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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9r | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF CD40L IN COMPLEX WITH THE FAB FRAGMENT OF HUMANIZED 5C8 ANTIBODY | ||||||
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![]() | CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / beta-sheet sandwich / immunoglobulin / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / integrin-mediated signaling pathway / platelet activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karpusas, M. / Lucci, J. / Ferrant, J. / Benjamin, C. / Hsu, Y.-M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of CD40 ligand in complex with the Fab fragment of a neutralizing humanized antibody. 著者: Karpusas, M. / Lucci, J. / Ferrant, J. / Benjamin, C. / Taylor, F.R. / Strauch, K. / Garber, E. / Hsu, Y.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 329.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 267 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 504.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 665.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 105.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15812.817 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 116-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23304.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23881.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→35 Å / Num. all: 71662 / Num. obs: 46508 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 7.52 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 87.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 35 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1aly 解像度: 3.1→35 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: For NCS the following 3 chain groups were used: a) A, H, L, b) B,K, X c) C, M, Y. The final rms deviation of main chain atoms between groups is 0.18 Angstrom.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→35 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 35 Å / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |