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- PDB-7snb: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphyloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7snb
タイトルThe X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with AMP and ADP to 1.105 Angstrom resolution
要素Fatty Acid Kinase A
キーワードLIGASE / Fatty acid kinase A / phosphorylation / fatty acid / N-terminus domain
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerone kinase activity / glycerol metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Fatty acid kinase subunit A-like, middle domain / DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain ...: / Fatty acid kinase subunit A-like, middle domain / DAK2 domain-containing protein YloV / Uncharacterised protein, DhaK domain / Fatty acid kinase subunit A-like, C-terminal / Dak1_2 / DhaL domain / DhaL domain / DhaL domain superfamily / DAK2 domain / DhaL domain profile. / Dak2 / : / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Uncharacterized protein SA1069
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Domain architecture and catalysis of the Staphylococcus aureus fatty acid kinase.
著者: Subramanian, C. / Cuypers, M.G. / Radka, C.D. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty Acid Kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5029
ポリマ－24,4461
非ポリマー1,0568
水5,098283
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area10570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.726, 57.826, 81.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fatty Acid Kinase A


分子量: 24445.777 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7A5Z4

-
非ポリマー , 5種, 291分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS HCL PH8.5, 30%PEG4000 (JCSG CORE IV #21)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.105→81.23 Å / Num. obs: 81058 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 8.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.031 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.105→1.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4002 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.382 / Χ2: 0.51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_4302精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 7RZK

7rzk


解像度: 1.11→34.36 Å / SU ML: 0.0912 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 17.1406
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.171 3770 4.96 %
Rwork0.1553 72299 -
obs0.1561 76069 93.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→34.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1655 0 66 283 2004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01081812
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27532463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0838281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.047269
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.11-1.120.29061330.28092357X-RAY DIFFRACTION83.14
1.12-1.130.25931150.25752398X-RAY DIFFRACTION84.27
1.13-1.150.26181250.24692374X-RAY DIFFRACTION85.2
1.15-1.170.25131500.23382377X-RAY DIFFRACTION85.31
1.17-1.180.21681210.2232466X-RAY DIFFRACTION86.15
1.18-1.20.22561110.21192500X-RAY DIFFRACTION88.09
1.2-1.220.2081130.19762493X-RAY DIFFRACTION87.22
1.22-1.240.20191200.19992560X-RAY DIFFRACTION90.3
1.24-1.260.21391180.18832570X-RAY DIFFRACTION90.32
1.26-1.290.2071390.18472615X-RAY DIFFRACTION91.74
1.29-1.320.19821330.17282589X-RAY DIFFRACTION92.4
1.32-1.340.18841550.16952666X-RAY DIFFRACTION93.85
1.34-1.380.18151440.1642669X-RAY DIFFRACTION93.64
1.38-1.410.18161360.15872708X-RAY DIFFRACTION95.24
1.41-1.450.15771460.15542730X-RAY DIFFRACTION96.54
1.45-1.490.16181540.14472747X-RAY DIFFRACTION96.76
1.49-1.540.16781300.14412780X-RAY DIFFRACTION97.39
1.54-1.590.15691560.13842787X-RAY DIFFRACTION97.87
1.59-1.660.14491650.13182830X-RAY DIFFRACTION99.07
1.66-1.730.15061570.13962810X-RAY DIFFRACTION98.9
1.73-1.820.16061590.1382816X-RAY DIFFRACTION99.1
1.82-1.940.15261620.13772870X-RAY DIFFRACTION99.18
1.94-2.090.14621450.13342843X-RAY DIFFRACTION98.94
2.09-2.30.13721430.12612888X-RAY DIFFRACTION99.25
2.3-2.630.16291320.13112903X-RAY DIFFRACTION98.89
2.63-3.310.15181460.14352921X-RAY DIFFRACTION98.81
3.31-34.360.17141620.15613032X-RAY DIFFRACTION98.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1354911427510.05274953897550.2350136450440.7733211286470.2513613104160.4302843376330.128302545756-0.4183891551920.06046986378620.144144633481-0.0735943351489-0.575607795609-0.04365160273330.45845411390.2464988084960.203754541846-0.0535997183359-0.07467851644890.503459916633-0.01203896944570.37880150439749.485426577927.100122648536.1864445242
20.5879869575340.0309686374396-0.7341907576610.323759179940.08722372124543.56908616050.06255425467320.08089069443160.117691282271-0.00234817050906-0.006066991720250.0214372818711-0.227217355318-0.170567135605-0.05972036842040.07217303865150.02319542156190.002991678485910.08868256180420.0167193737510.082038221212128.724417944429.03197056266.1472053491
31.958729190350.1214043999720.07961303844861.333652056421.616228044195.424259703260.0723970791296-0.03271574460160.02574692893250.0977187759507-0.01731712529840.1168343707880.188058472904-0.334154089497-0.07779493227650.06163048388950.002094970421070.01227889000310.073295164934-0.002183946981270.077250108780322.921427377820.264409133817.2982019839
40.9428788864620.00812762701419-0.2894985811660.6792340537370.3809763496612.2932534254-0.0370542371433-0.0628878124577-0.02665258782810.0875081441340.0393679560956-0.01815195418320.09885737769890.0481403495753-0.007597334220290.05345419667030.00992308249785-0.001317373892190.05528093546340.002368117815960.053911799284834.654742479714.867807901612.232431195
50.5817145205580.1980197912041.191700044160.9809258833560.3002172407282.470245104540.0423571932063-0.16991253847-0.02316954070990.1286565702890.0474247745021-0.1507478001560.1881533695460.245656845799-0.04904939576280.06973234120510.0220262337006-0.01669017382510.167278313993-0.006961566804330.075184949075245.761874070219.446030357214.9982990222
60.727918462769-0.235449931553-1.056752501350.3371197679351.041789124277.175360596770.0402699464549-0.1226032865980.1114031494440.002515133478190.0495799838284-0.0284938503563-0.1948002633910.313924569837-0.08952254701310.0690383854871-0.00661617794886-0.0006693894220850.106280259331-0.02138707958650.081624489026546.540889252526.49896219159.87829013274
73.36909420249-1.745647095120.8610284080161.89683567778-2.152393030783.74891081310.09124327895660.1154071371620.0924798315896-0.0672641886555-0.116089835807-0.00356462856991-0.1110185308640.1011452990560.01524601438860.05373013896-0.0055046441228-0.0009365641637140.06893198429740.01053022630470.061140902108144.078687957125.4771557586-8.18919522615
81.21047810037-0.02545279909910.07552276111092.470430334652.566013838232.92993409330.0491857385394-0.08046989133320.203915548867-0.01338812528330.00909432324044-0.024146245098-0.3411137832970.0720857109715-0.08462598039660.0892890462248-0.009512130963070.00727742427430.0784236366906-0.0116432864140.097052189170836.94357204931.344104089512.7021097312
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -14 through 6 )-14 - 61 - 21
22chain 'A' and (resid 7 through 58 )7 - 5822 - 73
33chain 'A' and (resid 59 through 80 )59 - 8074 - 95
44chain 'A' and (resid 81 through 131 )81 - 13196 - 146
55chain 'A' and (resid 132 through 152 )132 - 152147 - 167
66chain 'A' and (resid 153 through 173 )153 - 173168 - 188
77chain 'A' and (resid 174 through 185 )174 - 185189 - 200
88chain 'A' and (resid 186 through 207 )186 - 207201 - 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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