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- PDB-7u1y: Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to AlF4... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7u1y | ||||||
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Title | Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to AlF4 and Co2+ | ||||||
![]() | Damage-control phosphatase SPAC806.04c | ||||||
![]() | HYDROLASE / metal-dependent phosphatase / Domain of Unknown Function 89 (DUF89) | ||||||
Function / homology | ![]() fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / inorganic diphosphate phosphatase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases / cellular detoxification / phosphatase activity / nucleus / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Fission yeast Duf89 and Duf8901 are cobalt/nickel-dependent phosphatase-pyrophosphatases that act via a covalent aspartyl-phosphate intermediate. Authors: Sanchez, A.M. / Jacewicz, A. / Shuman, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 241 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 158.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7t7kC ![]() 7t7nC ![]() 7t7oC ![]() 7u1vSC ![]() 7u1xC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 50036.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: SPAC806.04c / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9UT55, Hydrolases; Acting on ester bonds; Phosphoric-monoester hydrolases |
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#2: Polysaccharide | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose |
-Non-polymers , 4 types, 429 molecules ![](data/chem/img/ALF.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-ALF / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-K / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2M NaCL, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 6,000; cryprotectant: 0.2M NaCL, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.0), 22% (w/v) PEG 6,000, 25% (w/v) sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 9, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.605 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→47.28 Å / Num. obs: 43687 / % possible obs: 95.9 % / Redundancy: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 26.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.85 Å / Redundancy: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1572 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.144 / % possible all: 59 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7U1V Resolution: 1.81→47.28 Å / SU ML: 0.1737 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / Phase error: 18.2918 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.81→47.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: UNK / Label asym-ID: A
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