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- PDB-7syb: Crystal Structure of sulfurtransferase (DsrC family protein) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7syb
タイトルCrystal Structure of sulfurtransferase (DsrC family protein) from Acinetobacter baumannii
要素Sulfurtransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / sulfurtransferase / DsrC family protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Sulphur transfer protein DsrC/TusE / DsrC-like domain superfamily / DsrC-like protein, C-terminal domain / DsrC-like protein, N-terminal domain / DsrC like protein / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / transferase activity / cytoplasm / Sulfurtransferase
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of sulfurtransferase (DsrC family protein) from Acinetobacter baumannii
著者: Calhoun, B.M. / Bolejack, M.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfurtransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7431
ポリマ－12,7431
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.500, 46.840, 39.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Sulfurtransferase


分子量: 12742.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: p60155_2 / 遺伝子: tusE / プラスミド: AcbaC.18888.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: V5VCI8, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: AcbaC.18888.a.B1.PW38910 at 13 mg/mL was mixed 1:1 (0.4 uL protein and 0.4 uL precipitant) with 0.02M Calcium chloride dihydrate, 0.1M Sodium actetate pH 4.6, 30% v/v MPD (JCSG+ A4). Cryo: Direct. Puck: OKJ-1-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月25日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→29.29 Å / Num. obs: 20040 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.074 % / Biso Wilson estimate: 15.68 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.054 / Χ2: 0.941 / Net I/σ(I): 16.25 / Num. measured all: 81639 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.494.0710.5492.8214640.8460.63299.4
1.49-1.534.070.4093.714550.910.47100
1.53-1.574.0840.3214.6713920.9350.36999.6
1.57-1.624.1290.2445.9413650.9670.2899.9
1.62-1.674.0890.2156.6812960.9710.24899.6
1.67-1.734.1160.1628.5112890.9810.18699.9
1.73-1.84.0870.12910.5412360.9870.14999.8
1.8-1.874.1160.10413.0311840.9920.1299.6
1.87-1.964.10.08315.8811350.9930.09599.6
1.96-2.054.0970.06818.8510770.9950.07999.5
2.05-2.164.0930.05522.8910530.9970.06399.7
2.16-2.294.0590.04725.669560.9970.05499.4
2.29-2.454.0570.04327.979410.9970.049100
2.45-2.654.0510.03929.498570.9980.04599.3
2.65-2.94.0530.03731.627780.9980.04399.4
2.9-3.244.0040.03733.457300.9970.04298.9
3.24-3.744.0060.03135.236270.9980.036100
3.74-4.594.0240.0336.415450.9990.03499.8
4.59-6.483.9630.02736.114280.9990.03199.3
6.48-29.293.8020.02436.262320.9990.02996.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX4220精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.29 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1684 1913 9.55 %
Rwork0.1387 18121 -
obs0.1416 20034 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 62.74 Å2 / Biso mean: 20.984 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数826 0 0 144 970
Biso mean---36.69 -
残基数----103
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.45-1.490.24111340.185312761410
1.49-1.530.1941240.149813191443
1.53-1.570.18471400.131612741414
1.57-1.620.17431420.128912931435
1.62-1.680.18861260.12712831409
1.68-1.750.18171360.132512831419
1.75-1.830.19111490.152312751424
1.83-1.920.19561460.139812881434
1.92-2.040.19041280.13313251453
2.04-2.20.17571300.14212821412
2.2-2.420.18311220.137513041426
2.42-2.770.16591440.147913011445
2.77-3.490.16521420.138512931435
3.49-29.290.13491500.131913251475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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