PDB-7sgm: Crystal structure of a Fab variant containing a fluorescent nonca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7sgm

タイトル

Crystal structure of a Fab variant containing a fluorescent noncanonical amino acid with blocked excited state proton transfer and in complex with its antigen, CD40L

要素

5c8* Fab heavy chain
5c8* Fab light chain
CD40 ligand

キーワード

CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding (Fab) / noncanonical amino acid / 7-hydroxycoumarin / IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Henderson, J.N. / Mills, J.H. / Simmons, C.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for Blocked Excited State Proton Transfer in a Fluorescent, Photoacidic Non-Canonical Amino Acid-Containing Antibody Fragment.
著者: Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Mills, J.H.

履歴

登録	2021年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7sgm.cif.gz	673.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7sgm.ent.gz	554.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7sgm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7sgm_validation.pdf.gz	553.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7sgm_full_validation.pdf.gz	573.2 KB	表示
XML形式データ	7sgm_validation.xml.gz	77 KB	表示
CIF形式データ	7sgm_validation.cif.gz	110.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/7sgm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7senC 6w9gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1i9r-d 6w9g-d 7jr7-d 2bwe-d 3nuz-d 5vrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CD40 ligand

B: CD40 ligand

C: CD40 ligand

H: 5c8* Fab heavy chain

L: 5c8* Fab light chain

K: 5c8* Fab heavy chain

M: 5c8* Fab light chain

X: 5c8* Fab heavy chain

Y: 5c8* Fab light chain

ヘテロ分子

194 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.847, 131.252, 97.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.100, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	M-567- HOH

-
抗体 , 2種, 6分子 HKXLMY

#2: 抗体	5c8* Fab heavy chain 分子量: 24005.830 Da / 分子数: 3 / Mutation: W47L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	5c8* Fab light chain 分子量: 24013.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質

CD40 ligand / CD40-L / T-cell antigen Gp39 / TNF-related activation protein / TRAP / Tumor necrosis factor ligand ...

分子量: 15812.817 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40LG, CD40L, TNFSF5, TRAP / 発現宿主:

Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P29965

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1293分子

#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド分子量: 75.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16-24% PEG MME 2000, 0.1 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5-9.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 175991 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.104 / R_rim(I) all: 0.2 / Χ²: 1.362 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 611818

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	3.3	0.551	8768	0.702	0.353	0.656	0.711	97.4
2.03-2.07	3.3	0.501	8737	0.718	0.32	0.596	0.775	97
2.07-2.11	3.3	0.433	8655	0.786	0.276	0.515	0.787	96.6
2.11-2.15	3.3	0.397	8658	0.825	0.253	0.472	0.802	96.7
2.15-2.2	3.3	0.369	8668	0.84	0.234	0.438	0.841	96.5
2.2-2.25	3.3	0.339	8558	0.867	0.214	0.402	0.896	95.5
2.25-2.31	3.4	0.326	8604	0.868	0.206	0.387	0.923	95.9
2.31-2.37	3.4	0.298	8575	0.893	0.187	0.352	0.909	95.6
2.37-2.44	3.4	0.277	8611	0.908	0.173	0.328	0.937	96
2.44-2.52	3.4	0.259	8650	0.912	0.161	0.305	1.048	96.2
2.52-2.61	3.4	0.238	8732	0.929	0.147	0.28	1.087	97
2.61-2.71	3.5	0.212	8755	0.91	0.131	0.25	1.239	97.7
2.71-2.84	3.5	0.189	8880	0.952	0.116	0.222	1.353	98.5
2.84-2.99	3.6	0.172	8884	0.956	0.105	0.202	1.615	99.1
2.99-3.17	3.6	0.155	8963	0.959	0.094	0.182	2.03	99.5
3.17-3.42	3.7	0.146	8990	0.961	0.088	0.17	2.551	99.8
3.42-3.76	3.7	0.142	9036	0.959	0.086	0.167	2.338	100
3.76-4.31	3.7	0.133	9013	0.966	0.08	0.155	2.168	100
4.31-5.43	3.7	0.123	9082	0.968	0.075	0.144	1.835	100
5.43-50	3.8	0.118	9172	0.973	0.07	0.137	1.519	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6w9g

6w9g

解像度: 2→48.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 7.474 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2281	8919	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1927	-	-	-
obs	0.1945	167072	97.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.53 Å² / B_iso mean: 23.84 Å² / B_iso min: 0.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→48.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12733	0	151	1276	14160
B_iso mean	-	-	51.56	29.53	-
残基数	-	-	-	-	1693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	13406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.869	1.653	18269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.378	1.576	28255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.165	5	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.55	23.528	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.497	15	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.422	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1790
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2968

LS精密化シェル

解像度: 2.004→2.056 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	671	-
R_work	0.25	12034	-
all	-	12705	-
obs	-	-	95.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6563	-0.0127	0.2332	1.565	0.558	1.8912	0.009	-0.03	-0.0148	0.0434	0.0304	0.1056	0.1099	-0.1024	-0.0393	0.0153	0.01	0.0224	0.0947	0.0231	0.086	-50.03	35.816	12.57
2	1.308	-0.4523	0.3869	0.9467	-0.4549	2.278	0.0233	-0.0691	0.0725	0.019	0.0605	-0.0541	-0.1623	-0.0803	-0.0838	0.0202	-0.0072	0.03	0.0956	-0.0014	0.0941	-28.806	41.492	12.888
3	1.0785	0.3302	-0.4156	0.7889	-0.1288	1.9359	0.0445	-0.0463	-0.0426	0.0304	0.0088	-0.068	0.0281	0.1349	-0.0533	0.0078	-0.0023	0.0113	0.0687	-0.005	0.0713	-34.614	20.225	12.53
4	0.8784	-0.3255	0.5755	2.6444	-0.3592	1.6914	-0.1838	-0.1112	0.0046	0.361	0.1534	-0.2228	-0.303	-0.0033	0.0304	0.1477	0.0622	-0.0108	0.128	-0.0133	0.0282	-50.232	61.526	31.959
5	3.3744	-2.5178	1.7905	4.5462	-2.4767	1.6396	-0.2047	-0.2434	0.1583	0.9127	0.2678	-0.03	-0.1878	-0.1167	-0.0631	0.6018	0.0475	-0.0965	0.1265	-0.0572	0.0742	-55.65	96.044	37.987
6	1.1322	-1.1583	0.0488	2.4005	-0.1483	0.801	-0.0633	-0.0452	-0.0368	0.1648	0.0562	0.0656	-0.0866	0.005	0.0071	0.0425	0.0137	0.0237	0.0934	-0.0004	0.061	-59.554	68.321	12.687
7	1.7741	0.8847	0.9245	3.7989	0.5158	2.0855	-0.0697	0.0396	0.1017	0.5959	0.0497	-0.5399	-0.1043	0.159	0.02	0.203	0.0207	-0.1404	0.0219	-0.0094	0.1397	-49.718	100.643	22.463
8	3.0321	-1.0756	-0.4437	1.0863	-0.5066	1.6629	-0.0035	-0.4684	-0.1315	0.078	0.0148	0.1632	0.0443	0.1908	-0.0113	0.0254	-0.0182	0.0136	0.2722	0.0225	0.0607	-6.51	29.372	31.989
9	3.3956	0.3365	-0.7886	1.3531	-0.5428	1.7176	0.025	-0.2844	-0.1413	0.1423	0.0182	-0.0798	-0.117	-0.1079	-0.0432	0.0696	0.0684	0.0063	0.255	0.0352	0.0183	26.591	17.741	37.846
10	2.8251	0.1783	-0.0071	0.645	-0.0129	0.6045	0.0077	-0.1532	0.0301	0.0302	0.0073	0.0209	0.0212	0.0412	-0.015	0.0035	0.0009	0.0098	0.1201	-0.0002	0.0697	3.973	33.663	12.612
11	1.2797	-0.3483	0.2328	2.55	-1.4354	2.4273	-0.0623	-0.188	-0.1744	-0.0589	0.066	-0.02	0.3249	-0.0967	-0.0036	0.0752	0.0233	0.0402	0.2267	0.0449	0.0902	27.305	8.489	24.356
12	2.1319	0.558	-0.3145	0.8241	0.4266	1.5093	0.1031	-0.1638	0.1617	0.1698	-0.0986	0.0724	0.0889	-0.1204	-0.0045	0.08	-0.0603	0.0329	0.1119	-0.0104	0.031	-56.466	6.85	31.975
13	1.3162	0.6029	0.6571	2.9313	1.7933	2.2753	0.1449	-0.2326	-0.0367	0.2877	-0.1324	0.156	0.114	0.0399	-0.0125	0.156	-0.102	0.0724	0.292	-0.0206	0.0479	-83.326	-15.827	37.964
14	1.009	0.8759	-0.0372	2.443	0.0255	0.5564	0.047	-0.0436	-0.0369	0.0798	-0.0467	-0.0567	0.0434	-0.0572	-0.0002	0.0326	-0.0197	0.0129	0.0987	0.0014	0.0534	-57.718	-4.343	12.583
15	3.1298	-0.2706	-0.6859	1.4001	0.4518	2.1835	0.0909	-0.2362	0.2271	0.0869	-0.1128	0.1966	-0.1245	-0.2486	0.0218	0.0586	-0.052	0.0475	0.1454	-0.0638	0.0865	-91.348	-11.791	24.244

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	119 - 261
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	119 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	119 - 261
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	1 - 117
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	118 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	1 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	113 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	K	1 - 117
9	X-RAY DIFFRACTION	9	K	118 - 218
10	X-RAY DIFFRACTION	10	M	1 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	M	113 - 217
12	X-RAY DIFFRACTION	12	X	1 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	X	118 - 218
14	X-RAY DIFFRACTION	14	Y	1 - 112
15	X-RAY DIFFRACTION	15	Y	113 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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