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- PDB-7sgm: Crystal structure of a Fab variant containing a fluorescent nonca... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7sgm | ||||||
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Title | Crystal structure of a Fab variant containing a fluorescent noncanonical amino acid with blocked excited state proton transfer and in complex with its antigen, CD40L | ||||||
![]() |
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![]() | CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / Fragment antigen binding (Fab) / noncanonical amino acid / 7-hydroxycoumarin / IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / integrin-mediated signaling pathway / platelet activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Henderson, J.N. / Mills, J.H. / Simmons, C.R. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Blocked Excited State Proton Transfer in a Fluorescent, Photoacidic Non-Canonical Amino Acid-Containing Antibody Fragment. Authors: Henderson, J.N. / Simmons, C.R. / Mills, J.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 673.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 554.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7senC ![]() 6w9gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Antibody , 2 types, 6 molecules HKXLMY
#2: Antibody | Mass: 24005.830 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: W47L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Antibody | Mass: 24013.574 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Protein / Sugars , 2 types, 6 molecules ABC![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: Protein | Mass: 15812.817 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Sugar | |
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-Non-polymers , 4 types, 1293 molecules ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TMO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/TMO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-TRS / | ||||
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#6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.58 Å3/Da / Density % sol: 65.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 16-24% PEG MME 2000, 0.1 M Trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH 7.5-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 17, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 175991 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 1.362 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 611818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6w9g Resolution: 2→48.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.474 / SU ML: 0.108 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.137 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.53 Å2 / Biso mean: 23.84 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→48.42 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.004→2.056 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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