PDB-7stt: Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7stt

タイトル

Crystal structure of sulfatase from Pedobacter yulinensis

要素

N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

arylsulfatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pedobacter yulinensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Schlachter, C.R. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Lee, A.L. / Chruszcz, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Purification, Characterization, and Structural Studies of a Sulfatase from Pedobacter yulinensis .
著者: Schlachter, C.R. / O'Malley, A. / Grimes, L.L. / Tomashek, J.J. / Chruszcz, M. / Lee, L.A.

履歴

登録	2021年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7stt.cif.gz	189.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7stt.ent.gz	142.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7stt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7stt_validation.pdf.gz	918.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7stt_full_validation.pdf.gz	919.6 KB	表示
XML形式データ	7stt_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	7stt_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/st/7stt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7stuC 7stvC 6ustS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3b98-d 3b99-d 1gkx-1 4l77-d 6j3a-1 4dkp-d 1gq1-d 7stv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

A: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.620, 83.620, 116.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-645- HOH
2	1	A-1146- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	N-acetylgalactosamine-6-sulfatase 分子量: 51392.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pedobacter yulinensis (バクテリア) 遺伝子: C7T94_09545 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2T3HKC0

-
非ポリマー , 5種, 561分子

#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.4 M sodium malonate pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→40 Å / Num. obs: 59449 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.079 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 35.25
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2069 / CC_1/2: 0.859 / CC star: 0.961 / R_pim(I) all: 0.186 / R_rim(I) all: 0.487 / R_sym value: 0.449 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6UST

6ust

解像度: 1.603→39.366 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.811 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1779	3033	5.111 %
R_work	0.1476	56312	-
all	0.149	-	-
obs	-	59345	95.528 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.307 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.348 Å²	0.174 Å²	0 Å²
2-	-	0.348 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.129 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→39.366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3501	0	12	555	4068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.015	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.651	4914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.361	1.583	7675
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.968	5	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.706	22.211	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.265	15	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.984	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	879
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	760
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.127	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.445	1.508	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.443	1.507	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.156	2.26	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.156	2.261	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.29	1.733	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.289	1.731	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.548	2.488	2668
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.547	2.488	2669
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.55	19.799	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.387	18.664	4236

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.603-1.645	0.27	146	0.276	2969	X-RAY DIFFRACTION	68.3864
1.645-1.69	0.276	141	0.229	3409	X-RAY DIFFRACTION	80.7002
1.69-1.738	0.197	187	0.188	3845	X-RAY DIFFRACTION	93.5716
1.738-1.792	0.186	219	0.153	3861	X-RAY DIFFRACTION	98.2659
1.792-1.85	0.185	230	0.145	3840	X-RAY DIFFRACTION	99.706
1.85-1.915	0.189	214	0.148	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.8464
1.915-1.987	0.182	204	0.141	3594	X-RAY DIFFRACTION	99.8685
1.987-2.068	0.169	206	0.142	3461	X-RAY DIFFRACTION	99.9727
2.068-2.16	0.163	183	0.142	3307	X-RAY DIFFRACTION	99.9714
2.16-2.265	0.156	150	0.137	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.265-2.387	0.192	162	0.132	3034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.532	0.158	173	0.136	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.967
2.532-2.706	0.158	162	0.137	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9651
2.706-2.921	0.161	118	0.14	2550	X-RAY DIFFRACTION	99.9625
2.921-3.198	0.176	150	0.157	2327	X-RAY DIFFRACTION	99.7182
3.198-3.573	0.17	107	0.143	2137	X-RAY DIFFRACTION	99.8221
3.573-4.12	0.166	100	0.127	1879	X-RAY DIFFRACTION	99.5974
4.12-5.033	0.167	70	0.13	1630	X-RAY DIFFRACTION	99.1832
5.033-7.062	0.25	77	0.182	1225	X-RAY DIFFRACTION	96.803
7.062-39.366	0.169	34	0.17	763	X-RAY DIFFRACTION	96.3724

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3569	-0.0964	-0.0049	0.5236	0.0253	0.456	0.0156	-0.018	-0.0674	-0.0911	-0.034	0.1202	-0.0304	-0.1002	0.0184	0.029	0.0166	-0.0251	0.0495	-0.0019	0.0418	2.67	34.471	38.765
2	1.9129	-0.371	-0.1205	1.1269	-0.344	0.9478	-0.1159	-0.0885	-0.5573	-0.0468	-0.1265	0.1111	0.0913	0.092	0.2424	0.069	0.0002	0.0193	0.0319	0.0473	0.2415	9.199	10.896	37.683
3	0.7623	-0.1771	0.0985	0.5727	0.0339	0.3715	0.0496	0.0666	-0.0379	-0.2038	-0.0618	0.0229	-0.0401	-0.0245	0.0122	0.1034	0.0316	-0.0141	0.0464	-0.0042	0.0043	10.612	36.197	27.989
4	0.5375	-0.1488	-0.1894	0.7195	0.2842	0.5848	0.0398	-0.0675	0.0263	-0.0996	0.0319	-0.1372	-0.0682	0.0614	-0.0718	0.0371	0.0051	0.0326	0.0358	0.0099	0.0406	30.513	38.375	39.817

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	197 - 255
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	256 - 358
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	359 - 445

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