PDB-7t7k: Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to Co2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t7k

タイトル

Structure of SPAC806.04c protein from fission yeast bound to Co2+

要素

Damage-control phosphatase SPAC806.04c

キーワード

HYDROLASE / metal-dependent phosphatase / Domain of Unknown Function 89 (DUF89)

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-1-phosphatase activity / fructose 6-phosphate aldolase activity / intracellular phosphate ion homeostasis / inorganic diphosphate phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / cellular detoxification / phosphatase activity / DNA damage response / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jacewicz, A. / Sanchez, A.M. / Shuman, S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Fission yeast Duf89 and Duf8901 are cobalt/nickel-dependent phosphatase-pyrophosphatases that act via a covalent aspartyl-phosphate intermediate.
著者: Sanchez, A.M. / Jacewicz, A. / Shuman, S.

履歴

登録	2021年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t7k.cif.gz	449.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t7k.ent.gz	303.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7t7k_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t7k_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7t7k_validation.xml.gz	39 KB	表示
CIF形式データ	7t7k_validation.cif.gz	59.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t7/7t7k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7t7nC 7t7oC 7u1vC 7u1xC 7u1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

A: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
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1

B: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Damage-control phosphatase SPAC806.04c

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.654, 116.314, 151.862
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-930- HOH
2	1	A-946- HOH
3	1	A-1007- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Damage-control phosphatase SPAC806.04c / Sugar phosphate phosphatase SPAC806.04c 分子量: 50036.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: SPAC806.04c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UT55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

#1: タンパク質

Damage-control phosphatase SPAC806.04c / Sugar phosphate phosphatase SPAC806.04c

分子量: 50036.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: SPAC806.04c / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UT55, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 779分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 762 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.3 mM SPAC806.04c, 5 mM CoCl2, 19 mM Tris-HCl (pH 7.5), and 142 mM NaCl buffer mixed with precipitant solution containing 1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic (pH 8.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.51 Å / Num. obs: 82654 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 22.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4480 / CC_1/2: 0.75 / R_pim(I) all: 0.383 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: a low resolution structure (2.75A) obtained with a Phyre2 model for a diffferent crystal of the same protein

解像度: 1.9→46.42 Å / SU ML: 0.183 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.3919
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1957	2074	2.51 %
R_work	0.1644	80504	-
obs	0.1653	82578	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7007	0	49	762	7818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0072	7224
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9218	9812
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0549	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.1777	944

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.94	0.3148	127	0.2498	5327	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.94-1.99	0.2646	139	0.2136	5236	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.99-2.05	0.2521	130	0.1947	5345	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.05-2.11	0.2241	137	0.181	5324	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.11-2.17	0.228	150	0.1712	5312	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.17-2.25	0.2313	135	0.163	5292	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.25-2.34	0.2185	137	0.1628	5316	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.34-2.45	0.2397	114	0.1689	5372	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.45-2.58	0.2355	146	0.1722	5306	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.58-2.74	0.1977	134	0.181	5355	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.95	0.2231	134	0.1894	5395	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.95-3.25	0.201	144	0.171	5378	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.25-3.72	0.1696	150	0.1431	5388	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.72-4.68	0.1421	158	0.1208	5458	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.68-46.42	0.1683	139	0.1677	5700	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.22692723922	0.551144427711	-2.63477821301	4.68063834528	-0.361002059162	5.82828499588	0.022975661089	0.166594058594	0.100117522126	-0.0950585695849	0.0341045350949	0.0571420890895	-0.16827085211	-0.0345288845142	-0.0561660258659	0.16049760337	-0.029115373635	-0.0376241771325	0.115336571902	0.00666588839849	0.129554099467	30.5325281341	30.6618385897	21.7542751726
2	1.06602155142	1.25128873956	-0.96761289908	6.90648012849	-6.20525771913	6.42702937369	0.0318822905984	-0.0585222725607	0.0603515652731	0.342620593062	0.0489590692905	0.203580458877	-0.231281764546	-0.231257865611	-0.11326632008	0.165193706059	0.0418455089563	0.0323688411117	0.188230918612	-0.0405158964736	0.183764407056	18.0015984375	21.2080190083	45.157490928
3	8.37411746878	-3.93017346043	0.89105869801	6.7483361502	0.947235604805	4.17158586246	-0.16406989842	-0.211725586149	0.433862497303	0.325962618626	0.121413055797	-0.555079872205	-0.126955778691	0.218906515257	2.16292977582E-5	0.176380975408	-0.0429071751574	-0.0208305685753	0.168025456366	-0.0247428972983	0.168632019942	36.0425384827	30.5551900785	34.4286624994
4	1.22714640648	2.29178923537	-3.24521905645	4.35307738894	-6.19148096138	8.83775792007	0.0074803884914	-0.0674750258335	0.0125186422887	0.043342506824	-0.131473603125	-0.0187363983947	-0.0726133780527	0.215469636865	0.140616608066	0.127113953169	0.029760048952	-0.006946666008	0.119697943895	-0.0241406801263	0.146142694465	27.549395033	20.607545265	38.4728062072
5	4.73192062544	-0.207336224571	0.39470096226	5.59568971309	2.23663521118	6.03232107145	-0.177260616733	0.364965750895	-0.561683808356	-0.269392434517	0.133883657014	0.32973867407	0.334336463586	-0.166724814481	0.109419417775	0.250993128075	-0.0873551329944	0.0510980607894	0.19514925741	0.0247280773364	0.247825302081	14.9083204098	-1.9774146676	22.5672557078
6	1.85623437597	-1.39252537117	-0.677147771304	6.07789672958	4.56634098892	4.01240075571	-0.0683385514246	0.0357844459435	-0.186460127482	0.190669558961	0.0062990520032	0.15390691023	0.374158067065	0.00721692276948	0.0825849079434	0.185374994104	-0.0140255814617	0.011399411127	0.136487761479	0.0158906759696	0.15676525692	22.6436419739	-3.155436552	7.88514032249
7	2.28704261411	-2.26975612949	-3.05597971775	3.1498699714	2.96427183928	4.17556678554	-0.0725266889329	0.183740089599	-0.169300656034	-0.0108477329061	-0.0947344719145	0.26924324799	0.049957600381	-0.302320330306	0.211962065953	0.190078252563	-0.0194464597732	-0.0422062800466	0.194045526981	0.0136791644678	0.234213281989	17.9438408622	9.96584533192	13.8305418147
8	0.639586928717	0.0150572892017	-0.142588461034	1.2859273285	0.13396560865	1.12509679104	-0.0370065183187	-0.0151350889902	-0.0751743239093	0.053002560158	0.0216778980344	-0.0411646541008	0.13203559308	0.0801635058369	0.0159354218854	0.160732226504	0.0220003346698	-0.000663904815862	0.151391966284	-0.00632276968041	0.155010164154	29.8574040803	8.81349694861	19.7457156671
9	2.77174367938	-1.82992147477	-1.21428396752	2.50362093704	1.06233535271	1.44495310647	-0.0108998669182	-0.0712647127442	-0.0681086155192	0.0770857669291	0.0051561895904	0.197392663959	0.0487093766609	-0.0629029699512	0.0129639711006	0.11687327339	-0.0410990224905	-0.0281147223975	0.159002229352	-0.00971460275736	0.142227900387	-18.062447483	46.9334479588	16.5683121766
10	6.0154378746	3.81326568757	-1.04122775415	6.05382917892	-2.54550777666	3.43091556581	-0.0156294432662	0.31207587658	0.193663651575	-0.330236967758	-0.0146527409134	0.238682639657	0.0558019271233	-0.156734266981	0.0247909201577	0.15686788138	0.0204214517785	-0.0449387514858	0.192166703872	-0.0239966400248	0.128683382213	-13.2494320203	46.7009871989	3.06461867617
11	1.90499286988	-0.413174474436	0.764028290701	0.655719310153	-0.227146048527	1.14128392072	-0.0347814045598	-0.269094295681	0.141013713821	0.155188310386	-0.00548207098107	-0.0910946692624	-0.0455263315684	-0.0182391138461	0.0513821501609	0.202265662631	-0.0402137101562	0.00633773245546	0.199979061118	-0.0256430496785	0.182556855115	-1.59184430051	51.4285844859	28.4418355558
12	5.5431131625	-2.84543951333	0.757896873725	2.29223380096	0.409824315576	3.30305119386	-0.0799066762069	-0.975685777362	-0.373368467883	0.35871416649	0.226182065761	0.119985873278	0.181045481466	-0.151697217592	-0.165933586658	0.302514272895	-0.0248921540369	0.00235401571661	0.264946249473	0.0718009120427	0.247613945149	-0.360688275549	39.1893563341	33.5695800502
13	1.80323068544	0.184747586649	0.767672503553	0.708666089386	0.187108536594	1.36480563668	0.0115353094876	-0.200697340049	0.253761210494	0.0561772658533	-0.0501702036532	-0.0115322724148	-0.085205112993	0.0102535983929	0.0285297384465	0.13753486734	-0.0145117405345	0.0130093622992	0.140839766918	-0.0237064343451	0.173724574043	5.72311419013	55.5543296579	23.5223404352
14	2.23709947482	-0.325642936843	-0.0241068127792	3.86645610434	-0.961535372572	1.89968020901	0.0196972550956	-0.058634190644	-0.287956418363	-0.0834259580608	0.00332200414075	0.0691669832413	0.161265876026	0.030679137821	-0.0133330018201	0.153372839592	0.0192775592787	-0.0221725854846	0.178765282927	-0.00723536420758	0.164243237973	6.63605274768	35.5470208515	18.0723401366

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 1 through 26 )	B	A	1 - 26	1 - 26
2	2	chain 'B' and (resid 27 through 74 )	B	A	27 - 74	27 - 74
3	3	chain 'B' and (resid 75 through 108 )	B	A	75 - 108	75 - 108
4	4	chain 'B' and (resid 109 through 136 )	B	A	109 - 136	109 - 136
5	5	chain 'B' and (resid 137 through 165 )	B	A	137 - 165	137 - 165
6	6	chain 'B' and (resid 166 through 193 )	B	A	166 - 193	166 - 193
7	7	chain 'B' and (resid 194 through 235 )	B	A	194 - 235	194 - 235
8	8	chain 'B' and (resid 236 through 438 )	B	A	236 - 438	236 - 438
9	9	chain 'A' and (resid 0 through 74 )	A	B	0 - 74	1 - 75
10	10	chain 'A' and (resid 75 through 108 )	A	B	75 - 108	76 - 109
11	11	chain 'A' and (resid 109 through 193 )	A	B	109 - 193	110 - 188
12	12	chain 'A' and (resid 194 through 226 )	A	B	194 - 226	189 - 221
13	13	chain 'A' and (resid 227 through 370 )	A	B	227 - 370	222 - 365
14	14	chain 'A' and (resid 371 through 438 )	A	B	371 - 438	366 - 433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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