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万見
- PDB-7siq: Crystal structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7siq
タイトルCrystal structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from Stenotrophomonas maltophilia bound to GDP
要素Peptide chain release factor 3
キーワードHYDROLASE / NIAID / structural genomics / elongation factor G / EF-G / GTPase / GTP-dependent / GDP-dependent / aerobic / nonfermentative / Gram-negative bacterium / ribosome / peptide release / recycling / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. ...Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Peptide chain release factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a peptide chain release factor 3 (prfC) from Stenotrophomonas maltophilia bound to GDP
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2021年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide chain release factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4882
ポリマ－60,0451
非ポリマー4431
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.540, 96.540, 170.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Peptide chain release factor 3 / RF-3


分子量: 60045.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain K279a) (バクテリア)
株: K279a / 遺伝子: prfC, Smlt3637 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2FR00
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.76 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: StmaA.18013.a.B1.PW38802 at 20.5 mg/mL with 3 mM MgCl2 and 3 mM GDP against Morpheus screen condition D5 containing 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 mM each 1,6-hexanediol, 1-butanol, ...詳細: StmaA.18013.a.B1.PW38802 at 20.5 mg/mL with 3 mM MgCl2 and 3 mM GDP against Morpheus screen condition D5 containing 10% PEG 20,000, 20% PEG 550 MME, 0.02 mM each 1,6-hexanediol, 1-butanol, 1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol, 0.1 M MOPES/Hepes pH 7.5, direct cryo, unique puck ID tja6-9, crystal tracking ID 315959d5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.27 Å / Num. obs: 19936 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.855 % / Biso Wilson estimate: 84.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 22.82 / Num. measured all: 216402
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.95-3.0311.1620.732416230145814540.9910.76799.7
3.03-3.1111.1320.4585.5815629140914040.9940.48199.6
3.11-3.211.2160.3956.4715366137413700.9940.41499.7
3.2-3.311.0250.3058.1714707133413340.9960.32100
3.3-3.4111.0990.21610.0214306129312890.9980.22699.7
3.41-3.5311.0780.1712.4813814124812470.9980.17899.9
3.53-3.6611.0750.14714.0213556122612240.9990.15499.8
3.66-3.8110.9910.117.7912738116111590.9990.10599.8
3.81-3.9810.9950.09121.0112567114411430.9990.09599.9
3.98-4.1710.9330.0725.5111731107310730.9990.074100
4.17-4.410.8430.06229.66111791032103110.06699.9
4.4-4.6610.8260.05235.61104809689680.9990.054100
4.66-4.9910.6840.04939.0698519229220.9990.052100
4.99-5.3910.7320.04740.7993158688680.9990.05100
5.39-5.910.5860.04940.3284377977970.9990.051100
5.9-6.610.4240.04542.2675687267260.9990.048100
6.6-7.6210.320.03849.3267496546540.9990.04100
7.62-9.3310.1410.02955.29567956056010.031100
9.33-13.199.7020.02460.4443374474470.9990.025100
13.19-48.278.1320.02754.1921632802660.9990.02995

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIXdev-4274精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3tr5

3tr5


解像度: 2.95→48.27 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 38.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 945 4.8 %
Rwork0.2235 18743 -
obs0.2263 19688 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.94 Å2 / Biso mean: 103.2994 Å2 / Biso min: 66.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→48.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3866 0 28 5 3899
Biso mean--78.05 81.52 -
残基数----524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.95-3.110.47941170.35722609272697
3.11-3.30.36081230.30322583270697
3.3-3.550.33021290.27092669279899
3.56-3.910.28491510.25122616276799
3.91-4.480.34961230.213926942817100
4.48-5.640.21841500.194127252875100
5.64-48.270.24851520.195128472999100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77961.02020.9924.02140.55394.20970.1476-0.00340.1603-0.0922-0.10370.05830.52470.0728-0.03070.64640.2603-0.00651.0214-0.00330.5199-43.9641-17.34239.2198
21.60131.19130.08855.921-1.09363.6655-0.13120.13010.4212-0.3021-0.15040.1455-0.89030.35420.21760.79970.15930.02021.0028-0.04550.5822-38.03126.66066.7681
34.37190.0099-0.38814.95830.48652.43330.16191.1182-0.3695-0.5456-0.2259-0.1005-0.67260.75430.07740.80020.31640.12411.03940.13170.6772-33.7261-4.41874.4863
43.99250.1323-1.48582.7897-0.86833.5979-0.14060.3922-0.2779-0.41030.0101-0.14091.36660.39320.13551.43350.4382-0.03191.1844-0.10890.6647-37.9682-33.57913.936
53.0162.23080.13654.6904-0.71984.4712-0.093-0.1509-0.3330.06670.1339-0.21961.32280.2428-0.05411.23480.38680.01561.1892-0.00230.6313-39.5564-34.235431.8196
63.55331.1407-1.02787.0930.49264.78520.181-0.6817-0.58051.1492-0.1421-0.69240.83152.2237-0.34951.07080.3115-0.19441.50460.11170.8613-25.8869-25.26732.8585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 131 )A2 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 132 through 235 )A132 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 236 through 273 )A236 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 274 through 387 )A274 - 387
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 388 through 505 )A388 - 505
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 506 through 530 )A506 - 530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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