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- PDB-3r1p: Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r1p
タイトルOdorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulfide Bridges, form P1
要素Odorant binding protein, antennal
キーワードTRANSPORT PROTEIN / all helical protein / odorant molecules binding / mosquito antenna
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / AGAP001556-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / Field, L. / He, X. / Zhou, J.J. / Cambillau, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae Exhibits an Outstanding Adaptability of Its Binding Site.
著者: Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / He, X. / Field, L. / Zhou, J.J. / Cambillau, C.
履歴
登録2011年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Odorant binding protein, antennal
B: Odorant binding protein, antennal
C: Odorant binding protein, antennal
D: Odorant binding protein, antennal
E: Odorant binding protein, antennal
F: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,76812
ポリマ－86,2306
非ポリマー1,5396
水7,458414
1
A: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Odorant binding protein, antennal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6282
ポリマ－14,3721
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.810, 57.992, 78.070
Angle α, β, γ (deg.)69.17, 85.91, 75.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Odorant binding protein, antennal / OBP 7 / Odorant-binding protein AgamOBP7


分子量: 14371.638 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 29-154 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: OBP7, AgamOBP7, AGAP001556, agCG57323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7PXT9
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 33 mM HEPES, pH 7.25-8.25, 0.4-1.0 M KCl, 6.6 mM sodium borate, 0.83 M sodium citrate tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.3 Å / Num. all: 59725 / Num. obs: 59725 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R1O

3r1o


解像度: 1.85→38.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9029 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT/BUSTER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 3016 5.05 %RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.217 59719 --
all-59719 --
原子変位パラメータBiso mean: 28.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8203 Å2-3.8374 Å20.521 Å2
2--5.5666 Å2-0.8914 Å2
3----7.387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.258 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5060 0 108 414 5582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015275HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.137124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.11783SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0739HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it05173HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.09
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion0720SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact06415SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2862 225 5.05 %
Rwork0.2507 4227 -
all0.2525 4452 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36170.23880.23990.55840.1867-0.2210.01230.00630.01570.0143-0.0024-0.0191-0.0089-0.0001-0.0098-0.03120.049-0.0021-0.01510.07290.0326-7.8702-8.5793-1.2167
2-0.3176-1.0370.18450.3886-0.33050.22540.0020.0030.02630.006-0.01240.00710.00960.00130.0104-0.01690.024-0.01460.04320.0848-0.0311-14.3432-14.0831.4346
30.1133-0.2293-0.3560.6738-0.64720.69960.01380.0077-0.03050.0129-0.02120.00380.01620.0080.00740.0065-0.00860.04080.0533-0.0099-0.08668.92659.23290.2564
40.0713-0.2892-0.34730.20050.11060.2537-0.0009-0.0063-0.0212-0.00380.0023-0.0134-0.02130.0101-0.00130.0009-0.01770.0210.03930.0184-0.042215.33913.68672.3156
50.9980.69060.04150.94070.58640.02710.01250.00550.01660.0154-0.0105-0.0179-0.0089-0.0162-0.002-0.01140.0003-0.0336-0.0010.0193-0.0223-2.149218.445323.7685
60.65210.29530.02670.42070.3127-0.29430.0006-0.00480.00620.00220.00330.0105-0.0005-0.0174-0.0038-0.0212-0.0204-0.00390.00250.0120.0127-8.519812.741626.1737
70.64670.2235-0.01320.4574-0.28410.1840.01060.0008-0.03590.0043-0.00250.0270.01590.0078-0.0081-0.03510.01050.0161-0.0298-0.02080.03841.7738-18.45-25.3216
80.1939-0.3825-0.20070.42180.08380.0427-0.0024-0.0087-0.01730.002-0.0001-0.0104-0.01820.00630.00240.00430.0060.015-0.0171-0.03550.00818.0202-12.8811-22.7758
90.3154-0.13270.64711.33720.78680.52110.01170.00780.02430.01260.0018-0.02120.0006-0.0085-0.01350.03180.0334-0.0332-0.0130.0126-0.0502-0.715819.8022-23.6293
10-0.0011-0.32460.54910.1816-0.19940.5240.0035-0.00550.00650.00260.00390.0120.0186-0.0048-0.00730.020.0341-0.0281-0.02020.0097-0.0096-7.284715.9009-21.7961
110.1276-0.0527-0.55031.65040.03710.25530.0053-0.0068-0.0117-0.0081-0.00120.00380.01060.0023-0.00410.0183-0.01210.0488-0.0267-0.0285-0.01130.1969-20.093225.9778
120.2725-0.031-0.13150.28870.1091-0.0641-0.001-0.0044-0.0013-0.00540.0023-0.0073-0.01410.0111-0.0013-0.0025-0.00050.0135-0.0274-0.0210.02396.9428-15.989927.3264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|15 - A|80}A15 - 80
2X-RAY DIFFRACTION2{A|92 - A|133}A92 - 133
3X-RAY DIFFRACTION3{B|14 - B|82}B14 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4{B|96 - B|133}B96 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5{C|15 - C|82}C15 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6{C|92 - C|133}C92 - 133
7X-RAY DIFFRACTION7{D|15 - D|82}D15 - 82
8X-RAY DIFFRACTION8{D|92 - D|133}D92 - 133
9X-RAY DIFFRACTION9{E|15 - E|82}E15 - 82
10X-RAY DIFFRACTION10{E|97 - E|133}E97 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11{F|14 - F|82}F14 - 82
12X-RAY DIFFRACTION12{F|97 - F|133}F97 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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