425695
8	1.47825061493	0.582367626604	1.26597959115	1.54142529418	-1.00393774359	2.78835534121	-0.0752950571188	0.0819521241783	-0.244572773678	0.00842585004089	0.0854013493501	-0.268295100333	0.804599656087	0.504693541812	0.00155743524731	0.303763956497	0.0548925360902	0.023440829075	0.190695596195	-0.0105425256336	0.27595993624	32.9514706601	1.32605463858	13.8278323871
9	0.591604264065	0.076960354063	-0.216730118813	1.34555679939	0.0325956613824	1.01512857578	-0.051350348159	0.0140690662611	-0.0515452758009	-0.0495551686922	-0.0136619097316	-0.05427876395	0.125187330055	0.0479933681086	0.0631049669397	0.241568180903	0.00745361882316	0.00661307920033	0.234334403417	-0.00333436823988	0.215262162044	29.4664574264	9.55432496573	19.882347709
10	1.13257513022	-0.296438412017	0.0613376026191	0.628822979121	0.0694808403313	0.568643138361	-0.00995877338459	-0.0126997546662	-0.00107754087558	-0.0233530577089	-0.00846433688171	0.0292829378195	0.0309481022116	-0.0311921616639	0.0181953795982	0.247529662054	-0.0551169999888	0.0298874456224	0.229927811084	0.00178016837782	0.229365087633	-10.2533740013	49.0927604164	19.2039504405
11	3.68350913831	-4.46666384331	-0.709344194216	5.69036603546	0.264530015696	7.97601134375	-0.217487348245	-0.936897874029	-0.682084179938	0.881792586558	0.451688548858	0.70847346518	0.141861877669	-0.31245173174	-0.229709110473	0.496573626125	-0.0727881037294	0.0591679375504	0.273029884158	0.0483558034044	0.431807299834	-0.802890058486	39.3314974984	33.5705364486
12	0.9001936875	-0.183140507646	0.0187142069239	0.935106209438	-0.0280515257687	1.16046836087	-0.00488556290371	-0.0656810936793	0.0377124199119	0.00804734543613	0.05593722137	-0.0529018911341	-0.0400898726843	0.1750210712	-0.0485416868619	0.182855109935	-0.00885363064624	0.0136379118495	0.251777972864	-0.00569325457948	0.198656406984	5.82420303519	49.2800670761	21.7309175114

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	A	1 - 26	1 - 26
2	2	chain 'B' and (resid 27 through 74 )	B	A	27 - 74	27 - 74
3	3	chain 'B' and (resid 75 through 108 )	B	A	75 - 108	75 - 108
4	4	chain 'B' and (resid 109 through 136 )	B	A	109 - 136	109 - 136
5	5	chain 'B' and (resid 137 through 159 )	B	A	137 - 159	137 - 159
6	6	chain 'B' and (resid 160 through 193 )	B	A	160 - 193	160 - 193
7	7	chain 'B' and (resid 194 through 227 )	B	A	194 - 227	194 - 227
8	8	chain 'B' and (resid 228 through 251 )	B	A	228 - 251	228 - 251
9	9	chain 'B' and (resid 252 through 438 )	B	A	252 - 438	252 - 438
10	10	chain 'A' and (resid 0 through 193 )	A	B	0 - 193	1 - 188
11	11	chain 'A' and (resid 194 through 226 )	A	B	194 - 226	189 - 221
12	12	chain 'A' and (resid 227 through 438 )	A	B	227 - 438	222 - 433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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