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Yorodumi- PDB-7sjy: Crystal structure of Clostridium thermocellum RsgI9 S1C-NTF2 bi-domain -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sjy | ||||||
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Title | Crystal structure of Clostridium thermocellum RsgI9 S1C-NTF2 bi-domain | ||||||
Components | Anti-sigma-I factor RsgI9 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / ANTI-SIGMA FACTOR / S1C PEPTIDASE / NTF2-LIKE | ||||||
Function / homology | Anti-sigma factor RsgI, N-terminal / Anti-sigma factor N-terminus / RsgI N-terminal anti-sigma domain profile. / Peptidase S1C / membrane => GO:0016020 / serine-type endopeptidase activity / Peptidase S1, PA clan / plasma membrane / Anti-sigma-I factor RsgI9 Function and homology information | ||||||
Biological species | Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2022 Title: The structure of the Clostridium thermocellum RsgI9 ectodomain provides insight into the mechanism of biomass sensing. Authors: Mahoney, B.J. / Takayesu, A. / Zhou, A. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7sjy.cif.gz | 256.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7sjy.ent.gz | 207.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7sjy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7sjy_validation.pdf.gz | 435.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7sjy_full_validation.pdf.gz | 436.3 KB | Display | |
Data in XML | 7sjy_validation.xml.gz | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | 7sjy_validation.cif.gz | 34.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sjy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5b6lS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34587.289 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: RsgI9 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal Gly scar after TEV cleavage of tags. Expressed construct comprises amino acid residues 387-702 of the full-length Anti-sigma-I factor RsgI9. Source: (gene. exp.) Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (bacteria) Gene: rsgi9 / Plasmid: pET29b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A3DC20 #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 10% PEG-3350, 20 mM HEPES, 2 mM DTT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97903 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 28, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97903 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→74.77 Å / Num. obs: 48797 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 5.056 % / Biso Wilson estimate: 40.84 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 16.51 / Num. measured all: 246720 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5B6L Resolution: 2→74.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Blow DPI: 0.148 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.151
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Displacement parameters | Biso max: 120.6 Å2 / Biso mean: 51.48 Å2 / Biso min: 25.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→74.77 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.01 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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