[日本語] English
- PDB-7t5f: Botulinum neurotoxin Type B Light Chain complexed with nanobodies... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5f
タイトルBotulinum neurotoxin Type B Light Chain complexed with nanobodies JLJ-G3 and JNE-B10
要素
  • Botulinum neurotoxin type B
  • JLJ-G3
  • JNE-B10
キーワードTOXIN / Botulinum neurotoxin / camelid heavy chain antibody / endopeptidase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane ...Toxicity of botulinum toxin type B (botB) / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Botulinum neurotoxin type B
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
Camelidae (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jin, R. / Lam, K.-H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI125704 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / : 2022
タイトル: Probing the structure and function of the protease domain of botulinum neurotoxins using single-domain antibodies.
著者: Lam, K.H. / Tremblay, J.M. / Perry, K. / Ichtchenko, K. / Shoemaker, C.B. / Jin, R.
履歴
登録2021年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type B
D: Botulinum neurotoxin type B
C: JLJ-G3
B: JNE-B10
E: JNE-B10
F: JLJ-G3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,09014
ポリマ-155,1976
非ポリマー8928
2,342130
1
A: Botulinum neurotoxin type B
C: JLJ-G3
B: JNE-B10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1728
ポリマ-77,5993
非ポリマー5735
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Botulinum neurotoxin type B
E: JNE-B10
F: JLJ-G3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9186
ポリマ-77,5993
非ポリマー3193
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.320, 88.276, 114.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-660-

HOH

詳細Trimer confirmed by gel filtration

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type B / BoNT/B / Bontoxilysin-B


分子量: 49553.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10844, bontoxilysin

-
抗体 , 2種, 4分子 CFBE

#2: 抗体 JLJ-G3


分子量: 13940.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 JNE-B10


分子量: 14104.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : Zn / 参照: bontoxilysin
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : I
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M KI, 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→75.841 Å / Num. obs: 45137 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Num. unique obs: 4493 / CC1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LcB

解像度: 2.6→75.841 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2219 2280 5.05 %Random selection
Rwork0.194 ---
obs0.1955 45121 98.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→75.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10329 0 8 130 10467
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27714234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.933958
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071853
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.65660.31711310.28012656X-RAY DIFFRACTION99
2.6566-2.71840.27711580.25832710X-RAY DIFFRACTION99
2.7184-2.78630.27351580.25352642X-RAY DIFFRACTION100
2.7863-2.86170.29311300.23712663X-RAY DIFFRACTION100
2.8617-2.94590.31141170.2372731X-RAY DIFFRACTION100
2.9459-3.0410.27881260.22562677X-RAY DIFFRACTION99
3.041-3.14970.25221320.22432694X-RAY DIFFRACTION99
3.1497-3.27580.24841420.22242695X-RAY DIFFRACTION99
3.2758-3.42490.22881420.20722660X-RAY DIFFRACTION99
3.4249-3.60540.27091440.19282685X-RAY DIFFRACTION99
3.6054-3.83130.22031470.18332669X-RAY DIFFRACTION99
3.8313-4.12710.20971550.17672665X-RAY DIFFRACTION99
4.1271-4.54240.1641410.16122661X-RAY DIFFRACTION98
4.5424-5.19960.16451470.15562668X-RAY DIFFRACTION98
5.1996-6.55030.2391570.19182663X-RAY DIFFRACTION98
6.5503-75.8410.17171530.16822702X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.29850.1735-0.221.7875-0.05560.88360.01440.06810.10520.09340.03190.075-0.0631-0.0616-0.040.1984-0.00230.02120.24060.01940.165314.1473-22.020452.4045
20.3978-0.17030.112.01280.56730.5964-0.15610.160.1796-0.19570.2776-0.7219-0.09120.2574-0.10920.3097-0.0550.07070.43460.03540.419634.9668-13.907344.4775
32.41440.7191-0.83861.4398-0.81330.59740.1960.289-0.2432-0.3648-0.00430.0449-0.0131-0.0338-0.11390.3906-0.02710.05870.5056-0.07970.227121.437-40.063137.2187
40.8697-0.0018-0.12411.39440.41620.4553-0.07380.42710.1682-0.29890.1847-0.13720.03360.0405-0.09060.4116-0.05550.060.47870.01670.209926.1359-20.278837.3066
54.21521.2970.36943.08790.91741.446-0.09650.48180.8247-0.37790.12820.1716-0.2895-0.1595-0.0680.3952-0.00340.07190.27260.1030.466820.99324.300244.5302
60.61830.1930.17952.4967-0.00050.4619-0.0383-0.1391-0.2047-0.13430.10581.22690.1083-0.1519-0.05280.3098-0.003-0.06080.36310.09510.735719.7352.51914.7831
72.05030.0522-0.37163.06570.53070.4596-0.19750.1180.4474-0.4319-0.02721.2025-0.22-0.18970.08150.1806-0.053-0.14530.27340.10481.096411.334712.72342.6566
80.7105-0.3937-0.36872.31820.49420.9695-0.0611-0.1777-0.19890.13370.23140.26630.00780.045-0.08910.21520.00430.00820.25960.03510.243833.646-3.38587.6203
92.2259-1.0855-0.35123.1633-0.17781.2735-0.1837-0.1584-0.06950.24820.1248-0.56370.07440.1969-0.09480.30080.0322-0.02360.34830.00120.363945.67381.030712.3826
102.4504-0.55360.96981.1628-0.97071.4773-0.1663-0.44980.2360.59470.23960.2304-0.2946-0.3134-0.07950.62930.12040.09620.4965-0.01990.302929.767619.762923.0587
112.79180.26020.40122.70520.26851.83480.1415-0.2304-0.50540.38780.10540.4870.08590.0018-0.26470.35720.03430.05510.31450.09470.390430.6216-17.303312.0337
124.4066-0.638-0.33172.1895-1.13270.73640.07840.4789-0.5802-0.57180.15470.43450.4122-0.0174-0.18290.5031-0.0902-0.03020.382-0.0870.461.9442-59.421147.5698
134.4111-1.1237-3.31948.00921.73478.5633-0.0896-0.13540.1142-0.18130.2835-0.4607-0.23390.4187-0.20270.4198-0.0386-0.05970.4204-0.04130.30651.6387-48.597848.5118
141.54350.32580.05181.1656-0.21071.0526-0.1420.4306-0.3859-0.25870.2524-0.02690.1143-0.3234-0.08920.3991-0.0459-0.03120.4477-0.02060.31570.5477-57.580648.0036
153.0429-3.3118-1.5913.71982.33764.00180.2578-0.29530.45010.0083-0.0109-0.1681-0.42250.4098-0.23160.6090.02390.05090.30790.01840.317214.5044-18.923281.92
160.54810.2213-0.26591.5022-0.26081.760.2083-0.313-0.00110.5262-0.07160.335-0.1953-0.0222-0.21440.5369-0.0590.11810.43790.02320.3033.5602-25.758578.6513
174.29063.3923-1.61497.1143-2.88033.86680.0212-0.127-0.38360.0161-0.01290.24490.1231-0.48180.06910.3743-0.07260.13650.40530.02640.4634-3.3289-28.122874.2994
184.11893.2854-1.697.7823-3.42975.31260.3399-0.52010.21130.8881-0.41190.5334-0.584-0.1327-0.04290.5209-0.06520.15120.4391-0.02440.28761.6634-17.53577.4045
196.15980.9771-1.57190.2412-0.46881.10470.1831-0.1493-0.35080.47220.0090.40440.3395-0.5087-0.15840.7133-0.15370.19010.59390.0820.4789-0.1965-30.717184.4156
203.2825-0.2606-2.37031.1130.1734.07550.1373-0.403-0.0610.8953-0.21220.19130.12260.07490.1350.6914-0.04060.01280.4257-0.00330.38838.531-29.369180.2635
216.32453.56055.24372.69062.3165.73690.15580.4731-0.2163-0.1370.0192-0.00710.11750.304-0.07151.0973-0.2913-0.50410.47280.10030.861420.80931.0243-25.7652
222.3543-0.15881.52570.0122-0.1241.09320.001-0.1490.2036-0.2065-0.09130.2437-0.0825-0.29120.06091.1702-0.1447-0.90950.7325-0.1871.17735.46024.9537-30.6173
232.71780.4732-0.97590.6470.12420.50.01030.64370.2275-0.5251-0.13260.5291-0.3161-0.23610.25030.9249-0.1294-0.92410.56050.24920.982816.36585.3774-17.5987
242.1237-0.30510.72310.6674-0.61.34750.05030.33490.0908-0.4628-0.07660.5827-0.2635-0.16690.14160.64720.1268-1.32350.49190.15371.60266.81710.0625-16.6064
250.823-0.42681.40044.3329-2.46154.48280.03390.0076-0.2518-0.3904-0.03280.5528-0.1149-0.4555-0.27291.01080.0778-0.78730.65210.07521.32358.0830.4548-21.2805
266.4666-2.98422.89471.6179-2.11373.7808-0.00771.08130.5403-0.2041-0.29110.0569-0.17270.02650.21821.2368-0.0441-0.80210.64520.02791.08748.682713.1048-28.4229
273.27010.31842.56520.1009-0.21625.0870.15790.32820.0112-0.49460.13170.2367-0.0842-0.0634-0.14511.2379-0.3529-0.59760.61720.26751.053717.024911.164-22.9994
282.49182.4779-0.37293.6018-1.22531.96850.1849-0.97720.99190.4543-0.09240.6348-0.7927-0.3842-0.25870.66490.28-0.04410.5893-0.06430.53213.749446.124911.1828
292.31420.461-0.7693.22950.2981.1501-0.1361-0.7228-0.15250.18690.07010.25050.03610.08310.15440.42270.14620.0360.54850.01860.495211.45437.64158.4363
302.5336-0.0724-0.28653.8788-2.42837.3648-0.2862-0.3325-0.56590.2480.2183-0.0208-0.0003-0.38680.17810.38430.05110.10650.45160.03840.43744.879635.91054.0959
314.8346-0.4608-0.36121.210.38720.322-0.3961-1.1610.17210.34440.2851-0.0302-0.1804-0.68370.13860.44040.2516-0.02620.88530.0330.40659.623440.14613.1229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 206 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 207 through 281 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 282 through 327 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 328 through 388 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 389 through 425 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 2 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 135 through 161 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 162 through 239 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 240 through 281 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 282 through 354 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 355 through 425 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 44 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 45 through 63 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 64 through 116 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 0 through 7 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 8 through 57 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 58 through 73 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 74 through 83 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 84 through 98 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 99 through 116 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 7 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 8 through 25 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 26 through 39 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 45 through 73 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 74 through 84 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 85 through 98 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 99 through 115 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 2 through 17 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 18 through 52 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 53 through 82 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 83 through 116 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る