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- PDB-7rbq: Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MT556 inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rbq
タイトルCo-crystal structure of human PRMT9 in complex with MT556 inhibitor
要素Protein arginine N-methyltransferase 9
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PRMT9 / MT556 inhibitor / structural genomics / structural genomics consortium / SGC / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity ...type II protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / histone H3R17 methyltransferase activity / histone H3R2 methyltransferase activity / histone H3R8 methyltransferase activity / histone H3R26 methyltransferase activity / histone H3K37 methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / histone H3K56 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone H2AQ104 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / mRNA processing / methylation / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-44T / Protein arginine N-methyltransferase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. ...Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Co-crystal structure of human PRMT9 in complex with MT556 inhibitor
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C. ...著者: Zeng, H. / Dong, A. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Li, Y. / Gao, Y.D. / Schneider, S. / Siliphaivanh, P. / Sloman, D. / Nicholson, B. / Fischer, C. / Hicks, J. / Brown, P.J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9648
ポリマ－80,4291
非ポリマー5357
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.044, 82.061, 65.767
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 9 / Protein arginine N-methyltransferase 10


分子量: 80429.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT9, PRMT10 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6P2P2, type II protein arginine methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-44T / 7-[5-S-(4-{[(4-ethylpyridin-3-yl)methyl]amino}butyl)-5-thio-beta-D-ribofuranosyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 472.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H32N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 % / Mosaicity: 0.364 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25%(w/v)PEG3350, 0.1M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH7.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33259 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.859 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 116990
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.50.74213750.6180.5230.9141.26981.4
2.24-2.282.80.53214540.8440.3570.6442.02785.2
2.28-2.3230.47515220.810.2980.5640.68389.9
2.32-2.373.10.44116110.8260.2820.5250.65993.3
2.37-2.423.30.42516190.8070.2640.5030.68695.9
2.42-2.483.50.36716560.8830.2190.4290.62898.2
2.48-2.543.60.3216870.9070.1910.3740.70298.8
2.54-2.613.60.27716940.930.1640.3230.61699.8
2.61-2.693.50.26917110.9350.1630.3160.80599.8
2.69-2.773.70.217270.9620.120.2340.638100
2.77-2.873.80.16316960.9750.0950.1890.663100
2.87-2.993.60.13117110.9830.0780.1530.679100
2.99-3.123.90.10517000.9890.060.1210.682100
3.12-3.293.80.08717370.990.0510.1010.774100
3.29-3.493.60.06817010.9910.0410.080.90999.8
3.49-3.763.80.06117130.9940.0360.0711.08699.9
3.76-4.143.80.04717110.9960.0280.0550.98399.9
4.14-4.743.80.0417400.9970.0230.0470.95100
4.74-5.973.60.0417180.9970.0240.0470.94199.9
5.97-503.70.04417760.9970.0260.0521.313100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000data processing
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 8.897 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2706 1702 5.1 %RANDOM
Rwork0.2123 ---
obs0.2154 31517 96.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.14 Å2 / Biso mean: 37.41 Å2 / Biso min: 16.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å2-0 Å2-1.89 Å2
2--2.92 Å2-0 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 42 65 4744
Biso mean--42.13 35.25 -
残基数----614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0134790
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1241.6276531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1111.56810277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4055612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.21623.424184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.22915766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6181515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0380.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02920
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.559 92 -
Rwork0.517 1879 -
all-1971 -
obs--79.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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