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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sjy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Clostridium thermocellum RsgI9 S1C-NTF2 bi-domain | ||||||
要素 | Anti-sigma-I factor RsgI9 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ANTI-SIGMA FACTOR / S1C PEPTIDASE / NTF2-LIKE | ||||||
機能・相同性 | Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Peptidase S1C / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / Peptidase S1, PA clan / plasma membrane / Anti-sigma-I factor RsgI9 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2022 タイトル: The structure of the Clostridium thermocellum RsgI9 ectodomain provides insight into the mechanism of biomass sensing. 著者: Mahoney, B.J. / Takayesu, A. / Zhou, A. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sjy.cif.gz | 256.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sjy.ent.gz | 207.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sjy_validation.pdf.gz | 435.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sjy_full_validation.pdf.gz | 436.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sjy_validation.xml.gz | 24.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sjy_validation.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5b6lS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34587.289 Da / 分子数: 2 / 断片: RsgI9 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal Gly scar after TEV cleavage of tags. Expressed construct comprises amino acid residues 387-702 of the full-length Anti-sigma-I factor RsgI9. 由来: (組換発現) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア) 遺伝子: rsgi9 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A3DC20 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% PEG-3350, 20 mM HEPES, 2 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97903 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97903 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→74.77 Å / Num. obs: 48797 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.056 % / Biso Wilson estimate: 40.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 16.51 / Num. measured all: 246720 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5B6L 解像度: 2→74.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
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原子変位パラメータ | Biso max: 120.6 Å2 / Biso mean: 51.48 Å2 / Biso min: 25.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→74.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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