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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t39 | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MT221 inhibitor | ||||||
要素 | Protein arginine N-methyltransferase 9 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / methyltransferase (メチルトランスフェラーゼ) / PRMT9 / SGC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / 転写後修飾 / メチル化 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.81 Å | ||||||
データ登録者 | Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. ...Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MT221 inhibitor 著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C. ...著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t39.cif.gz | 136.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t39.ent.gz | 99.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t39.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t39 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6pdmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80486.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT9, PRMT10 / プラスミド: pFBOH-MHL / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q6P2P2, type II protein arginine methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-EJB / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.78 % / Mosaicity: 0.26 ° |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25%(w/v) PEG3350, 0.2M Ammonium Acetate, 0.1M Bis-Tris pH5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97741 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月14日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97741 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16704 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.848 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 241023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PDM 解像度: 2.81→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 19.837 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121 Å2 / Biso mean: 54.646 Å2 / Biso min: 29.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.81→49.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.81→2.88 Å / Rfactor Rfree error: 0
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