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Yorodumi- PDB-6x6f: The structure of Pf6r from the filamentous phage Pf6 of Pseudomon... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6x6f | |||||||||
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Title | The structure of Pf6r from the filamentous phage Pf6 of Pseudomonas aeruginosa PA01 | |||||||||
Components | Pf6r | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
Function / homology | NITRATE ION Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.735 Å | |||||||||
Authors | Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
Funding support | Singapore, Australia, 2items
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Citation | Journal: Viruses / Year: 2021 Title: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression. Authors: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6x6f.cif.gz | 303.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6x6f.ent.gz | 252 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6x6f.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6x6f_validation.pdf.gz | 458.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6x6f_full_validation.pdf.gz | 458.8 KB | Display | |
Data in XML | 6x6f_validation.xml.gz | 22 KB | Display | |
Data in CIF | 6x6f_validation.cif.gz | 32.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/6x6f | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wnmSC 6wpzC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 11096.414 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Strain: PA01 / Plasmid: pNIC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta T1R #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.41 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 20% Polyethylene glycol mono-methyl ether 5000, 200 mM Ammonium nitrate 10 mM HEPES, ph 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM TCEP. 25% PEG 200 final cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Jul 26, 2018 |
Radiation | Monochromator: silicon double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.735→40.95 Å / Num. obs: 59270 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.735→1.797 Å / Rmerge(I) obs: 0.527 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5818 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.522 / Rrim(I) all: 0.742 / % possible all: 97.52 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WNM Resolution: 1.735→40.95 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.735→40.95 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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