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- PDB-5t5w: Structure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbe... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t5w | ||||||
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Title | Structure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex | ||||||
![]() |
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![]() | CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / receptor / cytokine / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() interferon receptor activity / response to type III interferon / interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...interferon receptor activity / response to type III interferon / interleukin-10 receptor activity / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / negative regulation of viral genome replication / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of immune response / signaling receptor activity / defense response to virus / inflammatory response / immune response / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mendoza, J.L. / Jude, K.M. / Garcia, K.C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The IFN-lambda-IFN-lambda R1-IL-10R beta Complex Reveals Structural Features Underlying Type III IFN Functional Plasticity. Authors: Mendoza, J.L. / Schneider, W.M. / Hoffmann, H.H. / Vercauteren, K. / Jude, K.M. / Xiong, A. / Moraga, I. / Horton, T.M. / Glenn, J.S. / de Jong, Y.P. / Rice, C.M. / Garcia, K.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 20.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3lqmS ![]() 3og6S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25045.900 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 20-220 / Mutation: N49Q, N68Q, N102Q, N161Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Protein | Mass: 24703.340 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 21-230 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
#3: Protein | Mass: 19911.914 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 34-195 / Mutation: Q15R, E73D, H120R, T150A, V163E Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
#4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: .2 M Ca acetate, .1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG8000, 3% sucrose |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 7, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: multilayer / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999975 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.847→46.241 Å / Num. obs: 20507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 21 % / Biso Wilson estimate: 106.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 24.14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3OG6, 3LQM Resolution: 2.847→46.241 Å / SU ML: 0.59 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 32.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.847→46.241 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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