PDB-7shg: Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7shg

タイトル

Polysaccharide ribofuranosyl transferase from Thermobacillus composti

要素

Ribofuranosyl transferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) /

phosphatase (ホスファターゼ) / ribofuranose

機能・相同性

HAD superfamily / HAD-like superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Thermobacillus composti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Kelly, S.D.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: The biosynthetic origin of ribofuranose in bacterial polysaccharides.
著者: Kelly, S.D. / Williams, D.M. / Nothof, J.T. / Kim, T. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C.

履歴

登録	2021年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7shg.cif.gz	601.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7shg.ent.gz	417.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7shg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7shg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7shg	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3kta-d 7shg-2 7jmo-d 7chb-d 3txv-2 7b3o-d 5k1s-2 2xny-2 4pxb-d 1re4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribofuranosyl transferase

B: Ribofuranosyl transferase

ヘテロ分子

153 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Ribofuranosyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Monomeric based on SEC-MALS experiments
76.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribofuranosyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
76.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.740, 82.500, 234.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-856- HOH

#1: タンパク質	Ribofuranosyl transferase 分子量: 76409.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermobacillus composti (バクテリア) 株: DSM 18247 / JCM 13945 / KWC4 / 遺伝子: Theco_3912 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0EJI9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 % / 解説: plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM MgCl2, 10% PEG 20000, 100 mM Na HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9811 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9811 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 83914 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4.93 % / B_iso Wilson estimate: 48.18 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.22
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 9187 / CC_1/2: 0.675 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.5→49.16 Å / SU ML: 0.332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 38.5089
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	2154	2.58 %
R_work	0.2511	81298	-
obs	0.2522	83452	89.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9835	0	5	177	10017

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0025	10056
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4874	13550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	1467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0034	1724
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.6644	3757

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.56	0.3986	147	0.3878	5366	X-RAY DIFFRACTION	88.6
2.56-2.62	0.3525	142	0.3788	5315	X-RAY DIFFRACTION	88.42
2.62-2.69	0.3087	143	0.3539	5353	X-RAY DIFFRACTION	88.53
2.69-2.77	0.3826	143	0.3499	5446	X-RAY DIFFRACTION	89.75
2.77-2.86	0.3659	148	0.3264	5540	X-RAY DIFFRACTION	91.12
2.86-2.96	0.3627	150	0.3294	5542	X-RAY DIFFRACTION	91.36
2.96-3.08	0.4135	147	0.318	5444	X-RAY DIFFRACTION	90.75
3.08-3.22	0.3447	145	0.3025	5501	X-RAY DIFFRACTION	90.82
3.22-3.39	0.3275	141	0.2635	5443	X-RAY DIFFRACTION	89.92
3.39-3.61	0.2966	139	0.2511	5482	X-RAY DIFFRACTION	90.25
3.61-3.88	0.3005	147	0.2329	5407	X-RAY DIFFRACTION	89.74
3.88-4.27	0.277	144	0.2202	5371	X-RAY DIFFRACTION	88.82
4.27-4.89	0.2514	139	0.1903	5373	X-RAY DIFFRACTION	88.69
4.89-6.16	0.2461	142	0.2205	5381	X-RAY DIFFRACTION	88.87
6.16-49.16	0.2418	137	0.1883	5334	X-RAY DIFFRACTION	87.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.18259246602	0.286966191859	0.201274691748	0.298701665536	-0.754432808541	2.10568054157	0.04381568409	0.180478996251	0.107202890338	-0.060776350726	-0.121704804541	-0.00784474842039	-0.489180446922	-0.786577334884	9.92171611729E-5	0.542119088535	-0.140099628389	-0.0312880380416	0.722038152906	0.0543779139712	0.501801288214	49.448	68.305	23.207
2	1.43309306854	0.267551441888	-0.352875777797	0.63573034511	0.220783434998	0.489925756606	-0.214182499204	0.243130740038	0.432724158982	-0.0801757687301	-0.0459751222851	0.0138329286144	-1.16790376094	-0.240205265877	-8.65871282977E-5	1.05286009551	-0.102981238456	-0.084250628719	1.02780221461	-0.0137030916365	0.689515939544	53.838	82.456	24.568
3	2.71047746737	0.560130886127	-0.284433284543	0.876343343534	-1.33428641354	2.54356624324	-0.184762890594	0.276551994367	-0.187468774907	-0.0425119920095	0.0678642459009	-0.177441510979	0.567849098297	-0.609440022886	6.97220472723E-5	0.517913897714	-0.140530775625	-0.0196776837253	0.678035434902	-0.0102236630662	0.537043326365	58.098	59.552	13.022
4	1.14285530478	0.543012174112	-1.29903992109	1.65220055837	-0.481369396551	1.48847670679	-0.102155185593	0.281776963001	0.113456698725	-0.0733755644963	-0.0769611060983	-0.132398834184	-0.101228143043	-0.375696440608	-5.07452615964	0.552969437752	-0.0894653516934	-0.0497245338675	0.781083848268	0.0338520473425	0.51233492162	56.626	67.263	4.921
5	0.830105839113	0.689507798217	-1.2113604953	0.639309807778	-1.07077017194	1.71276492034	-0.342259319539	0.596204109305	0.150052160301	-0.0114269166817	0.427260820216	0.047856807272	0.439929670317	-0.886464644119	-0.000256550612494	0.54015855053	-0.20412530597	-0.0110581179793	0.842257505346	-0.0475058660559	0.566232346098	40.389	59.191	19.822
6	2.67324886064	0.88472100914	0.730296635989	0.723613126288	1.12372290353	1.94304871522	0.0175246734632	-0.0703530529177	-0.088178796132	-0.00225264920078	-0.107725076643	0.110061607804	0.00573649658109	-0.220964773319	-2.87672921357	0.517924817174	-0.109395284674	-0.00909095198592	0.756582801547	0.0148921526821	0.521287279665	53.507	56.535	48.838
7	1.4326936826	-0.0782619799506	1.26477462561	0.238320949487	0.227045014117	1.28573442043	-0.148424613287	-0.133836497023	0.0503233093781	0.211450553732	-0.0467779734146	0.0747352533324	0.104114622502	0.280147976767	-4.07285647828E-5	0.605542032351	-0.14336046651	-0.00293141695699	0.783814408654	0.0429368294276	0.523467391927	64.249	61.134	63.896
8	1.31904045286	0.188966980807	-0.0156629799188	2.20628848391	0.295145497356	1.23782543762	0.0580442547533	0.138509235881	-0.273355432476	0.586358775588	-0.201915882352	-0.0918821413987	0.530550498457	0.0711613038956	-6.5272744683E-6	0.827268381378	-0.0452597870997	0.001617107925	1.00097178364	0.0473129337088	0.579518583566	72.329	55.665	85.062
9	0.697308672157	-0.741911796369	-0.164929771225	2.59400428769	0.750993077526	1.57524027977	0.0201143100668	0.0575228342492	0.120064560832	-0.0264505839642	-0.0140923883248	-0.305196871396	0.0653978065329	-0.236827085367	6.63653072401E-5	0.492443767723	-0.209671381942	0.0166650783895	0.737615647368	0.0100965094742	0.525979716042	70.188	65.516	61.471
10	3.19968533446	0.895489593249	0.77094849888	0.733956051634	-0.557328580124	1.64857289536	0.410735570594	-0.0924505678871	0.31856926967	0.362137503847	-0.478418501438	0.329254124506	0.12794047745	-0.204110764302	-1.68454139818E-5	0.689666032276	-0.0242712093051	0.0179409925104	0.747660621684	-0.0491284073615	0.555658896836	49.867	63.458	60.274
11	1.34759590391	0.890503365188	-1.80559346002	1.42825326003	-0.754474338615	3.72965966947	0.375577111968	-0.678285760375	-0.501182780693	0.154461322868	-0.379052694467	-0.253719957289	1.00826150784	0.994570620835	-0.257949299859	0.784161011846	0.00601445045491	0.0423855434724	0.0675504679399	-0.0145826373965	0.676316866453	64.26	46.256	56.113
12	2.40077440491	-1.36509679402	0.757382968968	2.21821112691	-0.511621169601	3.30465086256	-0.272986146776	-0.637047531757	-0.177278048416	0.258302628038	0.456331821336	0.118532894574	-0.225653633513	-1.06858058695	0.231403949134	0.673495625554	-0.191004872705	-0.00415679872525	0.238155867232	0.108258510249	0.579871878037	40.924	52.296	51.308
13	4.13085042008	-0.00937192906415	0.887933247927	0.271756321594	0.386226824028	3.06692839369	-0.124212566814	-0.771572841384	0.299851171115	0.148365634949	0.083045734875	0.046857002648	-0.0328837975351	0.304841503206	-0.108099909059	0.334713765813	-0.277504570642	-0.0513447760036	-0.318659058981	-0.109405034021	0.586582551244	58.237	68.305	138.121
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18	4.00103344869	-1.83951755549	-0.241694478973	1.0792866961	-0.24125252384	2.88050234351	0.109260446535	-0.00852858011011	-0.0654877160041	-0.333099607974	-0.0173415106083	-0.0562881755756	-0.1528854441	0.0648912744926	-1.30815710681E-5	0.523853556626	-0.251856592707	-0.0162668874732	0.435101716279	0.0151789478509	0.495923285218	54.153	56.626	112.286
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23	2.34498201425	-0.930253376337	0.917041578077	1.16939787899	0.384865403754	0.895163317871	0.299387449106	0.492680283754	-0.517114718008	0.00167310870339	-0.0508850120081	0.21132223058	0.49520738687	-0.522065989185	-0.000657862166428	0.793404938935	-0.280476869042	0.0993005511672	0.86944148055	-0.0421316273244	0.711135161651	43.551	46.198	104.889
24	2.63600182567	0.202959614513	-0.873911713237	1.4907013221	-1.75250134197	2.21760196791	-0.0942707025716	0.105524030487	-0.37038077643	-0.307233490738	-0.0813094267741	-0.0563804629926	0.506143606955	0.557799703447	-5.15809859953E-5	0.64588932784	-0.0978172707178	0.0406987020482	0.911248042909	-0.109725265041	0.538606683903	66.854	52.435	109.846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 9:58 )	A	9 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 59:108 )	A	59 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 109:158 )	A	109 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 159:208 )	A	159 - 208
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 209:258 )	A	209 - 258
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 259:308 )	A	259 - 308
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 309:358 )	A	309 - 358
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 359:408 )	A	359 - 408
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 409:458 )	A	409 - 458
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN A AND RESID 459:508 )	A	459 - 508
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 509:558 )	A	509 - 558
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 559:597 )	A	559 - 597
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 9:58 )	B	9 - 58
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 59:108 )	B	59 - 108
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN B AND RESID 109:158 )	B	109 - 158
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN B AND RESID 159:208 )	B	159 - 208
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 209:258 )	B	209 - 258
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 259:308 )	B	259 - 308
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN B AND RESID 309:358 )	B	309 - 358
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN B AND RESID 359:408 )	B	359 - 408
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN B AND RESID 409:458 )	B	409 - 458
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN B AND RESID 459:508 )	B	459 - 508
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN B AND RESID 509:558 )	B	509 - 558
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN B AND RESID 559:597 )	B	559 - 597

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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