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Yorodumi- PDB-7u1x: Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast covalently bo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u1x | ||||||
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Title | Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast covalently bound to BeF3 | ||||||
Components | Damage-control phosphatase SPAC806.04c | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metal-dependent phosphatase / Domain of Unknown Function 89 (DUF89) | ||||||
Function / homology | Function and homology information fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / inorganic diphosphate phosphatase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases / cellular detoxification / phosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12 Å | ||||||
Authors | Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2022 Title: Fission yeast Duf89 and Duf8901 are cobalt/nickel-dependent phosphatase-pyrophosphatases that act via a covalent aspartyl-phosphate intermediate. Authors: Sanchez, A.M. / Jacewicz, A. / Shuman, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7u1x.cif.gz | 435 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7u1x.ent.gz | 294.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7u1x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7u1x_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7u1x_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | 7u1x_validation.xml.gz | 32.5 KB | Display | |
Data in CIF | 7u1x_validation.cif.gz | 46.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/7u1x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7t7kSC 7t7nC 7t7oC 7u1vC 7u1yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 50101.734 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9UT55, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 1.8 M Sodium/potassium phosphate (pH 8.0), cryoprotected in crystallization solution supplemented with 25% sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 1.2822 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 17, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.2822 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.11→46.92 Å / Num. obs: 61347 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 2.11→2.17 Å / Redundancy: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3701 / CC1/2: 0.592 / Rpim(I) all: 0.378 / % possible all: 82 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7T7K Resolution: 2.12→46.92 Å / SU ML: 0.2533 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.663 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→46.92 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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