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Yorodumi- PDB-7shg: Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7shg | ||||||
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Title | Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti | ||||||
Components | Ribofuranosyl transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / glycosyltransferase / phosphatase / ribofuranose | ||||||
Function / homology | HAD superfamily / HAD-like superfamily / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Thermobacillus composti (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Kimber, M.S. / Kelly, S.D. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Nat.Chem.Biol. / Year: 2022 Title: The biosynthetic origin of ribofuranose in bacterial polysaccharides. Authors: Kelly, S.D. / Williams, D.M. / Nothof, J.T. / Kim, T. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7shg.cif.gz | 597.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7shg.ent.gz | 417.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7shg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7shg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7shg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 76409.062 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermobacillus composti (bacteria) / Strain: DSM 18247 / JCM 13945 / KWC4 / Gene: Theco_3912 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: L0EJI9 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.27 Å3/Da / Density % sol: 45.92 % / Description: plates |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10 mM MgCl2, 10% PEG 20000, 100 mM Na HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.9811 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9811 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 83914 / % possible obs: 90 % / Redundancy: 4.93 % / Biso Wilson estimate: 48.18 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.22 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 9187 / CC1/2: 0.675 / % possible all: 88.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: AlphaFold2 Resolution: 2.5→49.16 Å / SU ML: 0.332 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 38.5089 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 62.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.16 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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