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- PDB-7shg: Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7shg | ||||||
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Title | Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti | ||||||
![]() | Ribofuranosyl transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glycosyltransferase / phosphatase / ribofuranose | ||||||
Function / homology | HAD superfamily / HAD-like superfamily / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kimber, M.S. / Kelly, S.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The biosynthetic origin of ribofuranose in bacterial polysaccharides. Authors: Kelly, S.D. / Williams, D.M. / Nothof, J.T. / Kim, T. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 601.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 417.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 422.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 436.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 25 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 76409.062 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % / Description: plates |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10 mM MgCl2, 10% PEG 20000, 100 mM Na HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9811 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 83914 / % possible obs: 90 % / Redundancy: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.22 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 9187 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 88.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: AlphaFold2 Resolution: 2.5→49.16 Å / SU ML: 0.332 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 38.5089 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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