PDB-7sr5: Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C, A163C) with Wilms tumor p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sr5

タイトル

Single chain trimer HLA-A*02:01 (Y108C, A163C) with Wilms tumor protein peptide RMFPNAPYL

要素

VHH
Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HLA / VHH / HPV / SCT

機能・相同性

機能・相同性情報

posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development ...posterior mesonephric tubule development / negative regulation of metanephric glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of metanephric ureteric bud development / thorax and anterior abdomen determination / metanephric epithelium development / regulation of animal organ formation / adrenal cortex formation / negative regulation of female gonad development / positive regulation of heart growth / visceral serous pericardium development / Nephron development / glomerular basement membrane development / diaphragm development / sex determination / positive regulation of male gonad development / cellular response to gonadotropin stimulus / gonad development / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / Transcriptional regulation of testis differentiation / tissue development / podocyte differentiation / double-stranded methylated DNA binding / cardiac muscle cell fate commitment / hemi-methylated DNA-binding / mesenchymal to epithelial transition / male genitalia development / glomerulus development / camera-type eye development / C2H2 zinc finger domain binding / ureteric bud development / adrenal gland development / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / germ cell development / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / vasculogenesis / epithelial cell differentiation / RNA splicing / cellular response to cAMP / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / kidney development / ER to Golgi transport vesicle membrane / negative regulation of cell growth / MHC class I protein complex / positive regulation of miRNA transcription / male gonad development / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / early endosome membrane / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of translation / nuclear speck / immune response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pongo pygmaeus (オランウータン)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Finton, K.A.K. / Rupert, P.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2023
タイトル: Effects of HLA single chain trimer design on peptide presentation and stability.
著者: Finton, K.A.K. / Rupert, P.B. / Friend, D.J. / Dinca, A. / Lovelace, E.S. / Buerger, M. / Rusnac, D.V. / Foote-McNabb, U. / Chour, W. / Heath, J.R. / Campbell, J.S. / Pierce, R.H. / Strong, R.K.

履歴

登録	2021年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sr5.cif.gz	461 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sr5.ent.gz	313.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sr5_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sr5_full_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示
XML形式データ	7sr5_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	7sr5_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/7sr5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7sqpC 7sr0SC 7sr3C 7sr4C 7srkC 7sshC 7st3C 7stgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (6)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
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類似性 (6)
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胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (6)
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T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

C: Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

120 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

B: VHH

登録者が定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
60.2 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera

D: VHH

登録者が定義した集合体
60.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.476, 117.476, 261.269
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Wilms tumor protein peptide,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen chimera / WT33 分子量: 47683.484 Da / 分子数: 2 / 変異: Y108C, A163C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pongo pygmaeus (オランウータン) 遺伝子: WT1, B2M, HLA-A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P19544, UniProt: P16213, UniProt: A0A678ZGP6
#2: 抗体	VHH 分子量: 12536.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM NH4Citrate, 14.5% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 76503 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 40.97 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 7530 / CC_1/2: 0.772

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SR0

7sr0

解像度: 2.35→48.74 Å / SU ML: 0.2797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.0818
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2481	3825	5 %
R_work	0.2294	72678	-
obs	0.2304	76503	99.42 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→48.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7279	0	0	225	7504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	7464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4787	10155
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	1077
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.8487	1051

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3005	149	0.2902	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.38-2.41	0.3152	144	0.2859	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.44	0.3007	147	0.2738	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.44-2.48	0.3025	147	0.2664	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.48-2.52	0.2729	132	0.2602	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.52-2.55	0.2689	134	0.2544	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.262	144	0.2404	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.64	0.2625	132	0.2549	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.64-2.69	0.313	147	0.2642	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.74	0.3123	134	0.2664	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.74-2.8	0.3067	137	0.2682	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.8-2.86	0.29	128	0.2712	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.86-2.92	0.3042	139	0.2654	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.92-3	0.2476	139	0.2453	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3-3.08	0.3024	137	0.2468	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.09
3.08-3.17	0.2658	147	0.2388	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.17-3.27	0.258	154	0.2453	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.27-3.39	0.2663	147	0.2459	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.39-3.52	0.2852	144	0.2451	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.52-3.68	0.2269	146	0.2209	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.4
3.68-3.88	0.2119	128	0.2072	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.88-4.12	0.2245	157	0.1983	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.5
4.12-4.44	0.2204	147	0.1821	2712	X-RAY DIFFRACTION	99
4.44-4.88	0.1744	128	0.1718	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.14
4.89-5.59	0.1996	143	0.1972	2733	X-RAY DIFFRACTION	98.8
5.59-7.04	0.2319	146	0.2418	2756	X-RAY DIFFRACTION	97.97
7.04-48.74	0.2599	148	0.2473	2907	X-RAY DIFFRACTION	97.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.262833433626	0.393683519299	0.0821693766625	0.357947509094	0.144593514494	-0.0603760644844	-0.239178865913	-0.00430742806924	0.34861321441	-0.0196983209288	-0.0556007552882	0.0723030702392	0.0036653798077	0.0195807071459	-0.00525826745428	0.183983357764	-0.00360916044718	-0.0365437547667	0.286591829475	-0.0437570430767	0.326296002504	-9.82697531416	35.9566610207	-29.1522997361
2	0.827892765378	0.201988415904	0.242945465406	0.262005677382	-0.116492487218	0.104834809263	-0.197969935106	0.151558167453	0.197033785122	-0.00765836195297	0.102644925132	0.0470800830082	0.0756842309868	0.111239547607	-3.20545607673E-5	0.282922944243	-0.0944648025792	-0.018660487563	0.348647565155	0.0221204338789	0.260510071489	-12.2404492071	27.628623743	-46.7237754243
3	0.430074022119	-0.182061886502	-0.0935757559349	0.37856125888	0.101305199652	-0.0782191837289	-0.245662345966	-0.00741319166284	0.660659940425	-0.00623613619517	-0.0130733361442	0.208679239876	-0.0510319482308	0.0498709240834	-0.00499034439627	0.298319773101	-0.0913795556359	-0.0579765409788	0.354056638389	0.0304523060156	0.337660694415	-13.2020171155	34.0029445941	-39.6834849369
4	0.330394545151	-0.205022917765	0.149348092482	0.392794893445	0.0934335023264	0.170569950064	-0.0825908367572	-0.0238308212245	-0.264654104804	-0.279680030212	-0.0207273405022	0.0110792712837	0.270066686905	-0.0123377317024	-2.15787905691E-5	0.32868775477	-0.0249755857258	-0.0199521049494	0.284921172808	0.0301738979573	0.356964894015	-0.626602843233	28.0237202976	-30.7565052903
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1	1	chain 'A' and (resid 1 through 35 )	A	A	1 - 35	1 - 23
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 107 )	A	A	36 - 107	24 - 95
3	3	chain 'A' and (resid 108 through 155 )	A	A	108 - 155	96 - 121
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 199 )	A	A	156 - 199	122 - 165
5	5	chain 'A' and (resid 200 through 305 )	A	A	200 - 305	166 - 271
6	6	chain 'A' and (resid 306 through 328 )	A	A	306 - 328	272 - 294
7	7	chain 'A' and (resid 329 through 417 )	A	A	329 - 417	295 - 379
8	8	chain 'B' and (resid 3 through 19 )	B	B	3 - 19	1 - 17
9	9	chain 'B' and (resid 20 through 35 )	B	B	20 - 35	18 - 33
10	10	chain 'B' and (resid 36 through 77 )	B	B	36 - 77	34 - 73
11	11	chain 'B' and (resid 78 through 117 )	B	B	78 - 117	74 - 113
12	12	chain 'C' and (resid 1 through 155 )	C	C	1 - 155	1 - 121
13	13	chain 'C' and (resid 156 through 349 )	C	C	156 - 349	122 - 306
14	14	chain 'C' and (resid 350 through 417 )	C	C	350 - 417	307 - 350
15	15	chain 'D' and (resid 3 through 9 )	D	D	3 - 9	1 - 7
16	16	chain 'D' and (resid 10 through 19 )	D	D	10 - 19	8 - 17
17	17	chain 'D' and (resid 20 through 27 )	D	D	20 - 27	18 - 25
18	18	chain 'D' and (resid 28 through 47 )	D	D	28 - 47	26 - 42
19	19	chain 'D' and (resid 48 through 58 )	D	D	48 - 58	43 - 53
20	20	chain 'D' and (resid 59 through 68 )	D	D	59 - 68	54 - 63
21	21	chain 'D' and (resid 69 through 77 )	D	D	69 - 77	64 - 72
22	22	chain 'D' and (resid 78 through 84 )	D	D	78 - 84	73 - 79
23	23	chain 'D' and (resid 85 through 92 )	D	D	85 - 92	80 - 87
24	24	chain 'D' and (resid 93 through 111 )	D	D	93 - 111	88 - 106
25	25	chain 'D' and (resid 112 through 117 )	D	D	112 - 117	107 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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