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- PDB-7u1y: Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to AlF4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u1y
タイトルStructure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to AlF4 and Co2+
要素Damage-control phosphatase SPAC806.04c
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / metal-dependent phosphatase / Domain of Unknown Function 89 (DUF89)
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / inorganic diphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular detoxification / phosphatase activity / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Damage-control phosphatase ARMT1 / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain / Damage-control phosphatase ARMT1-like, metal-binding domain superfamily / Damage-control phosphatase ARMT1-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
スクロース / TETRAFLUOROALUMINATE ION / : / : / Damage-control phosphatase SPAC806.04c
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM126945 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Fission yeast Duf89 and Duf8901 are cobalt/nickel-dependent phosphatase-pyrophosphatases that act via a covalent aspartyl-phosphate intermediate.
著者: Sanchez, A.M. / Jacewicz, A. / Shuman, S.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Damage-control phosphatase SPAC806.04c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6396
ポリマ－50,0371
非ポリマー6025
水7,656425
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.721, 133.721, 56.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Damage-control phosphatase SPAC806.04c / Sugar phosphate phosphatase SPAC806.04c


分子量: 50036.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC806.04c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UT55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / スクロース


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖, Oligosaccharideオリゴ糖
クラス: 栄養素栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: スクロース
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 429分子

#3: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M NaCL, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.0), 20% (w/v) PEG 6,000; cryprotectant: 0.2M NaCL, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.0), 22% (w/v) PEG 6,000, 25% (w/v) sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.605 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.605 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→47.28 Å / Num. obs: 43687 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.81→1.85 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1572 / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.144 / % possible all: 59

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7U1V

7u1v


解像度: 1.81→47.28 Å / SU ML: 0.1737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 18.2918
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1818 2145 4.91 %
Rwork0.1561 41539 -
obs0.1574 43684 95.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3530 0 31 425 3986
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00713667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97774986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.237495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.860.2873860.22641769X-RAY DIFFRACTION61.02
1.86-1.90.22351450.19432440X-RAY DIFFRACTION85.6
1.9-1.950.17641320.17662631X-RAY DIFFRACTION92.13
1.95-2.010.20771460.1622831X-RAY DIFFRACTION98.35
2.01-2.080.19321500.16562849X-RAY DIFFRACTION99.97
2.08-2.150.22441470.15762886X-RAY DIFFRACTION99.93
2.15-2.240.20571370.162902X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.340.2121530.16832861X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.460.20161650.16612881X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.610.19061320.16112872X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.820.20121320.16692928X-RAY DIFFRACTION100
2.82-3.10.19651740.17062875X-RAY DIFFRACTION99.93
3.1-3.550.17971340.14622922X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-4.470.14731610.13472904X-RAY DIFFRACTION100
4.47-47.280.14331510.14392988X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.841822501560.113268547927-1.485719615333.056925710632.219981181624.43063813528-0.132952244927-0.29277987491-0.1282803639490.266599028796-0.1871750201950.1740727184820.4354466917490.06008989685320.3116584277830.173869948546-0.0126777673048-0.06544468866130.202508229744-0.006244512941880.24205015461339.443027826427.313568925529.5984553592
24.825885774392.00457312531.038536603146.533456006680.8828124890483.43088873692-0.0774131773431-0.395328006540.3272889524080.3089830822060.0186008179741-0.201356458087-0.10425873662-0.002489397839370.03531181396960.1196067998960.0372871691946-0.003390876101160.164342578558-0.03814389643880.11582614415546.17490832247.703506475548.1479745942
35.08929999630.253576414392-2.680659194612.66640930084-1.538946038236.19107306312-0.06354731344870.331061843240.534248090264-0.137823442544-0.007157195525990.160149031175-0.198816782133-0.4326420699960.0578331886540.1793287939820.0474571171292-0.1146233914750.190621756544-0.04116362028170.2785183363838.462952153940.434386118427.1130429412
41.087657547130.242032456430.5263690286443.459629507872.179344365212.36933638418-0.01378456083460.0982335862887-0.0027885168872-0.0700391560850.04508724688920.0114069328299-0.01572764954460.0805350766099-0.03760297001880.1054051233460.0141168846817-0.007517421771410.141054218613-0.007007499073940.16434846015447.844588688343.736382201837.1868833432
55.50769321811-3.23276499046-1.732211506595.114691828622.187918192013.63791249552-0.0134950737758-0.0478556458731-0.145711543749-0.004610497754790.0111712886013-0.1490140692990.1343006068390.252208627834-0.006758456040290.111221966904-0.0242361767216-0.03256918791870.106202309160.002132617160780.1012717296874.43549742925.843469682143.8556502677
66.55510128319-1.84865011091-4.654810542583.937722495081.805447878587.04290072291-0.3045626088930.0803707052957-0.472704670560.1459676602370.120469731796-0.3219435826670.4660424558090.2210885315220.1972562909260.207510647385-0.0247222195965-0.01170900178420.177741982393-0.0343529391190.20017716098771.626554697215.476076734835.423551167
70.3928748986460.4999267453720.8189046515415.235196661132.434961268038.046650932210.10080338049-0.263062952607-0.1831188802590.7915393017880.03295578028670.09464072172510.3780648756790.18616688418-0.09455737796490.229912712245-0.08127186542040.008296438703560.2673159047180.01159824952580.321368244658.899266295719.025995107444.8117125537
82.33644034853-0.421288346911-0.1856392442831.502152739870.1554017834150.50226710664-0.04869709754670.109649198124-0.00844405282046-0.1063139200610.00528733191068-0.100199058033-0.03407610944320.01237968941810.05350180728330.15121901068-0.00858964185449-0.01381767325930.167781852507-0.01362682340650.11807290382167.852624933227.990644427431.2933558409
92.564291726350.2993303146861.644165859160.5130485884550.3758880272981.57255906909-0.0603211590713-0.05158465662180.111187023196-0.06309431703940.024318541713-0.00108697069003-0.0396765143372-0.05761364689930.06307162763120.157988862484-0.01138582407490.01131603588220.132283339592-0.004247769670230.15008332690469.741400553236.659930641136.9022647939
101.310598408250.4505515084950.5545489165641.844596744560.005930237199021.04774178968-0.03482964208680.08843094515180.0132264675644-0.1658286198490.006090270910650.1167456740410.0381784153704-0.1051758149850.02617203900460.1911664959930.000570483338078-0.02438345147050.21413833996-0.03950341079430.13808833891754.970676858723.517878543524.1055628962
115.369572850312.17596990395-1.979028426595.17929517952-1.366394601214.593793568820.0611960198758-0.130100133114-0.1683421852970.4787525203120.002798372900060.4342434308630.593817806562-0.995517795188-0.06319391518930.270907303323-0.09770289527380.0074313389350.354642178147-0.04124042171280.20490533107152.146525894812.458662690734.2471142466
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: UNK / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 26 )0 - 261 - 27
22chain 'A' and (resid 27 through 74 )27 - 7428 - 75
33chain 'A' and (resid 75 through 108 )75 - 10876 - 109
44chain 'A' and (resid 109 through 136 )109 - 136110 - 137
55chain 'A' and (resid 137 through 171 )137 - 171138 - 172
66chain 'A' and (resid 172 through 193 )172 - 193173 - 194
77chain 'A' and (resid 194 through 227 )194 - 227195 - 228
88chain 'A' and (resid 228 through 288 )228 - 288229 - 289
99chain 'A' and (resid 289 through 337 )289 - 337290 - 338
1010chain 'A' and (resid 338 through 411 )338 - 411339 - 412
1111chain 'A' and (resid 412 through 438 )412 - 438413 - 439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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