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Yorodumi- PDB-6wnm: The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filame... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wnm | |||||||||
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Title | The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filamentous phage Pf4 of Pseudomonas aeruginosa PA01 | |||||||||
Components | Pf4r | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
Function / homology | Chem-U5J Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.58 Å | |||||||||
Authors | Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
Funding support | Singapore, Australia, 2items
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Citation | Journal: Viruses / Year: 2021 Title: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression. Authors: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wnm.cif.gz | 101.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wnm.ent.gz | 79.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wnm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wnm_validation.pdf.gz | 837.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wnm_full_validation.pdf.gz | 838.1 KB | Display | |
Data in XML | 6wnm_validation.xml.gz | 8 KB | Display | |
Data in CIF | 6wnm_validation.cif.gz | 10 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/6wnm | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10496.806 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Plasmid: pNC28-Bsa4 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): Rosetta T1R #2: Chemical | ChemComp-U5J / [( | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.82 Å3/Da / Density % sol: 32.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 50 mg/ml protein, 37% PEG 3350, 50 mM Tris, 5% glycerol, 50 mM KCl. Crystals soaked with 1 mM mersalyl overnight for phasing. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 1.0055 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2019 |
Radiation | Monochromator: silicon double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0055 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.58→42.333 Å / Num. obs: 5168 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 18.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 16.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.58→2.69 Å / Redundancy: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Num. unique obs: 607 / CC1/2: 0.861 / Rpim(I) all: 0.331 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.58→42.333 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.45 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.58→42.333 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5802→3.2506 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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