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Yorodumi- PDB-7snb: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphyloc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7snb | ||||||
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Title | The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with AMP and ADP to 1.105 Angstrom resolution | ||||||
Components | Fatty Acid Kinase A | ||||||
Keywords | LIGASE / Fatty acid kinase A / phosphorylation / fatty acid / N-terminus domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.11 Å | ||||||
Authors | Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Staphylococcus aureus Fatty Acid Kinase A (FakA, residues 1-208) in complex with AMP and ADP to 1.105 Angstrom resolution Authors: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Rock, C.O. / White, S.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7snb.cif.gz | 201.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7snb.ent.gz | 129.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7snb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/7snb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rzkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 24445.777 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: N-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q7A5Z4 |
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-Non-polymers , 5 types, 291 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-AMP / | #4: Chemical | ChemComp-ADP / | #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2M MGCL2, 0.1M TRIS HCL PH8.5, 30%PEG4000 (JCSG CORE IV #21) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Dec 17, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.105→81.23 Å / Num. obs: 81058 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 8.88 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.031 / Χ2: 0.53 / Net I/σ(I): 10.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.105→1.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4002 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.382 / Χ2: 0.51 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: 7RZK Resolution: 1.11→34.36 Å / SU ML: 0.0912 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.47 / Phase error: 17.1406 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 17.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.11→34.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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