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- PDB-3r1v: Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulf... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3r1v | ||||||
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Title | Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae with Four Disulfide Bridges, in complex with an azo compound | ||||||
![]() | Odorant binding protein, antennal | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / all helical protein / odorant molecules binding / mosquito antenna | ||||||
Function / homology | ![]() odorant binding / response to stimulus / sensory perception of smell / extracellular space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / Field, L. / He, X. / Zhou, J.J. / Cambillau, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Crystal Structure of Odorant Binding Protein 7 from Anopheles gambiae Exhibits an Outstanding Adaptability of Its Binding Site. Authors: Lagarde, A. / Spinelli, S. / Tegoni, M. / He, X. / Field, L. / Zhou, J.J. / Cambillau, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 97.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 81.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 451.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 460.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14371.638 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 29-154 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: OBP7, AgamOBP7, AGAP001556, agCG57323 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.75 Details: 33 mM HEPES, pH 7.25-8.25, 0.4-1.0 M KCl, 6.6 mM sodium borate, 0.83 M sodium citrate tribasic, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Nov 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: mirrors / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.975 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.19→32 Å / Num. all: 11865 / Num. obs: 11865 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 39.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.19→2.25 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Displacement parameters | Biso mean: 46.58 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.377 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→31.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.19→2.4 Å / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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