+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mbq | ||||||
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Title | TPR3 of FimV from P. aeruginosa (PAO1) | ||||||
Components | Motility protein FimV | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / TPR | ||||||
Function / homology | Function and homology information type IV pilus / type II protein secretion system complex / peptidoglycan binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.006 Å | ||||||
Authors | Nguyen, Y. / Zhang, K. / Daniel-Ivad, M. / Robinson, H. / Wolfram, F. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Burrows, L.L. / Howell, P.L. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of TPR2 from FimV Authors: Daniel-Ivad, M. / Nguyen, Y. / Zhang, K. / Buensuceso, R. / Robinson, H. / Wolfram, F. / Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S. / Howell, P.L. / Burrows, L.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4mbq.cif.gz | 121.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4mbq.ent.gz | 97.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4mbq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4mbq_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4mbq_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | Display | |
Data in XML | 4mbq_validation.xml.gz | 12 KB | Display | |
Data in CIF | 4mbq_validation.cif.gz | 16.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mbq | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN |
-Components
#1: Protein | Mass: 6952.441 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: TPR2, unp residues 862-919 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: fimV, PA3115 / Plasmid: pET151-D-topo / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9HZA6 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 24.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 1M ammonium phosphate, 100mM tri-sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 14, 2012 |
Radiation | Monochromator: Si(III) crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 18054 / Num. obs: 18054 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rsym value: 0.151 / Net I/σ(I): 20.8 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1394 / Rsym value: 0.781 / % possible all: 76.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.006→44.449 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / Phase error: 30.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.006→44.449 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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